New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 222019 =1126 (4.840)64 (0.270) 10/196 30.5 0.05 coding (638/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222027 1167 (4.910)coding (630/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 1966 total aligned reads displayed.

CTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGG  >  NC_014034/221919‑222119
                                                                                                    |                                                                                                    
 ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                                     >  1:3728665‑M1/37‑101 (MQ=255)
   atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGggtccgtcggat                                                                                                   <  1:1070100‑M1/67‑3 (MQ=255)
    tcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                                                  >  1:1175066‑M1/34‑101 (MQ=255)
     cggtggggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                                                 >  1:554648‑M1/33‑101 (MQ=255)
        tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                                                              >  1:4295670‑M1/30‑101 (MQ=255)
          gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                                            <  1:49761‑M1/74‑1 (MQ=255)
             tgtgtgcagtGCCTGGGCGTGGTCGGGTCCGTGGGATCTGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                                         <  2:2166218/92‑1 (MQ=2)
              gCGTCGGAGGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                        <  1:859486/101‑1 (MQ=255)
                   ggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                   >  2:3277393‑M1/19‑101 (MQ=255)
                      tGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                                                >  1:4436180/1‑101 (MQ=255)
                       cggttgtttcggtcggTTCCGCGGGTTCGGTCGGATCCGTTGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTcc                                                                               <  2:171721/93‑1 (MQ=11)
                        ggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                              <  2:11734‑M1/88‑1 (MQ=255)
                        gggcgggtccgtgGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                              >  1:953182‑M1/14‑101 (MQ=255)
                        cGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                                              <  2:2860516/101‑1 (MQ=11)
                             ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCAGAGCGGTCCGGCGGAGCCGTGGGa                                                                         >  2:4640263/9‑101 (MQ=1)
                             gggccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                                         <  1:2495834/93‑1 (MQ=11)
                             gatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                         >  2:2479857‑M1/9‑101 (MQ=255)
                                ccgtgTGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATccgtggggtcc                                                                      >  2:3511286‑M1/6‑97 (MQ=255)
                                ccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                      >  1:240473‑M1/6‑101 (MQ=255)
                                ccgggggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                      <  2:3103215/96‑1 (MQ=11)
                                 cgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                                     >  1:3131965‑M1/5‑101 (MQ=255)
                                  gtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                    >  2:4367222‑M1/4‑101 (MQ=255)
                                   tgGGATCGGTCGGGTCCCTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGgatccgtggggtccgtg                                                                   >  2:750522‑M1/3‑94 (MQ=255)
                                   tgGGATCGGTCGGAGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                   >  2:3808875‑M1/3‑101 (MQ=255)
                                   tagagtcggtcggatcgttgggatcggtcgtgttcgtggtgTCGGGCTGATCCTTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgttc                                                                   <  2:584171/96‑1 (MQ=2)
                                    ggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcgGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTGGGATCCGTGGGGtcggtcg                                                                  >  2:4103397/8‑101 (MQ=11)
                                    gggatcgttcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                  <  2:4547174/100‑1 (MQ=11)
                                    gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                  >  1:2874267‑M1/2‑101 (MQ=255)
                                     ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtgcgccgg                                                                 >  2:2016158/1‑94 (MQ=11)
                                     ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                 <  1:1553295/101‑1 (MQ=11)
                                        tctgtggggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                              <  1:3880178/95‑1 (MQ=11)
                                         tggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcGGTCGGATCCGTGGGATCTGTCTGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                             <  2:3710024/100‑1 (MQ=11)
                                         ctggcgtgtccgtgggatcggtcgtgtccgtggggtcggccggGTCCGTGGCATCTGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                             <  2:2231164/94‑1 (MQ=11)
                                          ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGAGCGGTGGGGgcggtgggaccgg                                                            >  2:2328789/1‑96 (MQ=11)
                                          ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                            >  1:3951201/1‑101 (MQ=11)
                                           gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGGCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                           >  2:1048495/1‑101 (MQ=14)
                                           gtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatcgGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                           >  1:2729808/1‑101 (MQ=11)
                                            tcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtg                                                          >  2:660527/1‑100 (MQ=11)
                                             cggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGTTCGGTCGGATCCGtgg                                                         >  1:771137/1‑99 (MQ=11)
                                              gggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtcgggcgcgcgcccggg                                                        >  1:1896580/1‑91 (MQ=11)
                                              gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTGCGTGGGCTCGGTCGGGGCCGTGgg                                                        >  2:3639064/1‑101 (MQ=11)
                                                gtccgttgggtccttcggatccgtgggaccggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                      <  2:3189754/101‑1 (MQ=11)
                                                gtccgtgggagcggtcgggtccgtgggagcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggat                                                      >  1:1765620‑M2/1‑96 (MQ=255)
                                                atccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGCGCGTGGGATCGCTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGCGGGAt                                                      >  1:1636935/2‑101 (MQ=11)
                                                 tccgggggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                     <  2:836456/101‑1 (MQ=11)
                                                  tcgtgggatcggtctggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                    <  2:2657142/100‑1 (MQ=11)
                                                  ccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                    <  1:3028825/101‑1 (MQ=11)
                                                   cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTgggatcgg                                                   <  2:302227‑M2/101‑9 (MQ=255)
                                                   cgtcggagtggtgggatcggtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                   <  1:4016675/92‑1 (MQ=11)
                                                    gtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGAtcggg                                                  >  2:3896356/1‑100 (MQ=11)
                                                    gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                  <  2:2409909/101‑1 (MQ=14)
                                                     gggggttgggcggggccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                 <  2:2939002/91‑1 (MQ=11)
                                                      gggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTGCGTGGGGTCGGTCGGATGCATGGGATCGGCCGGGTCCCCGGGAtcggtcg                                                >  1:3219/1‑101 (MQ=14)
                                                      gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcgggcg                                                <  2:2714549‑M2/101‑12 (MQ=255)
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                                                           cggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGggcgggtcc                                           >  2:1440840/1‑101 (MQ=11)
                                                           cggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGGTCGgtcggggcc                                           >  2:3955425/1‑101 (MQ=11)
                                                            ggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGCTCGgtcgggtcgg                                          >  2:908137/1‑99 (MQ=11)
                                                            ggtcgggtccgtgggagcggccggGGCGGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATGGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccg                                          <  1:2597964/101‑1 (MQ=11)
                                                            cgtcgggtccgtgggatcggtcgggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccg                                          >  1:230791‑M2/2‑84 (MQ=255)
                                                             gtcgggtccgtggggtccgtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgt                                         <  1:2159745/101‑1 (MQ=14)
                                                             gtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGgtcggatccgg                                         >  2:4435086/1‑100 (MQ=11)
                                                                gggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGgtgggatccgtggg                                      >  2:3342603/1‑101 (MQ=11)
                                                                gggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCAGTgggatcggtcgggtccgtggg                                      <  2:4191027‑M2/101‑22 (MQ=255)
                                                                 gatccgtaggatgggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcggg                                     <  1:1003866/99‑1 (MQ=11)
                                                                     cgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtcggatcgg                                 >  1:2671544/1‑99 (MQ=11)
                                                                      gtgggttccgtctgATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgt                                <  2:2095881/101‑1 (MQ=14)
                                                                      gtggggtcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgt                                <  1:1435459/101‑1 (MQ=11)
                                                                      gtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgt                                >  1:2216112/1‑101 (MQ=11)
                                                                        gggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTcgggtccgtcggatcggtcg                              >  1:4103302/1‑99 (MQ=11)
                                                                         gggttggagggACCCGGGGTATCGGTCGGGCCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgg                             <  2:1636830/92‑1 (MQ=11)
                                                                           gtccgtgggATCGGTGGGGTCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAt                           <  1:1994970/94‑1 (MQ=17)
                                                                           gtccgtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggt                           <  1:3475728‑M2/100‑33 (MQ=255)
                                                                           atcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGCTCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGGGGGGGCCGTCGGGTCCGTgggcc                           >  1:4182674/1‑99 (MQ=14)
                                                                           atcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAt                           >  2:4041780/1‑101 (MQ=11)
                                                                            tcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggccgggtc                          <  1:3816069‑M2/101‑34 (MQ=255)
                                                                             cggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                         <  1:2082698‑M2/101‑35 (MQ=255)
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                                                                                                    |                                                                                                    
CTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGG  >  NC_014034/221919‑222119

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG