New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221986 =747 (3.630)93 (0.450) 37/182 13.4 0.16 coding (671/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222129 212 (0.940)coding (528/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 1580 total aligned reads displayed.

TTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCC  >  NC_014034/221886‑222087
                                                                                                    |                                                                                                     
 tcggtcgggtccgtgggctccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtc                                                                                                      >  2:185279‑M1/70‑101 (MQ=255)
  cggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatcc                                                                                                     <  2:2866006‑M1/33‑1 (MQ=255)
   ggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccg                                                                                                    >  2:3207544‑M1/68‑101 (MQ=255)
   ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccg                                                                                                    <  1:2866762‑M1/34‑1 (MQ=255)
    gtgtTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgt                                                                                                   >  2:3328580/1‑101 (MQ=255)
    gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgt                                                                                                   >  2:1395055‑M1/67‑101 (MQ=255)
      cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgg                                                                                                 <  1:3659380‑M1/37‑1 (MQ=255)
       gggtccgtgggagcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                                >  1:918176‑M1/64‑101 (MQ=255)
       gggtccgtgggagcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                                <  1:2427296‑M1/38‑1 (MQ=255)
         gtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggggccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                                              <  2:3604871‑M1/40‑1 (MQ=255)
          tccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                             >  1:3381153‑M1/61‑101 (MQ=255)
          tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatc                                                                                             >  2:221156‑M1/61‑101 (MQ=255)
          ggggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                             <  2:3416810/99‑1 (MQ=255)
           ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcg                                                                                            <  2:875743‑M1/42‑1 (MQ=255)
            cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                                           <  1:1115876‑M1/43‑1 (MQ=255)
              tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggggccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgggggatcggtc                                                                                         <  2:3940140‑M1/45‑1 (MQ=255)
                 gCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGa                                                                                      >  1:1946164/1‑101 (MQ=255)
                     ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                                                  <  2:56062‑M1/52‑1 (MQ=255)
                      gtcggatcggtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                                 >  1:2299270‑M1/49‑101 (MQ=255)
                      gtcggatccgtgggatcggtcgggtacgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                                 >  1:3218346‑M1/49‑101 (MQ=255)
                        cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                               >  2:1330908‑M1/47‑101 (MQ=255)
                            tccgtgggatcggtcgtgtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCcgtggggtc                                                                           >  2:2289378‑M1/43‑98 (MQ=255)
                             ccgtgggctcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                          >  1:4236317‑M1/42‑101 (MQ=255)
                                ggggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtccgtc                                                                       >  1:685319‑M1/39‑101 (MQ=255)
                                 gggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                      >  2:4228481‑M1/38‑101 (MQ=255)
                                  tCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                     >  2:2535860/1‑101 (MQ=255)
                                  ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                     >  2:1044783‑M1/37‑101 (MQ=255)
                                  ggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                     <  1:142637‑M1/65‑1 (MQ=255)
                                      cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                 <  1:1209409‑M1/69‑1 (MQ=255)
                                      cggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                 >  1:2691365‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                       ggtcgggtccgtgggattggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGgtcgg                                                                <  2:270594‑M1/70‑3 (MQ=255)
                                       ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                <  2:1464799‑M1/70‑1 (MQ=255)
                                       ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                <  1:1348872‑M1/70‑1 (MQ=255)
                                       gACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                                <  2:4059339/101‑1 (MQ=255)
                                           gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                            <  2:2103896‑M1/74‑1 (MQ=255)
                                           gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTggg                                                            <  2:3691794‑M1/74‑1 (MQ=255)
                                           gTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                            >  1:986648/1‑101 (MQ=255)
                                            gatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                           <  1:104345‑M1/75‑1 (MQ=255)
                                              tccgtggggtcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                         >  2:1529534‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                              tccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCcgtggggga                                                         <  1:3289506‑M1/77‑4 (MQ=255)
                                              tccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                         >  1:3950777‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                               gCGTCGGATGCGTGTGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                        <  2:3265993/101‑1 (MQ=255)
                                               gCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                        <  1:2234615/101‑1 (MQ=255)
                                                cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                       <  2:945697‑M1/79‑1 (MQ=255)
                                                 gtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                      <  1:1593723‑M1/80‑1 (MQ=255)
                                                    ggATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                   >  1:1863547/1‑101 (MQ=255)
                                                      atccGTGGGAACGGTCGGGTCCGTCGGGTCATTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgggt                                                 <  2:349534/98‑3 (MQ=1)
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                                                          gtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                             <  1:3153483‑M1/89‑1 (MQ=255)
                                                          gTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTTTGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                             <  2:704922/101‑1 (MQ=11)
                                                          gTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                             >  1:2108375/1‑101 (MQ=1)
                                                           tcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGGCGGATccgcg                                            <  1:4326483‑M1/90‑3 (MQ=255)
                                                            gggCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                           <  1:4380854/101‑1 (MQ=255)
                                                            cgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTgg                                           <  1:2579821‑M1/91‑1 (MQ=255)
                                                             gggttcgtgggatgggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                          <  2:818666/92‑1 (MQ=11)
                                                              ggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGa                                         <  1:2352430‑M1/93‑1 (MQ=255)
                                                               gtccgtgGGGTCGGTCGGGTCCGTGGTATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                        >  1:2509608‑M1/8‑101 (MQ=255)
                                                               ggccgtcgcACCGGTCGGGTCGGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAt                                        <  2:1288895/97‑1 (MQ=11)
                                                                tcggtgggGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGAtc                                       <  1:3737507/101‑1 (MQ=14)
                                                                tccggggggtcggtcgggtccgggggatcggtcgcgtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                       <  1:3827873/92‑1 (MQ=11)
                                                                 cggtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGGCCGTGGGAtcg                                      >  1:847279/1‑101 (MQ=11)
                                                                 ccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGGCGGATCCGTGGGAtcg                                      <  1:2955516‑M1/96‑1 (MQ=255)
                                                                   gtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                    >  2:1115785‑M1/4‑101 (MQ=255)
                                                                    tggtatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtc                                   <  1:3999282/97‑1 (MQ=11)
                                                                    tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                   >  2:2603267‑M1/3‑101 (MQ=255)
                                                                    tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                   >  1:276820‑M1/3‑101 (MQ=255)
                                                                       ggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGCGGGATCGGCCggg                                >  1:597607/6‑101 (MQ=14)
                                                                       gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGCTCCGTGGGGTCGGTAGGATCGGTGGGATCGGGCggg                                >  2:3876194/1‑101 (MQ=14)
                                                                       gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcgGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTCGGGTCGGTCggg                                >  2:4304002/1‑101 (MQ=11)
                                                                       gatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGGACCGTGGGCTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTTCGTGGGATCGGTCagg                                >  2:243133/1‑101 (MQ=11)
                                                                        gtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGtccgtgggat                               <  2:3988733/100‑3 (MQ=11)
                                                                         tgggtgggggcggtgggggcggtggggtcggggggatcGGTGGGATCGGTGGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATc                              <  1:784961/99‑1 (MQ=2)
                                                                          cggtcgggtccgggggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                             <  1:3081528/101‑1 (MQ=14)
                                                                             gcggatccgggggatcggtcggatccgtaggatcggtCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtc                          <  2:1783745/100‑2 (MQ=11)
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                                                                                                    |                                                                                                     
TTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCC  >  NC_014034/221886‑222087

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG