New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221974 =737 (3.500)11 (0.050) 7/186 29.7 0.02 coding (683/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222101 339 (1.500)coding (556/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 1472 total aligned reads displayed.

CGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGG  >  NC_014034/221874‑222074
                                                                                                    |                                                                                                    
    tccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                                  <  1:4259406‑M1/23‑1 (MQ=255)
    tccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                                  >  1:3138527‑M1/79‑101 (MQ=255)
       gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggt                                                                                               <  2:1001844‑M1/26‑1 (MQ=255)
        aGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                              >  2:2633733/1‑101 (MQ=255)
         gggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                                             <  2:652153‑M1/28‑1 (MQ=255)
         gggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                                             <  1:2745384‑M1/28‑1 (MQ=255)
          gCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                                            <  2:1139109/101‑1 (MQ=255)
           cTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgggggatcggtcggg                                                                                           >  2:2400617/1‑101 (MQ=255)
                gtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgt                                                                                      <  1:631597‑M1/35‑1 (MQ=255)
                 tgtTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtg                                                                                     <  1:3245833/101‑1 (MQ=255)
                  gggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                                    <  1:1859068‑M1/37‑1 (MQ=255)
                    tggtggTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGAtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                                  <  1:534991/101‑1 (MQ=255)
                    ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                                  <  1:2106105‑M1/39‑1 (MQ=255)
                       ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                               >  1:2641719‑M1/60‑101 (MQ=255)
                          tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                            >  1:803581‑M1/57‑101 (MQ=255)
                          tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtc                                                                            <  1:1263749‑M1/45‑1 (MQ=255)
                               tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcgggtccgtgggatcggtcgggtc                                                                       <  1:2912686‑M1/50‑4 (MQ=255)
                                cggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                      <  1:732441‑M1/51‑1 (MQ=255)
                                 ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                                     <  1:2340605‑M1/52‑1 (MQ=255)
                                  gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCcgg                                                                    <  2:3655935‑M1/53‑2 (MQ=255)
                                   tcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                                   <  2:576058‑M1/54‑1 (MQ=255)
                                      gatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                <  2:1487000‑M1/57‑1 (MQ=255)
                                        tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGCGAtc                                                              <  1:1322027‑M1/59‑1 (MQ=255)
                                        tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgggGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtc                                                              >  1:4416428‑M1/43‑101 (MQ=255)
                                        tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtc                                                              >  1:247345‑M1/43‑101 (MQ=255)
                                         ccgtgggatcgggcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                             >  1:1051091‑M1/42‑101 (MQ=255)
                                               gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGgtccgtcgga                                                       >  2:2322589‑M1/36‑100 (MQ=255)
                                                 tcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                     <  2:3959634‑M1/68‑1 (MQ=255)
                                                  cggtggggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                    >  2:3452769‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                                  cggtcggggccgtgggatcggtcgggtgcgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                    >  1:221948‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                                   ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                   <  1:476525‑M1/70‑1 (MQ=255)
                                                    gtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                  <  2:351010‑M1/71‑1 (MQ=255)
                                                     gcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                 >  1:1577101‑M1/30‑101 (MQ=255)
                                                      cgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                <  2:2952929‑M1/73‑1 (MQ=255)
                                                       gggtccgggggatcggtcgggtccgtgGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                               >  1:94370‑M1/28‑101 (MQ=255)
                                                         atccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                             <  1:4339035‑M1/76‑1 (MQ=255)
                                                          tccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                            >  2:2863924‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                          tccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                            <  1:3563118‑M1/77‑1 (MQ=255)
                                                          gccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                            >  2:1215941‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                           gCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                           <  1:3382300/101‑1 (MQ=255)
                                                           ccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                           >  2:4014899‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                           ccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                           >  1:3459657‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                             gggggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                         >  1:255698‑M1/22‑101 (MQ=255)
                                                              tgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                        <  1:409390‑M1/81‑1 (MQ=255)
                                                              tgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                        <  2:866624‑M1/81‑1 (MQ=255)
                                                              tgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                        >  1:3042485‑M1/21‑101 (MQ=255)
                                                              tgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                        >  2:1573832‑M1/21‑101 (MQ=255)
                                                                 gATCCGTGGGATCGGTGGGTTCCGTCGGATCCGTGGGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcggg                                     <  2:4422411/101‑2 (MQ=11)
                                                                   tcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATc                                   <  2:4337446‑M1/86‑1 (MQ=255)
                                                                    gggTGGGTTCGGTGGGGCCGG.CGGGGCCCGGGGATCGGTCGGGTTCCGGGGATCCGGCGGGTTCGGGGGGTCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                 <  2:491495/99‑1 (MQ=9)
                                                                       tGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                               <  1:1397394/101‑1 (MQ=255)
                                                                       tGGGCGCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                               <  2:1807368/101‑1 (MQ=255)
                                                                        tggatcggtcggGTCCGTTGGGTTCGTGGTGTCGGTCGGGCCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTTGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtcg                              <  1:1481633/97‑3 (MQ=11)
                                                                        gggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtcg                              <  2:1974226/101‑3 (MQ=11)
                                                                        cgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                              <  2:3245639‑M1/91‑1 (MQ=255)
                                                                        cggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                              <  1:1136911‑M1/91‑1 (MQ=255)
                                                                        cggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                              <  2:1422164‑M1/91‑1 (MQ=255)
                                                                         gggttcgtgggatgggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                             <  2:818666/92‑1 (MQ=11)
                                                                         ggCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                             <  2:3822963/101‑1 (MQ=255)
                                                                          ggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGa                            <  1:282336‑M1/93‑1 (MQ=255)
                                                                            tccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtc                          >  1:881033‑M1/7‑101 (MQ=255)
                                                                             ccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                         >  1:3742973‑M1/6‑101 (MQ=255)
                                                                              cgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGGtcgg                        <  2:4141671‑M1/97‑1 (MQ=255)
                                                                               gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATTGGTCGGGGCCGTGGGAtcggt                       >  2:129130/4‑101 (MQ=11)
                                                                               gtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGatcggg                       <  2:3877923‑M1/98‑2 (MQ=255)
                                                                               gtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                       >  1:1661257/1‑101 (MQ=255)
                                                                                 ggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCGGTGGGATCCGTGGGAtcgggcg                     >  2:2712978/8‑101 (MQ=11)
                                                                                 ggaatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                     >  1:3307112/4‑101 (MQ=11)
                                                                                 cggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGGGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGCCGGAtctgtcg                     >  1:3183817/1‑101 (MQ=11)
                                                                                   gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcgGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTCGGAtcggggggg                   >  2:1679118/1‑96 (MQ=11)
                                                                                    gtccgtgggttccgtggggtcggtggagtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGt                  <  2:746434/91‑1 (MQ=11)
                                                                                    atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGCTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtccgtcggat                  >  1:3669178/1‑99 (MQ=11)
                                                                                     tcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc                 <  1:4141932/101‑1 (MQ=11)
                                                                                      cggtcgtggccgtgggatcggtcgggttcgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                <  2:2166637/101‑1 (MQ=14)
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                                                                                                    |                                                                                                    
CGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGG  >  NC_014034/221874‑222074

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG