New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221986 =844 (4.390)110 (0.570) 37/162 12.6 0.18 coding (671/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222119 190 (0.800)coding (538/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 1713 total aligned reads displayed.

TTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTC  >  NC_014034/221886‑222086
                                                                                                    |                                                                                                    
 tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggttaggtcgggtc                                                                                                     <  1:1419449‑M1/32‑1 (MQ=255)
 tcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtc                                                                                                     >  2:2831432‑M1/70‑101 (MQ=255)
  cGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                                                    <  1:1176293/101‑1 (MQ=255)
   ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccggggggtcggtcgggtccg                                                                                                   <  1:3304701‑M1/34‑1 (MQ=255)
   ggTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                                                                                   >  2:1504134/1‑101 (MQ=255)
   ggTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcggggccgtgggatcggtcgggtccg                                                                                                   >  1:2152769/1‑101 (MQ=255)
     tgtTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggggccgtg                                                                                                 >  2:833769/1‑101 (MQ=255)
     tgggttccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtg                                                                                                 >  1:4064032‑M1/66‑101 (MQ=255)
      cggatccgtgggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                                                >  1:3518898‑M1/65‑101 (MQ=255)
         atccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtggggt                                                                                             <  1:1999832‑M1/40‑3 (MQ=255)
             gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcgggtccgttggataagc                                                                                         <  2:2051835‑M1/44‑5 (MQ=255)
              ttaGCGGCGCCGGATCTCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                        <  2:910496/99‑1 (MQ=255)
                aGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGgtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                                      >  1:3029882/1‑101 (MQ=255)
                 gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgca                                                                                     <  1:1239578‑M1/48‑3 (MQ=255)
                 gCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGa                                                                                     >  1:1699744/1‑101 (MQ=255)
                      gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                                <  1:2953006‑M1/53‑1 (MQ=255)
                           gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGgaa                                                                           <  2:1102170‑M1/58‑2 (MQ=255)
                            tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                          >  2:2756366‑M1/43‑101 (MQ=255)
                              gcgcTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                                        >  2:2639057/1‑101 (MQ=255)
                              cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                                        <  1:3204073‑M1/61‑1 (MQ=255)
                                 gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                     <  1:2065729‑M1/64‑1 (MQ=255)
                                  ggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                    >  2:1737545‑M1/37‑101 (MQ=255)
                                   gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGatcggtcgga                                                                   <  1:3960057‑M1/66‑2 (MQ=255)
                                    gtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGgatcggtcggat                                                                  >  2:2923169‑M1/35‑99 (MQ=255)
                                    atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGggtccgtcggat                                                                  <  1:1070100‑M1/67‑3 (MQ=255)
                                    aTCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                                  >  1:4320674/1‑101 (MQ=255)
                                      cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                >  2:4427076‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                       ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGGCGGGTCCg                                                               <  2:4290350‑M1/70‑1 (MQ=255)
                                       ggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                               <  1:2632152‑M1/70‑1 (MQ=255)
                                         tcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                             <  1:1643044‑M1/72‑1 (MQ=255)
                                           gggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                           <  1:3105929‑M1/74‑1 (MQ=255)
                                              gccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                        >  2:269389‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                 gtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGCGGGAtcggt                                                     <  2:2215305‑M1/80‑1 (MQ=255)
                                                  gggggtcggtggggtccgtgGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                    >  1:1882576‑M1/21‑101 (MQ=255)
                                                         ggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGatcgg                                             <  2:4538368‑M1/88‑3 (MQ=255)
                                                         cGTGGGTTCCGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                             <  1:756050/101‑1 (MQ=11)
                                                          gtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                            <  1:2294214‑M1/89‑1 (MQ=255)
                                                           tcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                           >  1:275084‑M1/12‑101 (MQ=255)
                                                           tGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                           <  1:4466354/101‑1 (MQ=255)
                                                           tGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtc                                           >  2:1665334/1‑100 (MQ=11)
                                                              ggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGa                                        <  1:635630‑M1/93‑1 (MQ=255)
                                                               ggccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAt                                       <  2:3019469/97‑1 (MQ=11)
                                                               atccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                       <  1:2858679‑M1/94‑1 (MQ=255)
                                                                tcggtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtc                                      <  2:506298/101‑1 (MQ=11)
                                                                tcggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                      >  1:3796690/1‑101 (MQ=255)
                                                                  cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGCGGGATCCGTGGGGtccg                                    >  2:673903/5‑99 (MQ=11)
                                                                   gtgggggcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGtccgt                                   <  1:531463/94‑1 (MQ=11)
                                                                   gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTCGGATCGGGCGGGTCCGTGGGGTCGGGCGGATCCGTGGGAtcggt                                   >  2:1418832/4‑101 (MQ=14)
                                                                   gtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                   >  1:2456368‑M1/4‑101 (MQ=255)
                                                                   gtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                   <  1:269126/101‑1 (MQ=11)
                                                                    tgggatcggtcgtgtccttgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGAGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                  <  2:4101904/99‑1 (MQ=14)
                                                                    tgGGATCGGTCGGGTCCCTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGgatccgtggggtccgtg                                  >  2:750522‑M1/3‑94 (MQ=255)
                                                                    ggggaccgggcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                  <  1:4402355/99‑1 (MQ=14)
                                                                     gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                 >  2:395109/2‑101 (MQ=11)
                                                                     gggagcggtcgggtcggtgggagcggtcgggtgcgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                 <  2:1192443/100‑1 (MQ=14)
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                                                                      ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                <  1:1553295/101‑1 (MQ=11)
                                                                       gatcggtcgggtccggggggtccgtcgggtccgtggGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCggg                               <  1:335744/101‑1 (MQ=11)
                                                                        atcggtcgggtcagtgggatgcgtcgggtcagtgggATCGGTCGTGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGt                              <  2:3465081/101‑1 (MQ=11)
                                                                         tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATGGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGGTc                             >  1:457593/1‑101 (MQ=14)
                                                                         tcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc                             <  2:580899/101‑1 (MQ=11)
                                                                          cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTcc                            >  1:2230429/1‑101 (MQ=11)
                                                                          cggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggaaggatcc                            >  2:2380117/1‑93 (MQ=11)
                                                                           ggccgggcccgggggatcggtcgggtccgtggggtccgtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGAGCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                           <  2:3294505/98‑1 (MQ=14)
                                                                            gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGAGCCGTGGGATCCGAGGGATCGGTCGGGTGCgg                          >  2:4371852/1‑100 (MQ=14)
                                                                            gtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                          <  2:4622060/101‑1 (MQ=11)
                                                                              tggctccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg                        <  2:4024673/97‑3 (MQ=11)
                                                                              cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtgg                        >  1:583627/1‑99 (MQ=11)
                                                                               gggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGgg                       >  2:1868266/1‑101 (MQ=11)
                                                                               gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTGCGTGGGCTCGGTCGGGGCCGTGgg                       >  2:3639064/1‑101 (MQ=11)
                                                                               gggaccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccggcGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCCGGTCCGTGgg                       >  2:128019/1‑101 (MQ=14)
                                                                                ggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcgGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                      >  1:836532/1‑101 (MQ=11)
                                                                                ggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcgGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggga                      >  1:476608‑M2/1‑97 (MQ=255)
                                                                                ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGCTCGGCCGGGGCCGTGggg                      >  1:3915400/1‑100 (MQ=11)
                                                                                 gtccgtgggctctgtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggat                     >  2:3539059‑M2/1‑96 (MQ=255)
                                                                                 gtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggat                     <  1:2362654‑M2/101‑6 (MQ=255)
                                                                                 gtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGACGGGGCCGTGGGAt                     >  2:3879893/1‑101 (MQ=14)
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                                                                                                    |                                                                                                    
TTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTC  >  NC_014034/221886‑222086

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 14 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG