New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	NC_014034	= 2306268	165 (0.690)	2 (0.010)	2/172	35.8	0.01	coding (1307/2808 nt)	RCAP_rcc02139	methyl‑accepting chemotaxis protein
	?	NC_014034	2306272 =	140 (0.590)					coding (1303/2808 nt)	RCAP_rcc02139	methyl‑accepting chemotaxis protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

ATCGCGCTCAGCCCCGCCAGCGCCAGCAGCGTGCCGATCGCCCCGGAGGTGCGGTCATGCACCGCGCCGCTGGTGCCGTCGATCCGACCGAGCACCGTTT......................................  >  NC_014034/2306169‑2306268 ....................................................................................................CCGCCGCCGCCGCCCCGGTGGTGATCGTGTCCATCGCC  >  NC_014034/2306272‑2306309                                                                                                                                            ATCGCGCTCAGCCCCGCCAGCGCCAGCAGCGTGCCGATCGCCCCGGAGGTGCGGTCATGCACCGCGCCGCTGGTGCCGTCGATCCGACCGAGCACCGTTTC                                       <  1:1574686/101‑1 (MQ=255) ATCGCGCTCAGCCCCGCCAGCGCCAGCAGCGTGCCGATCGCCCCGGAGGTGCGGTCATGCACCGCGCCGCTGGTGCCGTCGATCCGACCGAGCACCGTTTC                                       <  2:3673798/101‑1 (MQ=255)  TCGCGCTCAGCCCCGCCAGCGCCAGCAGCGTGCCGATCGCCCCGGAGGTGCGGTCATGCACCGCGCCGCTGGTGCCGTCGATCCGACCGAGCACCGTTTCC                                      <  2:2024686/101‑1 (MQ=255)  TCGCGCTCAGCCCCGCCAGCGCCAGCAGCGTGCCGATCGCCCCGGAGGTGCGGTCATGCACCGCGCCGCTGGTGCCGTCGATCCGACCGAGCACCGTTTCC                                      >  1:2557911/1‑101 (MQ=255)   CGCGCTCAGCCCCGCCAGCGCCAGCAGCGTGCCGATCGCCCCGGAGGTGCGGTCATGCACCGCGCCGCTGGTGCCGTCGATCCGACCGAGCACCGTTTCCG                                     <  2:1588594/101‑1 (MQ=255)   CGCGCTCAGCCCCGCCAGCGCCAGCAGCGTGCCGATCGCCCCGGAGGTGCGGTCATGCACCGCGCCGCTGGTGCCGTCGATCCGACCGAGCACCGTTTCCG                                     <  2:4634965/101‑1 (MQ=255)   CGCGCTCAGCCCCGCCAGCGCCAGCAGCGTGCCGATCGCCCCGGAGGTGCGGTCATGCACCGCGCCGCTGGTGCCGTCGATCCGACCGAGCACCGTTTCCG                                     >  1:2255317/1‑101 (MQ=255)   CGCCCTCAGCCCCGCCAGCGCCAGCAGCGTGCCGATCGCCCCGGAGGTGCGGTCATGCACCGCGCCGCTGGTGCCGTCGATCCGACCGAGCACCGTTTCCG                                     <  1:4457030/101‑1 (MQ=255)    GCGCTCAGCCCCGCCAGCGCCAGCAGCGTGCCGATCGCCCCGGAGGTGCGGTCATGCACCGCGCCGCTGGTGCCGTCGATCCGACCGAGCACCGTTTCCGC                                    >  1:3457349/1‑101 (MQ=255)    GCGCTCAGCCCCGCCAGCGCCAGCAGCGTGCCGATCGCCCCGGAGGTGCGGTCATGCACCGCGCCGCTGGTGCCGTCGATCCGACCGAGCACCGTTTCCGC                                    <  2:4365098/101‑1 (MQ=255)    GCGCTCAGCCCCGCCAGCGCCAGCAGCGTGCCGATCGCCCCGGAGGTGCGGTCATGCACCGCGCCGCTGGTGCCGTCGATCCGACCGAGCACCGTTTCCGC                                    >  2:910425/1‑101 (MQ=255)     CGCTCAGCCCCGCCAGCGCCAGCAGCGTGCCGATCGCCCCGGAGGTGCGGTCATGCACCGCGCCGCTGGTGCCGTCGATCCGACCGAGCACCGTTTCCGCC                                   <  1:298955/101‑1 (MQ=255)     CGCTCAGCCCCGCCAGCGCCAGCAGCGTGCCGATCGCCCCGGAGGTGCGGTCATGCACCGCGCCGCTGGTGCCGTCGATCCGACCGAGCACCGTTTCCGCC                                   <  1:721222/101‑1 (MQ=255)     CGCTCAGCCCCGCCAGCGCCAGCAGCGTGCCGATCGCCCCGGAGGTGCGGTCATGCACCGCGCCGCTGGTGCCGTCGATCCGACCGAGCACCGTTTCCGCC                                   <  2:1464201/101‑1 (MQ=255)     CGCTCAGCCCCGCCAGCGCCAGCAGCGTGCCGATCGCCCCGGAGGTGCGGTCATGCACCGCGCCGCTGGCGCCGTCGATCCGACCGAGCACCGTTTCCGCC                                   >  1:681857/1‑101 (MQ=255)      GCTCAGCCCCGCCAGCGCCAGCAGCGTGCCGATCGCCCCGGAGGTGCGGTCATGCACCGCGCCGCTGGTGCCGTCGATCCGACCGAGCACCGTTTCCGCCG                                  >  1:4280207/1‑101 (MQ=255)      GCTCAGCCCCGCCAGCGCCAGCAGCGTGCCGATCGCCCCGGAGGTGCGGTCATGCACCGCGCCGCTGGTGCCGTCGATCCGACCGAGCACCGTTTCCGCCG                                  <  2:4328045/101‑1 (MQ=255)       CTCAGCCCCGCCAGCGCCAGCAGCGTGCCGATCGCCCCGGAGGTGCGGTCATGCACCGCGCCGCTGGTGCCGTCGATCCGACCGAGCACCGTTTCCGCCGC                                 >  2:3910248/1‑101 (MQ=255)        TCAGCCCCGCCAGCGCCAGCAGCGTGCCGATCGCCCCGGAGGTGCGGTCATGCACCGCGCCGCTGGTGCCGTCGATCCGACCGAGCACCGTTTCCGCCGCC                                >  1:3370028/1‑101 (MQ=255)        TCAGCCCCGCCAGCGCCAGCAGCGTGCCGATCGCCCCGGAGGTGCGGTCATGCACCGCGCCGCTGGTGCCGTCGATCCGACCGAGCACCGTTTCCGCCGCC                                >  2:2834662/1‑101 (MQ=255)        TCAGCCCCGCCAGCGCCAGCAGCGTGCCGATCGCCCCGGAGGTGCGGTCATGCACCGCGCCGCTGGTGCCGTCGATCCGACCGAGCACCGTTTCCGCCGCC                                >  1:106/1‑101 (MQ=255)        TCAGCCCCGCCAGCGCCAGCAGCGTGCCGATCGCCCCGGAGGTGCGGTCATGCACCGCGCCGCTGGTGCCGTCGATCCGACCGAGCACCGTTTCCGCCGCC                                >  1:583239/1‑101 (MQ=255)        TCAGCCCCGCCAGCGCCAGCAGCGTGCCGATCGCCCCGGAGGTGCGGTCATGCACCGCGCCGCTGGTGCCGTCGATCCGACCGAGCACCGTTTCCGCCGCC                                >  2:118549/1‑101 (MQ=255)         CAGCCCCGCCAGCGCCAGCAGCGTGCCGATCGCCCCGGAGGTGCGGTCATGCACCGCGCCGCTGGTGCCGTCGATCCGACCGAGCACCGTTTCCGCCGCCG                               >  1:1270270/1‑101 (MQ=255)         CAGCCCCGCCAGCGCCAGCAGCGTGCCGATCGCCCCGGAGGTGCGGTCATGCACCGCGCCGCTGGTGCCGTCGATCCGACCGAGCACCGTTTCCGCCGCCG                               <  1:3772970/101‑1 (MQ=255)          AGCCCCGCCAGCGCCAGCAGCGTGCCGATCGCCCCGGAGGTGCGGTCATGCACCGCGCCGCTGGTGCCGTCGATCCGACCGAGCACCGTTTCCGCCGCCGC                              >  1:4243858/1‑101 (MQ=255)           GCCCCGCCAGCGCCAGCAGCGTGCCGATCGCCCCGGAGGTGCGGTCATGCACCGCGCCGCTGGTGCCGTCGATCCGACCGAGCACCGTTTCCGCCGCCGCC                             <  1:2310938/101‑1 (MQ=255)            CCCCGCCAGCGCCAGCAGCGTGCCGATCGCCCCGGAGGTGCGGTCATGCACCGCGCCGCTGGTGCCGTCGATCCGACCGAGCACCGTTTCCGCCGCCGCCG                            >  2:919974/1‑101 (MQ=255) 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ATCGCGCTCAGCCCCGCCAGCGCCAGCAGCGTGCCGATCGCCCCGGAGGTGCGGTCATGCACCGCGCCGCTGGTGCCGTCGATCCGACCGAGCACCGTTT......................................  >  NC_014034/2306169‑2306268 ....................................................................................................CCGCCGCCGCCGCCCCGGTGGTGATCGTGTCCATCGCC  >  NC_014034/2306272‑2306309 Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 20 ≤  ATCG  < 29 ≤  ATCG  < 33 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG