New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 222040 =854 (4.660)33 (0.180) 9/162 25.5 0.06 coding (617/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222101 274 (1.210)coding (556/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 1779 total aligned reads displayed.

TGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATC  >  NC_014034/221941‑222140
                                                                                                   |                                                                                                    
 gggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATcc                                                                                                    >  1:4304271‑M1/15‑101 (MQ=255)
 gggTGGGTTCGGTGGGGCCGG.CGGGGCCCGGGGATCGGTCGGGTTCCGGGGATCCGGCGGGTTCGGGGGGTCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                                                   <  2:491495/99‑1 (MQ=9)
  cGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGCTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                                                                   <  2:1862255/101‑1 (MQ=11)
   gtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                                                  <  1:3153483‑M1/89‑1 (MQ=255)
   gTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                                                                                  <  2:4057471/101‑1 (MQ=255)
     gggCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                                                                <  1:4380854/101‑1 (MQ=255)
     cggatccgtcggGTCCGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTgg                                                                                                <  2:1973152/94‑1 (MQ=11)
        gtcggtcggGTCCGTCGGATCCGGGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAt                                                                                             <  2:1101138/100‑1 (MQ=11)
        ggccgtcgcACCGGTCGGGTCGGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAt                                                                                             <  2:1288895/97‑1 (MQ=11)
        atccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                                             <  2:2111971‑M1/94‑1 (MQ=255)
         tcggtgggGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGAtc                                                                                            <  1:3737507/101‑1 (MQ=14)
          cgcgcttcgaggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGGGGGAtcg                                                                                           >  2:3459233/11‑101 (MQ=11)
          ccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGCGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtag                                                                                           >  2:2742604/3‑99 (MQ=11)
            gtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                                         >  1:2404539/1‑101 (MQ=255)
             tcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtc                                                                                        <  1:2781630/101‑1 (MQ=11)
             gggggtccgtcgggtccgggggatcggtcggggccgtgggatcgGTCGGATCCGTGGGGTCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                        <  1:2970192/93‑1 (MQ=14)
             ggggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGTGTCCGTTGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                        <  2:3391091/99‑1 (MQ=11)
             ggGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGgatccgtggggtccgtg                                                                                        >  1:351045‑M1/3‑94 (MQ=255)
               ggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCGGTGGGGtggggcgg                                                                                      >  2:955585/1‑101 (MQ=11)
                 gtcggtcggggccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtccgtcgcat                                                                                    <  1:2555677/100‑4 (MQ=11)
                 ggcggtcgggtccgtggggtcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGtccgtgggat                                                                                    <  1:2312046/99‑3 (MQ=11)
                  tcggtcgcgtacgagggatcgggcgggtccgggggaCCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                                   <  2:3668925/101‑1 (MQ=11)
                     gtcgtgttcgtggggtcggtcgggtccgtggggtcgGTCGGCTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                                <  2:2024716/101‑1 (MQ=14)
                      gtgggtccgtgggatcggtcgggtgcgtggggtccttcGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtg                                                                               <  1:1957902/99‑2 (MQ=11)
                      gcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtg                                                                               <  1:2632383/100‑2 (MQ=11)
                      gcggatccgggggatcggtcggatccgtaggatcggtCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtc                                                                               <  2:1783745/100‑2 (MQ=11)
                       cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                              <  1:2245222‑M2/101‑3 (MQ=255)
                       cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                              >  2:1688612‑M2/1‑99 (MQ=255)
                        gggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                             <  1:693453‑M2/101‑4 (MQ=255)
                        ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                             >  2:2486808‑M2/1‑98 (MQ=255)
                         ggtccggggggtctgtcgggtccgtgggatcggtcgGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGggg                                                                            <  1:846700/101‑2 (MQ=11)
                         gggccgtgggatcgggcgggtccgtgggatcggtcgGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggga                                                                            >  1:973807‑M2/1‑97 (MQ=255)
                          ttccgtgggatcgggcggatccgtgggatctggcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                           <  1:1767942/100‑1 (MQ=11)
                          gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggat                                                                           >  1:14174‑M2/1‑96 (MQ=255)
                          gtccatgggatcggtcggggccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGCGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGac                                                                           >  2:3988721/1‑100 (MQ=11)
                           tcggtgggttcggtcggttccgtcggatccgtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                          <  2:1192136/98‑1 (MQ=11)
                           tccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                          >  1:2027136/1‑101 (MQ=11)
                           tccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatc                                                                          <  1:529352‑M2/101‑7 (MQ=255)
                           tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggggtc                                                                          >  1:129151‑M2/1‑95 (MQ=255)
                             cgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCTCGGTCGGGTCCGTGGGTTCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                                        >  2:386101/1‑101 (MQ=11)
                              gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggt                                                                       >  1:1485385‑M2/1‑92 (MQ=255)
                               tgggctcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCCGCTCCGTGGGATCGGTCGGATCCCTCGTTTCTGTTGGATCCCTGGGTtcggtc                                                                      >  2:2815210/1‑101 (MQ=2)
                               tgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGGGGGGtcggtc                                                                      >  1:3345432/1‑101 (MQ=11)
                                gggatggggcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                     <  1:1841940/101‑1 (MQ=11)
                                gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcg                                                                     <  1:4108174‑M2/101‑12 (MQ=255)
                                gggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGGCGGGGCCGTGGGAtcggtcg                                                                     >  2:1337914/1‑101 (MQ=11)
                                gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                     >  1:2455784/1‑101 (MQ=14)
                                 ggattggtcgggtcgcggggatccctcggATCCGTGGGATCGGTCGGTTCCGTGGGATCGGTCGGCTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                    <  2:3289274/101‑1 (MQ=11)
                                    tcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGGCGGATCCGTgggatcggtcggatc                                                                 <  1:2118959‑M2/101‑16 (MQ=255)
                                     cggtcgggtgcggggggtcgggcggATCCGTGGGACCGGGCGGGTCCCGTGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtcc                                                                <  2:1527888/101‑1 (MQ=11)
                                     cggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggggtcggtcgggtcg                                                                <  1:1570859‑M2/101‑17 (MQ=255)
                                     cggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtcc                                                                <  1:1684638/101‑1 (MQ=11)
                                      ggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTTCgtcggatccg                                                               >  2:322993/1‑101 (MQ=11)
                                        tcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtc                                                             <  2:4107914/101‑1 (MQ=255)
                                         cgtatcggtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCTGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcg                                                            <  2:2299230/94‑1 (MQ=14)
                                         cggatccgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtgggggccgtgg                                                            >  2:4208387/1‑99 (MQ=11)
                                          ggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccggggg                                                           <  2:880948‑M2/101‑22 (MQ=255)
                                          ggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcgg                                                           >  1:3284457/4‑101 (MQ=255)
                                            tgccgtggggtccgttggATCCGTGGGGTCGGTCGGTTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtggggt                                                         <  1:780274/99‑1 (MQ=11)
                                            atccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggat                                                         <  1:1001929/100‑3 (MQ=255)
                                              ccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtggggtcg                                                       <  2:3156998‑M2/101‑26 (MQ=255)
                                              ccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcgggtcc                                                       <  1:3645785/101‑1 (MQ=14)
                                                gtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtggggtcggt                                                     <  2:3758883‑M2/101‑28 (MQ=255)
                                                 tcggatcggtgggatCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                    <  1:1122759‑M2/99‑29 (MQ=255)
                                                  ggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgtcg                                                   >  2:706921/1‑99 (MQ=11)
                                                   ggatcggccggATCCGTGGGCTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGGAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggattggtcgg                                                  >  2:2564072/1‑92 (MQ=11)
                                                    gatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcgga                                                 <  2:2641548‑M2/101‑32 (MQ=255)
                                                    gatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcgggcggg                                                 <  1:3070197‑M2/101‑32 (MQ=255)
                                                     gtccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGTATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAt                                                <  1:3206835/97‑1 (MQ=11)
                                                     atcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggt                                                <  1:4075355‑M2/101‑33 (MQ=255)
                                                       cggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                              >  1:4208648‑M2/1‑67 (MQ=255)
                                                       ccgtcggATGCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtcc                                              <  2:2890154/99‑2 (MQ=11)
                                                        ggtcggGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAtcgg                                             <  1:272395/101‑1 (MQ=11)
                                                         gtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTGGGGTCCGTTGGGTCGGTgggggccgt                                            >  2:1034206/1‑95 (MQ=11)
                                                           cggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                          <  2:2408581‑M2/101‑39 (MQ=255)
                                                              ggccgtGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                       >  1:602389‑M2/3‑60 (MQ=255)
                                                               tcggTGGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                                      <  1:3440835/98‑1 (MQ=18)
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                                                                                                 ggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggctcggtcgggtccgtggga    <  1:119791‑M2/99‑77 (MQ=255)
                                                                                                   |                                                                                                    
TGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATC  >  NC_014034/221941‑222140

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 14 ≤  ATCG  < 21 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG