Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,045 G→C 8.2% P204P (CCC→CCG RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0450G→C 8.2% 223.0 ‑0.3 ‑0.01437P204P (CCC→CCGRCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (45/68):  ref base (531/744):  total (603/834)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 7.65e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

Only 100 of 1934 total aligned reads displayed.

TGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCG  >  NC_014034/221945‑222145
                                                                                                    |                                                                                                    
  ggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                                                                    >  2:3223477‑M1/10‑101 (MQ=255)
   ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGa                                                                                                   >  2:2267852/9‑101 (MQ=11)
   gatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                                                   >  2:630054‑M1/9‑101 (MQ=255)
    gtccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAt                                                                                                  >  1:1140137/5‑101 (MQ=11)
     tccgcgggatcggtcgggtccgcgcgatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                                                 <  2:1696178/95‑1 (MQ=11)
      cggtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcg                                                                                                <  1:3543853/101‑1 (MQ=11)
        gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGCGCGGTCGGATCCGTGGGGtcggg                                                                                              >  2:4181752/4‑100 (MQ=11)
        gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGACCCGGggggtgggg                                                                                              >  1:2875656/4‑95 (MQ=11)
         tgggatctgtcgggtccgtgggctcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                             <  2:2726382/99‑1 (MQ=14)
         tgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcggggccgtgGGGTCCGTCGGATGCGGGGGATCGGTAGGAGCCGTGGGGTGGGTCGGGTCCGTGGGAacggag                                                                                             >  2:3987546/3‑99 (MQ=2)
         gggggtcgggcgggtgcgggggatcggtcgggtccgtgggaGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                             <  1:309620/96‑1 (MQ=14)
          cggATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgggcg                                                                                            >  2:2479920/1‑101 (MQ=11)
            ggtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgga                                                                                          <  1:3148084/99‑2 (MQ=14)
            gatcggtcgggtccgtgggatcgggcgggtccgtggGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGtccgtggga                                                                                          <  2:1005111/101‑2 (MQ=11)
            gatcggtcggggccgtgggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtccgtcgga                                                                                          <  1:1371767/101‑2 (MQ=11)
             atcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGACCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGt                                                                                         >  2:3549605/1‑101 (MQ=11)
              tgggtcgggtccgggggttctgtgggttccgtgggatcGGTCGGGTCGGTGGGTTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                                        <  1:857441/99‑1 (MQ=11)
               cggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcg                                                                                       >  2:2915671/1‑100 (MQ=11)
                ggttggatccgtgggatttgtggttttcgtgggatcTGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATTCGTGGGATCGGTCGGTTCCg                                                                                      <  2:1343024/101‑1 (MQ=2)
                ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTCGGATCGGGCGGGCCCg                                                                                      >  1:2309912/1‑101 (MQ=11)
                 gtgggatccggggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                                     <  2:1068943/95‑1 (MQ=11)
                 gtcgggtccgtgggggcggtcgggtccgtgggatctGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGt                                                                                     <  2:193418/101‑1 (MQ=11)
                 gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                                     >  1:1751030/1‑101 (MQ=14)
                  tcgggtccgtggtatcggtcgggtccgtggggtccgTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtg                                                                                    <  2:3122888/101‑2 (MQ=14)
                  tcggatccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCTCGGTCGGGTACGTGGGAACGGTCGGGTCCGtg                                                                                    >  1:3655980/1‑100 (MQ=11)
                   cgggtccgtgggatgggtggggtccgtcggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGtgg                                                                                   <  1:214119/101‑3 (MQ=11)
                   cgcgtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtgg                                                                                   <  2:306147/98‑3 (MQ=11)
                    gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgg                                                                                  >  1:3397755/1‑101 (MQ=11)
                    gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                                                  <  2:2116016‑M2/101‑4 (MQ=255)
                    ggatccgtggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGGGGGTACGGCGGAGCGGTCGGGGCCGTGgg                                                                                  >  2:2395689/4‑101 (MQ=2)
                    ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                                  <  2:868614‑M2/101‑4 (MQ=255)
                     ggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcgGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGACGGGTCCGTGggg                                                                                 >  1:7539/1‑100 (MQ=14)
                     gagccgtgggatcggtcggggccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                                 <  1:2583916/98‑1 (MQ=11)
                      gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggagcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                                <  1:409747/101‑1 (MQ=14)
                      ggccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggatCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTgggat                                                                                >  2:2176769‑M2/3‑96 (MQ=255)
                       tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                               <  1:625359/101‑1 (MQ=11)
                        ccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGTGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                              <  2:2578779/101‑1 (MQ=11)
                        ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggggtcc                                                                              >  1:3480895‑M2/1‑94 (MQ=255)
                        ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcg                                                                              <  1:1530441‑M2/101‑8 (MQ=255)
                         cgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                                             >  2:576749/1‑101 (MQ=11)
                         cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAccgg                                                                             >  1:2808609/1‑101 (MQ=11)
                            gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTG.........GGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcg                                                                 >  1:1975670/1‑101 (MQ=11)
                            cggagctggcgggtccgtggggtccgtcggGTCCGTGGGCTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                          <  2:114776/92‑1 (MQ=11)
                             ggagcggtcgggtccgggggatcggtcggATCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                         <  1:933833/101‑1 (MQ=11)
                             ggagcgggggggtgcgtgggagcgggcggATCCTTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                         <  1:421225/92‑1 (MQ=11)
                              tatccgtcggctccgtggtttcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcggg                                                                        <  2:2018861/100‑1 (MQ=11)
                              gatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgga                                                                        >  1:1821031‑M2/1‑88 (MQ=255)
                              gatcggtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTTGGACCCgtgggg                                                                        >  1:1298416/1‑101 (MQ=11)
                                 cggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtcc                                                                     <  1:1891154‑M2/101‑17 (MQ=255)
                                 cggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGAGCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGTTCAgtctggtgg                                                                     >  2:1448711/1‑99 (MQ=11)
                                  ggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccg                                                                    <  1:3251374‑M2/101‑18 (MQ=255)
                                   ggggggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgt                                                                   <  1:1069575/98‑1 (MQ=11)
                                    tcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtg                                                                  >  2:2875276‑M2/1‑82 (MQ=255)
                                      gggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtggg                                                                <  1:373384‑M2/101‑22 (MQ=255)
                                      gggtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtggg                                                                <  1:3341067‑M2/101‑22 (MQ=255)
                                      gggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccggggg                                                                >  1:1599752/1‑97 (MQ=11)
                                      ggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggcccgtcgg                                                                >  2:3835479/4‑101 (MQ=11)
                                       ggtcggtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtggga                                                               >  1:4015616‑M2/1‑79 (MQ=255)
                                       gatccgtgggatcgggcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGgtcggatccgtggga                                                               <  1:292788/99‑2 (MQ=11)
                                          ccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggggtcggtgggggccgtgggatcg                                                            <  2:3682664‑M2/101‑26 (MQ=255)
                                          ccgtcgggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtcggatcg                                                            <  2:1626253/101‑2 (MQ=11)
                                             tgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgtc                                                         <  2:1294308/101‑2 (MQ=11)
                                              cggatccgtcgggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                        >  2:771910‑M2/2‑72 (MQ=255)
                                               gggtccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGGCCGTggg                                                       >  1:3809017/10‑101 (MQ=11)
                                                gatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggcccgtgggatcggtcggg                                                      <  1:1454029‑M2/101‑32 (MQ=255)
                                                gatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTgggg                                                      >  1:1219421/1‑100 (MQ=11)
                                                   cggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtcc                                                   <  1:2632598‑M2/101‑35 (MQ=255)
                                                     gtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgt                                                 >  2:2632406‑M2/1‑65 (MQ=255)
                                                     gtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCAGTGGGGTGCGTCGGGTCCGTGGGGtcggt                                                 >  2:2988000/1‑101 (MQ=14)
                                                      tcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAtcggtg                                                >  2:3921103/1‑100 (MQ=11)
                                                            cggtcggATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGATcc                                          >  2:495153/6‑101 (MQ=17)
                                                            ccGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                          <  2:3407852‑M2/101‑44 (MQ=255)
                                                              gTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgggggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                        <  1:361244‑M2/101‑46 (MQ=255)
                                                               tGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                       <  1:2366470‑M2/101‑47 (MQ=255)
                                                                gggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                      >  2:4072784‑M2/1‑54 (MQ=255)
                                                                    tcggtcggGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatc                                  >  1:3939664‑M2/1‑50 (MQ=255)
                                                                       gtggggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                               >  1:491470/4‑101 (MQ=255)
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                                                                                                    |                                                                                                    
TGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCG  >  NC_014034/221945‑222145

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG