Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 221,979 G→C 6.8% T226T (ACC→ACG)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9790G→C 6.8% 69.0 ‑0.5 ‑0.0572T226T (ACC→ACG) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (19/22):  ref base (270/261):  total (289/283)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 6.29e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.45e-01

Only 100 of 1546 total aligned reads displayed.

CCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGG  >  NC_014034/221879‑222084
                                                                                                    |                                                                                                         
ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtgggggccgtgggatcg                                                                                                           <  2:3682664‑M1/24‑1 (MQ=255)
 cGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcgggaggggacgtgggatcgg                                                                                                          >  1:1077975/1‑101 (MQ=255)
  gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggt                                                                                                         >  1:3629337‑M1/76‑101 (MQ=255)
  gAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggagcggg                                                                                                         >  2:1960184/1‑100 (MQ=255)
         ccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtcc                                                                                                  <  2:2054899‑M1/33‑1 (MQ=255)
             cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgg                                                                                              >  1:1913944‑M1/65‑101 (MQ=255)
                atccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                                           <  1:2854456‑M1/40‑1 (MQ=255)
                 gcggtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtc                                                                                          >  1:2395865‑M1/61‑98 (MQ=255)
                   cgtgggatcggccgggtgcgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                                        >  2:4130345‑M1/59‑101 (MQ=255)
                      cggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcg                                                                                     <  1:3696446‑M1/46‑4 (MQ=255)
                      cAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                                     >  1:3468516/1‑101 (MQ=255)
                      cAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGggtccgtgggatcggtcggggccgtgggatcggtcg                                                                                     >  1:1844007/1‑101 (MQ=255)
                       gggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                                    >  1:4165302‑M1/55‑101 (MQ=255)
                            ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCg                                                                               <  1:3317356‑M1/52‑1 (MQ=255)
                             gtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                                                              <  1:3926953‑M1/53‑1 (MQ=255)
                              tcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTg                                                                             <  2:3114676‑M1/54‑1 (MQ=255)
                              gcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                                             >  1:3518118‑M1/48‑101 (MQ=255)
                               cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                                            <  2:1338940‑M1/55‑1 (MQ=255)
                                gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTggg                                                                           >  1:2661015‑M1/46‑101 (MQ=255)
                                gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTggg                                                                           <  2:2994505‑M1/56‑1 (MQ=255)
                                 ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGa                                                                          <  1:1005158‑M1/57‑1 (MQ=255)
                                  gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCgtggggt                                                                         <  1:2475658‑M1/58‑3 (MQ=255)
                                     cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                                      >  2:2133639‑M1/41‑101 (MQ=255)
                                        gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                   <  2:1202397‑M1/64‑1 (MQ=255)
                                        gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                   >  1:1633042‑M1/38‑101 (MQ=255)
                                        gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                   <  2:2912264‑M1/64‑1 (MQ=255)
                                           aTCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                                <  1:1413711/101‑1 (MQ=255)
                                             cggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                              <  1:114800‑M1/69‑1 (MQ=255)
                                             cGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                              >  2:1709212/1‑101 (MQ=255)
                                               gtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                            >  2:2623458‑M1/31‑101 (MQ=255)
                                               gtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                            <  1:959983‑M1/71‑1 (MQ=255)
                                                 cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                          <  2:1095540‑M1/73‑1 (MQ=255)
                                                   ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                        <  1:3844111‑M1/75‑1 (MQ=255)
                                                   gatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                        >  2:3935633‑M1/27‑101 (MQ=255)
                                                     ggCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                      <  1:2052160/101‑1 (MQ=255)
                                                        gtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                   <  1:654897‑M1/80‑1 (MQ=255)
                                                        gtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                   >  1:442382‑M1/22‑101 (MQ=255)
                                                        gTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                   >  2:742564/1‑101 (MQ=255)
                                                         tgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                  >  2:4006304‑M1/21‑101 (MQ=255)
                                                          gggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGGGGGGTCCGTGGggtcggtgg                                                 <  2:1805931‑M1/82‑3 (MQ=255)
                                                                ggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                           <  2:227739‑M1/88‑1 (MQ=255)
                                                                 gtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCCGTCGGATCCGt                                          <  2:3526656‑M1/89‑1 (MQ=255)
                                                                  tGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                         <  2:3457453/101‑1 (MQ=255)
                                                                  tGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                         >  2:434983/1‑101 (MQ=255)
                                                                    ggCTCGGCAGGATGGGTCGGGCCCGTGGTAAGGGTCGGGTACGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                       <  1:52978/101‑1 (MQ=14)
                                                                      gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgcgGGATCGGCCGGGTCCGGGGTTTCGGTCCGGCCGGTGGGCCCATGCGGATCCGTGTGAt                                     >  1:2781844/8‑101 (MQ=2)
                                                                      atccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                     <  1:90893‑M1/94‑1 (MQ=255)
                                                                      atccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                     <  2:2409636‑M1/94‑1 (MQ=255)
                                                                        cggtcggATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                   <  1:1567549/101‑1 (MQ=255)
                                                                         cgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAtccgtggggtccg                                  <  1:833891‑M1/97‑6 (MQ=255)
                                                                           tgtgttcggttgtgtccgtgtgatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                <  2:838437/96‑1 (MQ=11)
                                                                           tggggcgcggcgggtgcgtggggtcggtcgggtccgtgggatcgggCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                <  1:1503635/91‑1 (MQ=14)
                                                                           tgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                <  1:274216‑M1/99‑1 (MQ=255)
                                                                            gGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                               >  2:1524833‑M1/2‑101 (MQ=255)
                                                                            cggATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgggcg                               >  2:2479920/1‑101 (MQ=11)
                                                                             ggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggccgg                              >  2:1883038/1‑101 (MQ=11)
                                                                             ggatcggtcggggccgggggatcgggcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                              <  1:4076740/101‑1 (MQ=14)
                                                                             ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                              <  1:2204152/101‑1 (MQ=11)
                                                                              gttccgtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcgGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgga                             <  2:66260/96‑2 (MQ=11)
                                                                              ggtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgggggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgga                             <  1:2125431/99‑2 (MQ=14)
                                                                              ggtcgggcgggtccgtggggtcggtcgggtccgtgggaTCGGGCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgga                             <  1:1979503/99‑2 (MQ=11)
                                                                               gtcggttgggtccgtgggatcgggcgggtccgtcggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGt                            <  1:3142584/100‑1 (MQ=11)
                                                                               gtcggtcgggtccgggggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcggat                            <  1:2276607/100‑3 (MQ=11)
                                                                                 cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                          <  1:3976791/101‑1 (MQ=11)
                                                                                 cgggcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTcc                          <  1:1316212/101‑1 (MQ=11)
                                                                                 ccgtggggtgcgtgggatgggtcggatccgtgggatcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                          <  1:2340616/96‑1 (MQ=14)
                                                                                  ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGCGATCGGTCGGATcag                         >  2:3857848/1‑99 (MQ=14)
                                                                                  ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGGCGGGTCCg                         >  1:1237739/1‑101 (MQ=11)
                                                                                  ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCg                         >  2:1431821/1‑101 (MQ=11)
                                                                                  ggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                         <  1:2598806/101‑1 (MQ=11)
                                                                                  cgtcgggtccgtgggatccgtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCg                         <  2:3272816/100‑1 (MQ=11)
                                                                                    tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTGCGTGGGAGCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtg                       >  2:3775826/1‑100 (MQ=14)
                                                                                    tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggTCGGGTCCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGAGCGGTGGGATCCGTGGGAGCGGTCGGGTCGGtg                       >  2:1282562/1‑100 (MQ=14)
                                                                                     ggggtcggtgggagcggtcggagccggtggatcggttGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg                      <  1:3099208/100‑3 (MQ=11)
                                                                                     cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg                      >  1:2913632/1‑99 (MQ=11)
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                                                                                                    |                                                                                                         
CCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGG  >  NC_014034/221879‑222084

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 12 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG