Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 221,991 G→C 4.4% P222P (CCC→CCG RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9910G→C 4.4% 43.4 ‑2.7 ‑0.1570P222P (CCC→CCGRCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (18/8):  ref base (269/275):  total (287/283)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 6.91e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 7.52e-01

Only 100 of 1648 total aligned reads displayed.

GTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGG  >  NC_014034/221892‑222091
                                                                                                   |                                                                                                    
gtTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGgatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                                                     >  1:714975/1‑101 (MQ=255)
cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgg                                                                                                     >  1:1913944‑M1/65‑101 (MQ=255)
  tggtggTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGAtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                                                   >  1:327101/1‑101 (MQ=255)
     tggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGgtcgggtccgtgggatcggtcggggccgtgggatcg                                                                                                >  1:2708375/1‑101 (MQ=255)
       gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                              <  2:4156354‑M1/44‑1 (MQ=255)
         gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                                            <  2:1173274‑M1/46‑1 (MQ=255)
         cAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGggtccgtgggatcggtcggggccgtgggatcggtcg                                                                                            >  1:1844007/1‑101 (MQ=255)
          ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcgg                                                                                           <  1:3553635‑M1/47‑1 (MQ=255)
          ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcgggcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                                           <  2:1820911‑M1/47‑1 (MQ=255)
             tcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggggccgtgggatcggtcgggtccgtgggatgggtcgggtc                                                                                        <  2:2239082‑M1/50‑4 (MQ=255)
              gggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                                       >  1:1324002‑M1/51‑101 (MQ=255)
                gtggggtccgtgggattggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                                                                     >  1:2418213‑M1/49‑101 (MQ=255)
                gtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                                     >  2:3888440‑M1/49‑101 (MQ=255)
                 tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGATCCGTg                                                                                    <  1:2841187‑M1/54‑1 (MQ=255)
                  cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTgg                                                                                   <  2:2733061‑M1/55‑1 (MQ=255)
                   ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                                  <  1:4042555‑M1/56‑1 (MQ=255)
                    ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGa                                                                                 <  1:1005158‑M1/57‑1 (MQ=255)
                    ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgggg                                                                                 <  1:3051895‑M1/57‑2 (MQ=255)
                      tcggtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                               >  2:230548‑M1/43‑101 (MQ=255)
                      tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                               >  2:2648254‑M1/43‑101 (MQ=255)
                         gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                            <  1:583440‑M1/62‑1 (MQ=255)
                          tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                           >  1:2758910‑M1/39‑101 (MQ=255)
                             gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCggg                                                                        <  2:13283‑M1/66‑1 (MQ=255)
                                cggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                     <  1:114800‑M1/69‑1 (MQ=255)
                                    ggTGGGCGTCGGATGCGTGGGGTGGGTCGGTTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAACCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                 <  2:44776/101‑1 (MQ=18)
                                       gggCGTCGGATGCGTGGGCTCGGGCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                              <  2:745005/101‑1 (MQ=255)
                                        tgcgtgggagcggtcgggtgcgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                             >  1:1983516‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                         ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGgatag                                                            <  1:221888‑M1/78‑3 (MQ=255)
                                          cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                           >  2:3976177‑M1/23‑101 (MQ=255)
                                          cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                           <  1:2512046‑M1/79‑1 (MQ=255)
                                          cgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGAtcgg                                                           <  1:4131656‑M1/79‑1 (MQ=255)
                                            tgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                         >  2:1564357‑M1/21‑101 (MQ=255)
                                                 tcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATc                                                    >  1:3959863‑M1/16‑101 (MQ=255)
                                                  cagtcgggtcggtcggATCGGTGGGCTCGGTCGGATCCGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                   <  2:843546/93‑1 (MQ=11)
                                                    gtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                 <  1:2138935‑M1/89‑1 (MQ=255)
                                                     tcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATccggg                                                <  2:1734892‑M1/90‑3 (MQ=255)
                                                     tGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATTGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTg                                                <  1:3752227/101‑1 (MQ=11)
                                                       gggttggtcggGTCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgg                                              <  1:2621096/96‑1 (MQ=17)
                                                       gggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                              <  1:365302‑M1/92‑1 (MQ=255)
                                                       gggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                              <  2:2060389‑M1/92‑1 (MQ=255)
                                                       ggatccggcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTcgg                                              <  2:1482662/93‑1 (MQ=11)
                                                        gtccgtggggatc.gtcgggttcgtcggataggtcgggcccgtggGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                            <  2:1085615/93‑1 (MQ=1)
                                                          tccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                           >  2:101109‑M1/7‑101 (MQ=255)
                                                           ccgtcggATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGGGAtcg                                          >  1:3380109/3‑101 (MQ=11)
                                                             gtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                        >  2:2831027‑M1/4‑101 (MQ=255)
                                                              tggggcgcggcgggtgcgtggggtcggtcgggtccgtgggatcgggCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                       <  1:1503635/91‑1 (MQ=14)
                                                               gagaggcgtcgggtcgggggggtcggtcggatccgtgggatcgGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                      <  1:3882292/94‑1 (MQ=11)
                                                               gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCggatccgtggggtccgtgg                                      <  1:319549‑M1/100‑9 (MQ=255)
                                                                 ggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCggg                                    >  1:2578970/6‑101 (MQ=11)
                                                                 gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGGTCGGCCggg                                    >  2:1262714/1‑101 (MQ=11)
                                                                  gtcggtcgggtccgtgggatcgttcggatccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcggat                                   <  2:2875437/100‑3 (MQ=11)
                                                                  gtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcgGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCATGGGATCGGACGGATCCGTGGGATCCGTCgggg                                   >  1:4236554/5‑100 (MQ=14)
                                                                  atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGCGGGGGCGGCCgggc                                   >  1:2964538/1‑100 (MQ=11)
                                                                  atcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGGt                                   >  1:791631/1‑101 (MQ=11)
                                                                  atcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTTgggg                                   >  2:2928477/1‑100 (MQ=11)
                                                                   tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc                                  <  1:635830/101‑1 (MQ=14)
                                                                    cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                 <  1:1707791/101‑1 (MQ=11)
                                                                     ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                >  1:2302474/1‑101 (MQ=11)
                                                                     ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGGCGGGTCCg                                >  1:1237739/1‑101 (MQ=11)
                                                                     ggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGCGATCGGTCGGGTCCGTGGGCTCGGTCGGGTCCGTGGGCGCGGTCGGGTCCg                                >  1:3823883/1‑101 (MQ=11)
                                                                     ggtcgggtccgtaggatgcgtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                <  2:3237510/101‑1 (MQ=11)
                                                                     ggtcgcgtccgtgcgatcggtcggatccgtgggatcGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                <  2:931597/101‑1 (MQ=11)
                                                                      gtcgggtccgtcgggtcggtggagtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                               <  2:1391844/101‑1 (MQ=11)
                                                                      ggcggttccgtcggatcggtcgggtccgtggggtccgtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                               <  2:67801/99‑1 (MQ=14)
                                                                       tcgggtccgtgggatctgtcgggtccgtcggatcgtTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGtg                              <  2:3132493/101‑2 (MQ=11)
                                                                       tcgggtccgtgggatcgggcgggtccgtgggatcggTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                              >  1:3490550‑M2/1‑100 (MQ=255)
                                                                       tcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggTCGGGTCCGTCGGGTCGGGGGGGTCCGGGGGGTCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCTGGGCCGtc                              >  2:189880/1‑100 (MQ=11)
                                                                        cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg                             >  1:3421742/1‑99 (MQ=11)
                                                                         gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                            <  1:512702‑M2/101‑4 (MQ=255)
                                                                         gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                            >  2:1969683‑M2/1‑98 (MQ=255)
                                                                         gggtccgtgggatcggtcgggtccggcgggtcgggcGGGGCGGTGCGGTGGGGCGGGGCCGTGGGCTCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCCGGTCTGTGgg                            >  2:1655471/1‑101 (MQ=2)
                                                                         ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGCTCGGGCGGGCCCGTGgg                            >  1:1632282/4‑101 (MQ=11)
                                                                          ggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcgGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                           >  2:2593661/1‑101 (MQ=11)
                                                                           gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggat                          >  2:3588225‑M2/1‑96 (MQ=255)
                                                                           gtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggat                          >  1:953538‑M2/1‑96 (MQ=255)
                                                                            tccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatc                         >  2:2143892‑M2/1‑95 (MQ=255)
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                                                                                                   |                                                                                                    
GTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGG  >  NC_014034/221892‑222091

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 14 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG