New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221968 =595 (3.210)22 (0.120) 23/156 17.9 0.05 coding (689/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222089 323 (1.360)coding (568/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 1489 total aligned reads displayed.

CGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATC  >  NC_014034/221868‑222068
                                                                                                    |                                                                                                    
   ggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                                                                                   >  1:3658942‑M1/86‑101 (MQ=255)
   cgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccg                                                                                                   >  2:3641978‑M1/86‑101 (MQ=255)
      cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggacgggcccgtgg                                                                                                <  2:275052‑M1/19‑1 (MQ=255)
         cGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggat                                                                                             <  2:4480108/101‑1 (MQ=255)
          tccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                            >  1:2240076‑M1/79‑101 (MQ=255)
              aGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                        >  1:2463017/1‑101 (MQ=255)
               gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcg                                                                                       >  2:1967448‑M1/74‑101 (MQ=255)
               cggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                                       <  1:142061‑M1/28‑1 (MQ=255)
                  atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggat                                                                                    <  2:480605‑M1/31‑3 (MQ=255)
                    cggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                                  >  1:2322777‑M1/69‑101 (MQ=255)
                     ggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                                                                 <  2:3351831‑M1/34‑1 (MQ=255)
                      gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgt                                                                                <  1:161039‑M1/35‑1 (MQ=255)
                       tgtTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggggccgtg                                                                               >  2:833769/1‑101 (MQ=255)
                        gtTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGgatcggtcgggtccgtgggatcgggcgggtccgtgg                                                                              >  2:4393814/1‑101 (MQ=255)
                        gggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                              <  1:709114‑M1/37‑1 (MQ=255)
                          ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcggctccgtgggt                                                                            <  2:3173048‑M1/39‑2 (MQ=255)
                           ggtggtCGGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGGCGGTGGGCGTGGGGTGCGTGGGCTCGGTCGGATcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                           <  1:1255875/101‑1 (MQ=37)
                              cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                        >  1:4091215‑M1/59‑101 (MQ=255)
                                   gatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                                   >  1:2034454‑M1/54‑100 (MQ=255)
                                     gTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                                 >  1:56442/1‑101 (MQ=255)
                                      tggtcggatccgtggggtcggtcgggtccgtgggatgggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                >  2:748541‑M1/51‑101 (MQ=255)
                                      cggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                <  1:4284412‑M1/51‑1 (MQ=255)
                                        gtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                              >  2:4067218‑M1/49‑101 (MQ=255)
                                        gCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCgg                                                              >  2:1058627/1‑100 (MQ=255)
                                         tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                             <  2:2240361‑M1/54‑1 (MQ=255)
                                         ccGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                             >  1:4486190/1‑101 (MQ=255)
                                         ccGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                             >  1:781499/1‑101 (MQ=255)
                                          cgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                            >  2:2034778‑M1/47‑101 (MQ=255)
                                           ggATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGGggg                                                           >  2:2684827/1‑101 (MQ=255)
                                            ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                          <  1:508385‑M1/57‑1 (MQ=255)
                                            gatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGa                                                          <  2:2973655‑M1/57‑1 (MQ=255)
                                              tCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                        >  1:617412/1‑101 (MQ=255)
                                                 gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                     <  1:1672696‑M1/62‑1 (MQ=255)
                                                  tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGtccgtc                                                    <  1:2769026‑M1/63‑1 (MQ=255)
                                                      atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGgatcggtcggat                                                <  1:120657‑M1/67‑3 (MQ=255)
                                                          gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                            >  2:1308191‑M1/31‑101 (MQ=255)
                                                          ggcggggcggtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                            >  1:3472287‑M1/31‑101 (MQ=255)
                                                           tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                           >  1:3394024‑M1/30‑101 (MQ=255)
                                                           tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                           <  1:3014105‑M1/72‑1 (MQ=255)
                                                            ggTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                          >  2:2336227/1‑101 (MQ=255)
                                                            cgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                          <  2:4585845‑M1/73‑1 (MQ=255)
                                                             gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                         >  1:1755168‑M1/28‑101 (MQ=255)
                                                             gggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                         <  1:4657873‑M1/74‑1 (MQ=255)
                                                             ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                         >  1:3801581‑M1/28‑101 (MQ=255)
                                                              gatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTAAGTGGGa                                        <  2:3713965‑M1/75‑1 (MQ=255)
                                                                 ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                     >  1:1968992‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                                 ccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGAtcg                                     <  1:1111259‑M1/78‑1 (MQ=255)
                                                                   gtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                   <  2:3041116‑M1/80‑1 (MQ=255)
                                                                   gTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                   >  1:3323969/1‑101 (MQ=255)
                                                                    tgggatccgtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                  >  2:1762241‑M1/21‑101 (MQ=255)
                                                                     gggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                 <  1:1009700‑M1/82‑1 (MQ=255)
                                                                      ggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                >  1:2171524‑M1/19‑101 (MQ=255)
                                                                        atcggtcggatccgtgGTATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGgatcggtcgggc                              <  1:4418626‑M1/85‑3 (MQ=255)
                                                                          cggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                            <  1:2703382‑M1/87‑1 (MQ=255)
                                                                          ccGTCGGATCGGTGGGGTCGGTCGGATCCGGGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                            <  1:1544178/100‑1 (MQ=11)
                                                                            gtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                          >  2:3815784‑M1/13‑101 (MQ=255)
                                                                               gggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                       <  2:558343‑M1/92‑1 (MQ=255)
                                                                                 gtcgtttgtctcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                     <  2:4107779/91‑1 (MQ=11)
                                                                                 gtcggtgggATGGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                     <  2:3971037/100‑1 (MQ=11)
                                                                                 atccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                     <  1:2858679‑M1/94‑1 (MQ=255)
                                                                                  tcggacggATCGGTCGGGTCGGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                    >  2:152885/1‑101 (MQ=255)
                                                                                  gcggtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtc                    <  1:3088222/100‑1 (MQ=14)
                                                                                     gtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggg                 >  2:2105055/1‑100 (MQ=11)
                                                                                     ggggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGAtcggt                 <  2:3554467/92‑1 (MQ=14)
                                                                                      tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                >  2:389867‑M1/3‑101 (MQ=255)
                                                                                      tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                >  2:1672585‑M1/3‑101 (MQ=255)
                                                                                      tcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                >  1:4575082/1‑101 (MQ=255)
                                                                                      gggtatcggtggcttccgtgtgatcggtcggttccgtgggATCGGTCGTTTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                <  2:2434244/97‑1 (MQ=11)
                                                                                       cgattcggttggtgccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg               <  2:328172/97‑1 (MQ=11)
                                                                                         ggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGGTCGGTCggg             >  1:3531325/6‑101 (MQ=11)
                                                                                         ggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGACCGTGGGATCGGTCcgg             >  2:1141766/6‑101 (MQ=11)
                                                                                         gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATGTGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCggg             >  1:4004923/1‑101 (MQ=14)
                                                                                          atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCTTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCgggc            >  2:217934/1‑100 (MQ=11)
                                                                                          atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGtccgtgggat            >  1:2637297/1‑99 (MQ=255)
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                                                                                            cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCCGGTcc          >  1:394667/1‑101 (MQ=11)
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                                                                                                    tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatc  >  1:2922186‑M2/1‑95 (MQ=255)
                                                                                                    |                                                                                                    
CGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATC  >  NC_014034/221868‑222068

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG