New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221992 =943 (4.900)3 (0.020) 7/162 29.2 0.01 coding (665/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222125 194 (0.820)coding (532/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 1752 total aligned reads displayed.

GTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGG  >  NC_014034/221892‑222092
                                                                                                    |                                                                                                    
cgggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                                                      >  2:443913‑M1/65‑101 (MQ=255)
 gggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                                     <  1:4089689‑M1/38‑1 (MQ=255)
 gggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                                     <  1:693170‑M1/38‑1 (MQ=255)
 ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtgcgtggg                                                                                                     <  2:438027‑M1/38‑1 (MQ=255)
  ggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                                                    >  1:4280082‑M1/63‑101 (MQ=255)
   atccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtggggt                                                                                                   <  1:1999832‑M1/40‑3 (MQ=255)
        ttaGCGGCGCCGGATCTCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                              <  2:910496/99‑1 (MQ=255)
           gCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGa                                                                                           >  1:1699744/1‑101 (MQ=255)
            atcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggt                                                                                          <  1:4532962‑M1/49‑3 (MQ=255)
             tcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtc                                                                                         <  2:824487‑M1/50‑4 (MQ=255)
                gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                                      <  1:2953006‑M1/53‑1 (MQ=255)
                  cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggaccgcgg                                                                                    <  2:3028581‑M1/55‑9 (MQ=255)
                  cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTgg                                                                                    <  1:338625‑M1/55‑1 (MQ=255)
                     atccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                                 >  1:3307371‑M1/44‑101 (MQ=255)
                       ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                               >  2:2313‑M1/42‑101 (MQ=255)
                        cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                                              <  2:4549816‑M1/61‑1 (MQ=255)
                         gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                             >  2:1233933‑M1/40‑101 (MQ=255)
                           cTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                           <  2:2462851/101‑1 (MQ=255)
                            ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                          >  1:3728665‑M1/37‑101 (MQ=255)
                              atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGgatcggtcggat                                                                        >  1:538925‑M1/35‑99 (MQ=255)
                               tcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                       >  1:1175066‑M1/34‑101 (MQ=255)
                                cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                      <  1:1433819‑M1/69‑1 (MQ=255)
                                cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGGCGGGTcc                                                                      <  2:1142765‑M1/69‑1 (MQ=255)
                                cggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTAGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                      >  1:106056‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                cgggcgggtccgggggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                      >  1:43776‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                cgggcggggccgtgggaccggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                      >  2:3572143‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                  gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                    >  2:3726034‑M1/31‑101 (MQ=255)
                                   tcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                                   <  1:1643044‑M1/72‑1 (MQ=255)
                                     gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                                 >  1:4625878‑M1/28‑101 (MQ=255)
                                       gtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                               >  1:2287150‑M1/26‑101 (MQ=255)
                                        tccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                              >  1:3545069‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                          cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtcgg                                                            <  2:3969873‑M1/79‑1 (MQ=255)
                                          cgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                            <  2:663770‑M1/79‑1 (MQ=255)
                                           gtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                           >  1:3215785‑M1/22‑101 (MQ=255)
                                            tgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                          <  1:3809160‑M1/81‑1 (MQ=255)
                                            gggggtcggtggggtccgtgGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                          >  1:1882576‑M1/21‑101 (MQ=255)
                                              ggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                        >  1:3470133‑M1/19‑101 (MQ=255)
                                                atccGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGGCCGTGGGAtcggtcgggg                                                      >  2:4063746/4‑99 (MQ=11)
                                                 tGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                     >  1:4436180/1‑101 (MQ=255)
                                                   gggcgggtccgtgGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                   >  1:953182‑M1/14‑101 (MQ=255)
                                                     tGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCGGTCGGGACCGTCGGAgcgggcgggggcgtg                                                 >  2:2954173/1‑94 (MQ=2)
                                                       gggtccgtcggATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATGGGCCGGGTCCGGGGGATGAGGCGGGACCGCGGGGGCCGCCGGGTCCTTggg                                               >  2:4300111/7‑101 (MQ=2)
                                                       ggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                               <  2:3661936‑M1/92‑1 (MQ=255)
                                                        ggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGa                                              >  2:3203830‑M1/9‑101 (MQ=255)
                                                          tcctggggagcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtc                                            <  1:2445630/95‑1 (MQ=11)
                                                          tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggaccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGACCGTGGGGTCCGTCGGACCCTTGGGAtg                                            >  2:1765501/7‑100 (MQ=11)
                                                           ccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                           <  2:3126734‑M1/96‑1 (MQ=255)
                                                           ccgggggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                           <  2:142047/96‑1 (MQ=11)
                                                             gtggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGAtcggt                                         >  1:599088/10‑101 (MQ=11)
                                                              tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                        <  2:1320868/99‑1 (MQ=11)
                                                              tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                        >  2:389867‑M1/3‑101 (MQ=255)
                                                              tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                        <  1:1308284‑M1/99‑1 (MQ=255)
                                                              tgGGATCGGTCGGGTCCCTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGgatccgtggggtccgtg                                        >  2:750522‑M1/3‑94 (MQ=255)
                                                              tagagtcggtcggatcgttgggatcggtcgtgttcgtggtgTCGGGCTGATCCTTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgttc                                        <  2:584171/96‑1 (MQ=2)
                                                               tggatgggtcgggtccgttggattggtcgggtccgtgGGATCGGTCTGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                       <  2:2094260/100‑1 (MQ=14)
                                                               gggatcggtcgggtccgtgggatcggtggggtcggtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                       <  1:236250/100‑1 (MQ=11)
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                                                               cggATCCGGGGGTTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAtccgtgg                                       <  2:2858463/101‑3 (MQ=18)
                                                                ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                      <  1:1553295/101‑1 (MQ=11)
                                                                  gtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGGCGGGGCCGTGGGATCGGCCGGGCCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCgggc                                    >  1:2691363/5‑100 (MQ=11)
                                                                   tccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCgggac                                   >  2:4634602/4‑99 (MQ=11)
                                                                    cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGGTCCTTGGGAACGGCCGGGTcg                                  >  2:1036319/1‑100 (MQ=11)
                                                                    cgctcggatccgtcagatgggtcggattagtgggatcggCCGGGTACGTGGCATCGGTCGTCTCCGTGAGGTCAGTCGGATCCGTGGGATCGGTCAGATcc                                  <  2:3407370/98‑1 (MQ=2)
                                                                    ccgtcgcatccgtgggatgggtcggagccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                  <  1:386609/93‑1 (MQ=14)
                                                                     ggtcgggtccgtgtgatgggtcggatccgtgggatcGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                 <  2:2224996/101‑1 (MQ=11)
                                                                     ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggacCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGAGCCGTGGGATCAGTCGGGACCg                                 >  2:2015366/1‑101 (MQ=14)
                                                                     ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGGCGGTCGGATCCGGGGGAgtggtcggatacg                                 >  2:4209191/1‑96 (MQ=14)
                                                                      gtcgtgtccgtgggttcggtcgggtcggtcggatcgGTGGGATCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGt                                <  2:2709436/101‑1 (MQ=11)
                                                                      gtcgggtccggggggtcggtcgggtccgtggggtcgGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                <  1:414984/101‑1 (MQ=11)
                                                                        cggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatcggtCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtcg                              >  1:2636330/1‑99 (MQ=11)
                                                                         gggttcgttggaatggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgg                             <  2:1595632/101‑1 (MQ=11)
                                                                         gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGACCGGGGGATCGGTCGGGTACGTGgg                             >  2:4110445/1‑101 (MQ=11)
                                                                         ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggTTCCGTGGGATCGGCCGGGTCCGTGCGGTCCGTCGGACCCTTGGGACCGGTCGGATCCGTGgg                             >  1:794657/4‑101 (MQ=11)
                                                                         ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgg                             >  2:2783264/4‑101 (MQ=11)
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                                                                                                    |                                                                                                    
GTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGG  >  NC_014034/221892‑222092

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG