New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 = 2220091009 (4.460)81 (0.370) 47/196 11.5 0.07 coding (648/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 222019 = 1032 (4.560)coding (638/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 1722 total aligned reads displayed.

CCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGG  >  NC_014034/221909‑222109
                                                                                                    |                                                                                                    
   gatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                                                   <  2:1487000‑M1/57‑1 (MQ=255)
      cggtgggatccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCCGGTCCGTGGGAtcg                                                                                                >  2:3966498‑M1/42‑101 (MQ=255)
        gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                                              >  1:231954‑M1/40‑101 (MQ=255)
         tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                             >  1:2494380‑M1/39‑101 (MQ=255)
         tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                                             <  2:242841‑M1/63‑1 (MQ=255)
          gggatgggtcggctccgttggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                                            >  2:4438679‑M1/38‑101 (MQ=255)
          gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                                            <  1:4417150‑M1/64‑1 (MQ=255)
          cTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                                            >  2:3080677/1‑101 (MQ=255)
            gatcggtggggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGatcggtcgga                                                                                          >  1:1556018‑M1/36‑100 (MQ=255)
             atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCGGTGGGATCGGACGGGt                                                                                         <  2:233983‑M1/67‑1 (MQ=255)
                ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                                      <  1:476525‑M1/70‑1 (MQ=255)
                  cGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGATCCGTGGGGtcgggcggcgcccgg                                                                                    >  2:784879/1‑94 (MQ=21)
                   cgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTgg                                                                                   <  2:3160543‑M1/73‑1 (MQ=255)
                   cggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                                   <  1:3445648‑M1/73‑1 (MQ=255)
                    gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                                                  <  1:1904819‑M1/74‑1 (MQ=255)
                    gggtccgggggatcggtcgggtccgtgGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                                  >  1:94370‑M1/28‑101 (MQ=255)
                      atccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                                <  1:4339035‑M1/76‑1 (MQ=255)
                       tccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                               >  1:1650099‑M1/25‑101 (MQ=255)
                        ccgtggggtcggtcgggtctgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                              >  1:1279145‑M1/24‑101 (MQ=255)
                        ccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                              >  2:4014899‑M1/24‑101 (MQ=255)
                          gtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                            <  1:208822‑M1/80‑1 (MQ=255)
                           tgggatgggtcggtgccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                           >  1:3828647‑M1/21‑101 (MQ=255)
                            gggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                          <  1:1730168‑M1/82‑1 (MQ=255)
                             ggATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                         >  1:2159432/1‑101 (MQ=255)
                                 cggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                     <  1:2563567‑M1/87‑1 (MQ=255)
                                  cGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                    >  2:68906/1‑101 (MQ=255)
                                      gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggccgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGGCCGTGGGGTGCGTAGGAGCCGTggg                                                                >  2:3888283/10‑101 (MQ=11)
                                      gggtccgtcggATCGGTCGGGTACGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                >  2:4350434/7‑101 (MQ=11)
                                      ggCTCGGTCGGAGCCGTTGCGTCCGTGGGATCGGTCGCGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgg                                                                <  2:2844672/101‑1 (MQ=17)
                                       gatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCTGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                               >  2:2278853‑M1/9‑101 (MQ=255)
                                          cggtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCCGGTCCGTCGGAtcg                                                            <  2:2703505/101‑1 (MQ=11)
                                          ccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                            <  2:3285694‑M1/96‑1 (MQ=255)
                                          ccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                            <  1:1805256‑M1/96‑1 (MQ=255)
                                           cgtggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGAtcgg                                                           <  1:3197929/91‑1 (MQ=11)
                                            gtgggttcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                          <  1:2410021/95‑1 (MQ=11)
                                            gtgggatcgggcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                          <  1:3959890/98‑1 (MQ=11)
                                            gtgGGATCTGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                          >  2:529300‑M1/4‑101 (MQ=255)
                                             tgggggcaggcggggccgtgggatcggtcggatccgtgggagcggtGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                         <  1:547868/91‑1 (MQ=14)
                                             tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                         <  1:3148396/99‑1 (MQ=11)
                                              gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGCTACGTGGGGtccgtcg                                                        >  2:1294716/2‑101 (MQ=11)
                                               gggtgggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                       <  2:4075095/96‑1 (MQ=14)
                                                gatcggtggtgtgcgtgggatgggtgggatccgtggGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgga                                                      <  2:2087427/101‑2 (MQ=11)
                                                 atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGGTCCGTGGGGTCGGTGGGATCGGTGGGGgcgggcggcc                                                     >  2:2199545/1‑99 (MQ=11)
                                                  tcggtcgcgtacgagggatcgggcgggtccgggggaCCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                    <  2:3668925/101‑1 (MQ=11)
                                                  ccggtcggggccgtgggggcgatcgggtccctgggccCGGCCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                    <  2:925465/100‑1 (MQ=11)
                                                    ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTAGGGTCGGGCGGATGCGAGGGGTGGGGAGGGTCCg                                                  >  2:4250652/1‑101 (MQ=2)
                                                    ggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatcGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                  >  2:1137445/1‑101 (MQ=11)
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                                                     gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCAGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGATCGTTAGGGTCCGGGGGATCGGGCGGGCCCgg                                                 >  2:1051003/1‑100 (MQ=11)
                                                     gtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatcgGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                 >  2:1842659/1‑101 (MQ=11)
                                                      tcgtgtccgggggatcggtcgggtccgtgggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGTGTCCGTGGGATCGGTCGTGTCCCTGGGATCGGTCAGGTCCGtg                                                <  2:142616/101‑2 (MQ=11)
                                                      tcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                >  1:2914111‑M2/1‑100 (MQ=255)
                                                      tcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatcggTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtc                                                <  1:134543/101‑2 (MQ=11)
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                                                       gtgttccgtgggatcgggcgggtccggggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGGCGGAGCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg                                               <  1:3888537/97‑3 (MQ=14)
                                                        ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGTggg                                              <  1:4248337‑M2/101‑4 (MQ=255)
                                                          gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggat                                            >  1:14174‑M2/1‑96 (MQ=255)
                                                           tccgtgggatcggtcgggtgcgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                           <  1:785139/101‑1 (MQ=14)
                                                           tccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatc                                           >  2:3361537‑M2/1‑95 (MQ=255)
                                                            ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGGCGGTAGGGTCCGTGGGAGCGGTCGGGTCAGTGGTAtcg                                          >  2:4124957/1‑101 (MQ=11)
                                                            ccgtgggatcgggcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                          <  2:1209316/101‑1 (MQ=14)
                                                              gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggt                                        <  1:4091212‑M2/101‑10 (MQ=255)
                                                              gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggt                                        >  1:1485385‑M2/1‑92 (MQ=255)
                                                               tgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGCCCGTGGGAtcggtc                                       >  1:86165/1‑101 (MQ=11)
                                                               tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                       >  1:4018708/1‑101 (MQ=11)
                                                                  gatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggg                                    <  1:1189808‑M2/101‑14 (MQ=255)
                                                                   atcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGgtcgggc                                   >  1:1050274/1‑100 (MQ=11)
                                                                     cggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcggggcg                                 >  2:2925048/1‑98 (MQ=11)
                                                                        tcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtgggatccgtg                              <  2:134522‑M2/101‑20 (MQ=255)
                                                                         gggttccgtgggatcgctcggATCAGTGGGATCCGTCGGGTCCGTGGCATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtgg                             <  2:2538171/97‑3 (MQ=11)
                                                                         cgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCTGGgtcgggtccgggg                             >  2:3839873/1‑98 (MQ=11)
                                                                         cgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgg                             <  1:69490‑M2/101‑21 (MQ=255)
                                                                         cgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtcg                             >  1:2781782/1‑101 (MQ=11)
                                                                         cggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcg                             >  1:3655479/1‑101 (MQ=255)
                                                                            gtccgtgggatcggtcggGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggat                          >  1:273812‑M2/1‑78 (MQ=255)
                                                                            gtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggat                          <  2:1924879/101‑3 (MQ=255)
                                                                            atccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggat                          <  1:1001929/100‑3 (MQ=255)
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                                                                                                  gTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggt    <  2:1001844‑M2/101‑46 (MQ=255)
                                                                                                   tGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggcg   <  2:856543‑M2/101‑47 (MQ=255)
                                                                                                    |                                                                                                    
CCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGG  >  NC_014034/221909‑222109

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG