New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 = 679080194 (0.820)67 (0.280) 11/200 30.2 0.35 coding (4527/6438 nt) RCAP_rcc00630 ice nucleation protein repeat family protein
?NC_014034 681121 = 59 (0.250)coding (2486/6438 nt) RCAP_rcc00630 ice nucleation protein repeat family protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

GTCAGCCGCGCCGCCTGCGCCGTGGTCAGCGCC....................................................................................................  >  NC_014034/679048‑679080
.................................ACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGCGCGGCCA  >  NC_014034/681121‑681220
                                                                                                                                     
cccagcgcCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAG                                  <  2:3202878/93‑1 (MQ=0)
 ccagcgcCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGC                                 <  1:1372963/94‑1 (MQ=0)
 ccagcgcCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGC                                 <  2:1393423/94‑1 (MQ=0)
 ccagcgcCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGC                                 >  1:1584194/8‑101 (MQ=0)
 ccagcgcCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGC                                 <  2:329572/94‑1 (MQ=0)
  cagcgcCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCG                                >  2:2775417/7‑101 (MQ=0)
  cagcgcCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCG                                <  1:552206/95‑1 (MQ=0)
   agcgcCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGC                               >  2:2160026/6‑101 (MQ=11)
   agcgcCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGC                               <  1:1619627/96‑1 (MQ=11)
   agcgcCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGC                               <  1:1627772/96‑1 (MQ=11)
   agcgcCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGC                               >  2:1488561/6‑101 (MQ=11)
   agcgcCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGC                               >  2:3259900/6‑101 (MQ=11)
    gctcCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCC                              <  2:1797461/97‑1 (MQ=17)
     cgcCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCG                             <  1:4140683/98‑1 (MQ=17)
     cgcCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCG                             <  1:1640517/98‑1 (MQ=17)
     cgcCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCG                             <  2:4483845/98‑1 (MQ=17)
     cgcCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCG                             >  2:1406554/4‑101 (MQ=17)
      gcCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGC                            <  2:1076740/99‑1 (MQ=17)
      gcCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGC                            >  2:4405911/3‑101 (MQ=17)
       cCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCA                           <  2:1771198/100‑1 (MQ=17)
       cCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCA                           <  1:3181410/100‑1 (MQ=17)
        CGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAA                          >  2:3506264/1‑101 (MQ=32)
          CCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGC                        <  1:666890/101‑1 (MQ=11)
          CCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGC                        <  1:639690/101‑1 (MQ=11)
            GCCTGCTCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTG                      <  2:2779224/101‑1 (MQ=1)
            GCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTG                      >  1:2447497/1‑101 (MQ=1)
            GCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTG                      <  2:2906803/101‑1 (MQ=1)
            GCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTG                      <  1:1787806/101‑1 (MQ=1)
             CCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGC                     <  2:3856732/101‑1 (MQ=1)
             CCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGC                     >  2:596007/1‑101 (MQ=1)
              CTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGTCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCG                    >  1:3921526/1‑101 (MQ=1)
              CTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCG                    >  2:2361205/1‑101 (MQ=1)
              CTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCG                    >  2:1736550/1‑101 (MQ=1)
               TGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGT                   >  2:2230505/1‑101 (MQ=1)
                GCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTC                  <  2:3294009/101‑1 (MQ=1)
                GCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTC                  <  1:1556247/101‑1 (MQ=1)
                 CGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCG                 >  2:4181603/1‑101 (MQ=1)
                 CGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCG                 >  1:1154046/1‑101 (MQ=1)
                 CGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCG                 >  1:1892995/1‑101 (MQ=1)
                 CGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCG                 <  1:4575800/101‑1 (MQ=1)
                  GCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGT                <  1:1613432/101‑1 (MQ=1)
                   CCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTG               <  1:2105024/101‑1 (MQ=1)
                   CCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCAATGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTG               >  2:4037655/1‑101 (MQ=1)
                    CGTCGTTAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGATGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGC              <  2:2776385/101‑1 (MQ=0)
                    CGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGC              <  1:3260145/101‑1 (MQ=1)
                     gtcGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCT             >  1:768814/4‑101 (MQ=1)
                      tcGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTC            <  2:2264202/99‑1 (MQ=1)
                      tcGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTC            <  1:193633/99‑1 (MQ=1)
                      tcGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTC            >  1:2245014/3‑101 (MQ=1)
                      tcGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTC            <  2:3443084/99‑1 (MQ=1)
                      tcGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTC            <  1:2048137/99‑1 (MQ=1)
                       cGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCA           <  1:3194457/100‑1 (MQ=1)
                       cGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCA           <  1:2330521/100‑1 (MQ=1)
                        cTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGGCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAG          <  2:3315582/100‑1 (MQ=1)
                        GTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAG          >  1:1785196/1‑101 (MQ=1)
                         TCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGC         >  2:245392/1‑101 (MQ=1)
                         TCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGC         >  1:2285044/1‑101 (MQ=1)
                          CAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGCG        >  1:2296602/1‑101 (MQ=1)
                           AGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGCGC       <  2:2748494/101‑1 (MQ=1)
                            GCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGCGCG      <  2:3760670/101‑1 (MQ=1)
                             CGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGCGCGG     <  1:2384733/101‑1 (MQ=1)
                              GCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGCGCGGC    <  2:657350/101‑1 (MQ=1)
                              GCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGCGCGGC    >  2:3595334/1‑101 (MQ=1)
                               CCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGCGCGGCC   <  1:833544/101‑1 (MQ=1)
                               CCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGCGCGGCC   <  2:1206446/101‑1 (MQ=1)
                                CACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGCGCGGCCA  >  1:2652255/1‑101 (MQ=1)
                                CACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGCGCGGCCA  >  1:4408468/1‑101 (MQ=1)
                                                                                                                                     
GTCAGCCGCGCCGCCTGCGCCGTGGTCAGCGCC....................................................................................................  >  NC_014034/679048‑679080
.................................ACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGCGCGGCCA  >  NC_014034/681121‑681220

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 24 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 34 ≤  ATCG  < 41 ≤  ATCG