New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221968 =617 (3.030)51 (0.250) 7/180 29.1 0.11 coding (689/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222128 212 (0.940)coding (529/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 1362 total aligned reads displayed.

GACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATC  >  NC_014034/221869‑222068
                                                                                                   |                                                                                                    
   gtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggggccgc                                                                                                  <  1:818748‑M1/17‑2 (MQ=255)
   gtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcggtggggtcggtcggggccgg                                                                                                  <  2:1591478‑M1/17‑2 (MQ=255)
    tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccggg                                                                                                 <  1:1750258‑M1/18‑3 (MQ=255)
    ccGTCTCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtg                                                                                                 <  2:144848/101‑1 (MQ=255)
     cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                                                <  2:2408581‑M1/19‑1 (MQ=255)
       tCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtggga                                                                                              <  1:478697/101‑1 (MQ=255)
          cggtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                           >  1:631856‑M1/78‑101 (MQ=255)
            gAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                         >  2:1160995/1‑101 (MQ=255)
              gggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                                       <  1:2745384‑M1/28‑1 (MQ=255)
                 atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggat                                                                                    >  2:325018‑M1/71‑99 (MQ=255)
                    ggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccg                                                                                 <  2:1299155‑M1/34‑1 (MQ=255)
                    ggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcgggtccg                                                                                 <  2:3981596‑M1/34‑1 (MQ=255)
                    gggcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                                                                 >  1:433158‑M1/68‑101 (MQ=255)
                      tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtg                                                                               <  1:2484705‑M1/36‑1 (MQ=255)
                         ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                            <  1:2106105‑M1/39‑1 (MQ=255)
                          atccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggcccgggggat                                                                           <  2:4114831‑M1/40‑1 (MQ=255)
                            tggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                         >  1:2649856/1‑101 (MQ=255)
                            ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcg                                                                         <  2:875743‑M1/42‑1 (MQ=255)
                             cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcgg                                                                        <  2:3646633‑M1/43‑1 (MQ=255)
                                    tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcgggtccgtgggatcggtcgggtc                                                                 <  1:2912686‑M1/50‑4 (MQ=255)
                                     cggtcgggtccgggggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                >  1:3353720‑M1/51‑101 (MQ=255)
                                      ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                               <  2:56062‑M1/52‑1 (MQ=255)
                                       gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCcgg                                                              <  1:3017546‑M1/53‑2 (MQ=255)
                                         cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGAGCCGTgg                                                            <  2:4047660‑M1/55‑1 (MQ=255)
                                           ggtCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                          <  1:1053284/99‑1 (MQ=255)
                                             tccgtgggatcggtttgttccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                        >  1:2337173‑M1/43‑101 (MQ=255)
                                               cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGggatagg                                                      <  2:3081307‑M1/61‑4 (MQ=255)
                                                 gcTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                    >  1:387690/1‑101 (MQ=255)
                                                  gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                   <  1:4417150‑M1/64‑1 (MQ=255)
                                                  gggatcggtcggatccgtgggagcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                   >  2:731549‑M1/38‑101 (MQ=255)
                                                    gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGatcggtcgga                                                 <  1:535784‑M1/66‑2 (MQ=255)
                                                      tcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGtcggggc                                               <  2:231927‑M1/68‑3 (MQ=255)
                                                       gggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGTATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                              >  1:4012909‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                                       cggtcggggccgtgggatcggtcgggtgcgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                              >  1:221948‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                                       cGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                              <  1:2824776/101‑1 (MQ=255)
                                                         gtcggatcgctgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                            >  2:2874366‑M1/31‑101 (MQ=255)
                                                          tcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTccggg                                           <  2:1239703‑M1/72‑3 (MQ=255)
                                                           gggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGtcg                                          >  1:734787/8‑99 (MQ=11)
                                                           cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                          <  2:1013565‑M1/73‑1 (MQ=255)
                                                              gtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                       >  2:641449‑M1/26‑101 (MQ=255)
                                                              atccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                       >  2:2957529‑M1/26‑101 (MQ=255)
                                                              atccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                       >  1:1840169‑M1/26‑101 (MQ=255)
                                                               tccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCcgtggggga                                      <  1:3289506‑M1/77‑4 (MQ=255)
                                                               tccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                      >  1:2017795‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                                cggtggggtccGTGGGATCGGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                     <  1:3119913/91‑1 (MQ=11)
                                                                  gtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                   <  2:3933515‑M1/80‑1 (MQ=255)
                                                                  gtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                   <  1:1593723‑M1/80‑1 (MQ=255)
                                                                   tgggatgggtcggtgccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                  >  1:3828647‑M1/21‑101 (MQ=255)
                                                                    gggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                 >  1:3656188‑M1/20‑101 (MQ=255)
                                                                    gggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtgggtcg                                 <  1:2297480‑M1/82‑1 (MQ=255)
                                                                    cGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                 <  2:3296059/101‑1 (MQ=255)
                                                                         cggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                            <  1:2563567‑M1/87‑1 (MQ=255)
                                                                          cGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGCTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                           <  2:1862255/101‑1 (MQ=11)
                                                                           gtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGt                          <  1:3459143‑M1/89‑1 (MQ=255)
                                                                            tcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                         >  2:1075578‑M1/12‑101 (MQ=255)
                                                                            tGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                         <  1:1397394/101‑1 (MQ=255)
                                                                            tGGGCTCGGTCGGATCGGACGGGCCCGTGGGATCGGACGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCggg                         >  2:246925/1‑99 (MQ=17)
                                                                             tggatcggtcggGTCCGTTGGGTTCGTGGTGTCGGTCGGGCCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTTGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtcg                        <  1:1481633/97‑3 (MQ=11)
                                                                             cggatccgtcggGTCCGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTgg                        <  2:1973152/94‑1 (MQ=11)
                                                                               ggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGa                      <  1:88926‑M1/93‑1 (MQ=255)
                                                                                 tcggtgggGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGAtc                    <  1:3737507/101‑1 (MQ=14)
                                                                                 gcggtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCcgtggggtc                    >  1:1919347‑M1/7‑98 (MQ=255)
                                                                                  gcgggggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                   <  2:2635600/96‑1 (MQ=11)
                                                                                   cgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                  <  1:1319897‑M1/97‑1 (MQ=255)
                                                                                    gtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                 <  1:397115‑M1/98‑1 (MQ=255)
                                                                                    gtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCgaccgatccca                 <  2:4322508/101‑11 (MQ=255)
                                                                                    gtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                 >  1:3536027/1‑101 (MQ=255)
                                                                                     tgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGGtcggtc                >  2:3871707/3‑101 (MQ=11)
                                                                                     ggggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGTGTCCGTTGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                <  2:3391091/99‑1 (MQ=11)
                                                                                      ggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCGGTGGGATCCGTGGGAtcgggcg               >  2:2712978/8‑101 (MQ=11)
                                                                                      gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGGCGGATCGGTGGGGTCGGGCGGATGCGGGGGGtcgggcg               >  2:803499/2‑101 (MQ=11)
                                                                                      gGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAgcggtcg               <  1:24098‑M1/100‑1 (MQ=255)
                                                                                        gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGATCCGTGGGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGtccgtggga             <  2:2271056/101‑2 (MQ=11)
                                                                                        gatcggtcgggtccggtggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtccgtcgga             <  2:1516376/101‑2 (MQ=11)
                                                                                         atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGGCGGGt            >  1:3220512/1‑101 (MQ=11)
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                                                                                                   |                                                                                                    
GACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATC  >  NC_014034/221869‑222068

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG