New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 = 679080194 (0.860)68 (0.300) 12/200 27.2 0.35 coding (4527/6438 nt) RCAP_rcc00630 ice nucleation protein repeat family protein
?NC_014034 681121 = 55 (0.240)coding (2486/6438 nt) RCAP_rcc00630 ice nucleation protein repeat family protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

GTCAGCCGCGCCGCCTGCGCCGTGGTCAGCGCC....................................................................................................  >  NC_014034/679048‑679080
.................................ACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGCGCGGCCA  >  NC_014034/681121‑681220
                                                                                                                                     
cccagcgcCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAG                                  >  1:3454738/9‑101 (MQ=0)
  cagcgcCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCG                                >  2:2142897/7‑101 (MQ=0)
   agcgcCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGC                               >  1:1448549/6‑101 (MQ=11)
   agcgcCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGC                               >  1:1471733/6‑101 (MQ=11)
   agcgcCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGC                               <  2:2110572/96‑1 (MQ=11)
    gcgcCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCAGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCC                              >  2:2644994/5‑101 (MQ=9)
     cgcCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCG                             <  2:2487173/98‑1 (MQ=17)
     cgcCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCG                             >  1:1430853/4‑101 (MQ=17)
       cCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCCCGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCA                           >  2:2096282/2‑101 (MQ=17)
       cCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCA                           <  1:3566650/100‑1 (MQ=17)
        CGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAA                          <  1:423745/101‑1 (MQ=32)
        CGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAA                          >  2:702997/1‑101 (MQ=32)
         GCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAG                         >  2:1748395/1‑101 (MQ=31)
         GCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAG                         >  1:327957/1‑101 (MQ=31)
          CCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGC                        <  2:6110/101‑1 (MQ=11)
           CGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCT                       <  2:1788875/101‑1 (MQ=1)
           CGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCT                       <  2:4307830/101‑1 (MQ=1)
           CGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCT                       <  2:952210/101‑1 (MQ=1)
             CCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGC                     <  1:1600619/101‑1 (MQ=1)
             CCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGC                     >  1:2004199/1‑101 (MQ=1)
              CTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGGGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCG                    >  1:3731015/1‑101 (MQ=1)
              CTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCG                    <  1:823420/101‑1 (MQ=1)
              CTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCG                    >  2:3459068/1‑101 (MQ=1)
               gtCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGT                   >  2:905471/3‑101 (MQ=1)
               TGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGc                   >  2:3884138/1‑100 (MQ=1)
                GCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTC                  >  2:3080092/1‑101 (MQ=1)
                GCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTC                  >  1:1656611/1‑101 (MQ=1)
                GCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTC                  <  1:2477200/101‑1 (MQ=1)
                GCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTC                  <  1:2216150/101‑1 (MQ=1)
                 CGCCGTCGTCAGCGCCACGTTGACATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCG                 >  1:3499414/1‑101 (MQ=0)
                  GCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGT                <  2:4178248/101‑1 (MQ=1)
                  GCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGT                >  2:3136335/1‑101 (MQ=1)
                   CCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTG               >  1:2299009/1‑101 (MQ=1)
                    CGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGC              >  2:2391040/1‑101 (MQ=1)
                    CGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGC              >  1:906473/1‑101 (MQ=1)
                     gtcGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCT             <  1:4306569/98‑1 (MQ=1)
                      tcGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTC            <  2:2815130/99‑1 (MQ=1)
                      tcGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTC            <  2:2916626/99‑1 (MQ=1)
                       cGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCA           >  2:2691636/2‑101 (MQ=1)
                       cGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCA           <  2:3021743/100‑1 (MQ=1)
                       cGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCA           >  2:3252325/2‑101 (MQ=1)
                       cGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCA           >  2:466137/2‑101 (MQ=1)
                       cGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCA           <  2:987706/100‑1 (MQ=1)
                       cGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCA           >  1:1068242/2‑101 (MQ=1)
                       cGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCA           >  1:2604043/2‑101 (MQ=1)
                       cGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCA           >  2:2363738/2‑101 (MQ=1)
                       cGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCA           <  2:1349224/100‑1 (MQ=1)
                       cGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCA           <  1:80315/100‑1 (MQ=1)
                       cGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCA           >  1:3563682/2‑101 (MQ=1)
                        GTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAG          >  1:2851909/1‑101 (MQ=1)
                        GTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAG          >  1:3257642/1‑101 (MQ=1)
                        GTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAG          >  1:3591720/1‑101 (MQ=1)
                         TCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGC         <  2:1827950/101‑1 (MQ=1)
                         TCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGC         <  1:1659381/101‑1 (MQ=1)
                          CAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGCG        >  2:2535232/1‑101 (MQ=1)
                           AGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGCGC       >  2:2523015/1‑101 (MQ=1)
                           AGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGCGC       <  1:1485425/101‑1 (MQ=1)
                           AGCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGCGC       >  2:2456589/1‑101 (MQ=1)
                            GCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGCGCG      <  2:3664115/101‑1 (MQ=1)
                            GCGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGCGCG      <  2:4431867/101‑1 (MQ=1)
                             CGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGCGCGG     <  1:668269/101‑1 (MQ=1)
                             CGCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGCACGG     >  1:3997554/1‑101 (MQ=1)
                              GCCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGCGCGGC    <  1:1125774/101‑1 (MQ=1)
                               CCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGCGCGGCC   <  1:4389270/101‑1 (MQ=1)
                               CCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGCGCGGCC   >  1:4361313/1‑101 (MQ=1)
                               CCACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGCGCGGCC   <  2:2947196/101‑1 (MQ=1)
                                CACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGCGCGGCCA  >  2:3595655/1‑101 (MQ=1)
                                CACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGCGCGGCCA  >  1:2332736/1‑101 (MQ=1)
                                                                                                                                     
GTCAGCCGCGCCGCCTGCGCCGTGGTCAGCGCC....................................................................................................  >  NC_014034/679048‑679080
.................................ACGATGTCATCGGTGCCGAGGCCCTTGATCGCATTGGCACTCAGCGCCGTCACGCTGGCCGTATTCAGCGCCGCAAGCTGCGTCGTGCTCAGCGCGGCCA  >  NC_014034/681121‑681220

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 24 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 34 ≤  ATCG  < 41 ≤  ATCG