New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221956 =271 (1.290)123 (0.580) 16/186 23.3 0.31 coding (701/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222119 279 (1.230)coding (538/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 1061 total aligned reads displayed.

TTCGCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGG  >  NC_014034/221856‑222056
                                                                                                    |                                                                                                    
 tCGCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCtcggtcgg                                                                                                     >  2:2306245/1‑101 (MQ=255)
 tCGCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCtcggtcgg                                                                                                     <  1:1313998/101‑1 (MQ=255)
 gggtccgtgggatcggtcggttccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                                     >  2:3011744‑M1/100‑101 (MQ=255)
  ggtccgtgggctcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                                                    >  2:562347‑M1/99‑101 (MQ=255)
  ggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggg                                                                                                    <  1:2855068‑M1/3‑2 (MQ=255)
   gtccgtgggatcggtggggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtggggt                                                                                                   >  1:4019288‑M1/98‑99 (MQ=255)
    ccGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatc                                                                                                  <  2:2418473/101‑1 (MQ=255)
       gTGCCCGACCCCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggt                                                                                               <  2:3640435/101‑1 (MQ=255)
        tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                              <  1:3483649‑M1/9‑1 (MQ=255)
          cccGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgg                                                                                            <  2:1138242/101‑1 (MQ=255)
            atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggt                                                                                          <  1:4075355‑M1/13‑1 (MQ=255)
              acacCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtcc                                                                                        >  2:1717864/1‑101 (MQ=255)
              acacCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtcc                                                                                        <  2:2039868/101‑1 (MQ=255)
                 ccGTCTCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtg                                                                                     <  2:144848/101‑1 (MQ=255)
                       ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcg                                                                               <  1:1124720‑M1/24‑1 (MQ=255)
                        cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                              >  2:816626‑M1/77‑101 (MQ=255)
                        cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                              <  1:3657948‑M1/25‑1 (MQ=255)
                         gtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                             <  1:1004475‑M1/26‑1 (MQ=255)
                         gtgggcgcggtccggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                             >  2:1601345‑M1/76‑101 (MQ=255)
                          tggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                            <  2:280403‑M1/27‑1 (MQ=255)
                          tgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                            <  2:349286‑M1/27‑1 (MQ=255)
                            ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                          >  1:1219842‑M1/73‑101 (MQ=255)
                             cTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                                         >  2:4039131/1‑101 (MQ=255)
                              ttCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtcggtgggatcggtcgggt                                                                        >  1:756821/1‑101 (MQ=255)
                               tcggtcgggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcgggcc                                                                       <  1:1615692‑M1/32‑3 (MQ=255)
                                cggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatcc                                                                      >  1:456782‑M1/69‑101 (MQ=255)
                                 ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggggccgtgggatcggtcggggccgtgggatcggtcgggtccg                                                                     <  2:2505988‑M1/34‑1 (MQ=255)
                                 ggtcgggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtggggtccg                                                                     <  2:4364531‑M1/34‑1 (MQ=255)
                                 ggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcgggtccg                                                                     <  2:3981596‑M1/34‑1 (MQ=255)
                                 ggTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                                                     >  1:4228742/1‑101 (MQ=255)
                                    gtTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGgatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                  >  1:2299375/1‑101 (MQ=255)
                                     ttGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                 <  2:1816860/101‑1 (MQ=255)
                                     gggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                 <  1:3396122‑M1/38‑1 (MQ=255)
                                     ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                 <  1:1712135‑M1/38‑1 (MQ=255)
                                        tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatc                                                              >  2:221156‑M1/61‑101 (MQ=255)
                                         ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcg                                                             <  2:875743‑M1/42‑1 (MQ=255)
                                           gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgt                                                           <  1:877149‑M1/44‑7 (MQ=255)
                                           gtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGAGGAGTGGGCTCGGGCGGATCGGTcggggccgggggattggtgtagttcgtggggtcggt                                                           >  1:1991489/1‑101 (MQ=255)
                                            tgggatcggtcggatccttgggatcggtcgggtgcgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtc                                                          >  1:3796305‑M1/57‑101 (MQ=255)
                                              aGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGgtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                        >  2:3802314/1‑101 (MQ=255)
                                                atcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtggggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggt                                                      <  1:1516481‑M1/49‑3 (MQ=255)
                                                 tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcgggtccgtgggatcggtcgggtc                                                     <  1:2912686‑M1/50‑4 (MQ=255)
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                                                   cGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                   >  1:1788671/1‑101 (MQ=255)
                                                    gtcggatccgtgggatcggtcgggtacgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                  >  1:3218346‑M1/49‑101 (MQ=255)
                                                        ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                              >  2:4099953‑M1/45‑101 (MQ=255)
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                                                              ggggatcggtcgggtccggcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                        >  1:2623242‑M1/39‑101 (MQ=255)
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                                                                         gTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                             >  1:3352891/1‑101 (MQ=255)
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                                                                            tccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                          <  1:3563118‑M1/77‑1 (MQ=255)
                                                                            ggCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                          <  2:1344618/101‑1 (MQ=255)
                                                                             ccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                         >  1:1439793‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                                             ccgggggATGCGTGGTTTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcc                         <  2:3115092/96‑2 (MQ=11)
                                                                              cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                        >  2:2649684‑M1/23‑101 (MQ=255)
                                                                              cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                        <  2:945697‑M1/79‑1 (MQ=255)
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                                                                                 cGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                     >  1:2752178/1‑101 (MQ=255)
                                                                                 cGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                     <  2:3296059/101‑1 (MQ=255)
                                                                                  ggATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                    >  1:1863547/1‑101 (MQ=255)
                                                                                  ggATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGCGCGAACGCACGGATCCGAGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                    >  2:3681979/1‑101 (MQ=18)
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                                                                                        gTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtcgggggggaccgt              >  2:450755/1‑91 (MQ=11)
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                                                                                                    |                                                                                                    
TTCGCCGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGG  >  NC_014034/221856‑222056

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG