New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 221956 =257 (1.370)39 (0.210) 2/166 32.8 0.07 coding (701/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222045 725 (3.210)coding (612/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 1783 total aligned reads displayed.

TGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCG  >  NC_014034/221945‑222145
                                                                                                    |                                                                                                    
 cgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCTGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                                                                     <  1:2305349‑M1/91‑1 (MQ=255)
   gatcggtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATGGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                                                                   <  1:895464/99‑1 (MQ=11)
   gatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCTGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                                                                   >  2:2278853‑M1/9‑101 (MQ=255)
    ttccgtgggatcggtcgggtccgttggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                                                  <  2:2619677/94‑1 (MQ=11)
    gtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTTGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                                                  >  1:4364802‑M1/8‑101 (MQ=255)
    gtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGgag                                                                                                  <  1:501404‑M1/94‑2 (MQ=255)
     tcggtgggGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGAtc                                                                                                 <  1:3737507/101‑1 (MQ=14)
     tccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                                                 <  1:3645207‑M1/95‑1 (MQ=255)
      cggtgggGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGAtcg                                                                                                <  2:3044139/101‑1 (MQ=14)
      cggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                                >  2:3434638/1‑101 (MQ=255)
      cagtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcg                                                                                                <  2:694324/99‑1 (MQ=14)
       cgtggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGAtcgg                                                                                               <  1:3197929/91‑1 (MQ=11)
         tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                             >  1:3145237‑M1/3‑101 (MQ=255)
          gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGGCGGATCGGTGGGGTCGGGCGGATGCGGGGGGtcgggcg                                                                                            >  2:803499/2‑101 (MQ=11)
          gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTGCGGGGGGtccgtcg                                                                                            >  2:3827620/2‑101 (MQ=11)
          gGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                                            >  1:67102‑M1/2‑101 (MQ=255)
           gggtcggtcgggtccgtgggatcgggcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                           <  1:1942736/98‑1 (MQ=14)
            gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGATCCGTGCGATCGGTCGGGTTCGTGGGTTCCGTCTGATCCGTggggcccgtgggg                                                                                          >  2:621675/1‑91 (MQ=11)
             ctcgggcggggcggtggagtcggggggggcggtgggaTCGGTCGGGTCGGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                                                         <  2:2781852/100‑1 (MQ=11)
             atcggttggatccgtgggatcggtcggatccgtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcggat                                                                                         <  2:397076/101‑3 (MQ=11)
             atcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCgggg                                                                                         >  2:1512829/1‑100 (MQ=11)
             atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggATCGGTGGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTCGGATCGGTCgggc                                                                                         >  1:4104174/1‑100 (MQ=11)
              tcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggaTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGCGATCGGTCGGGTc                                                                                        >  2:1649993/1‑101 (MQ=11)
              ccggtctgcttcgtaggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                                        <  2:2081529/100‑1 (MQ=14)
               cgttcgggtccgtgggatcggtcgggttcgtgggatcggTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                                       <  2:3507709/98‑1 (MQ=11)
               cggtcgtggccgtgggatcggtcgggttcgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                                       <  2:2166637/101‑1 (MQ=14)
               cggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGAtgggtgggagac                                                                                       >  2:1833545/1‑97 (MQ=11)
               cggtcgggcccgggggatcggtcgggtccctggggtGCCTCGGTTCCGTGGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                                       <  2:2543338/101‑1 (MQ=11)
               cggtccggtccgtgggatcgttcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCCGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                                       <  2:1441491/101‑1 (MQ=14)
                ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATTGGTCGGATCCg                                                                                      >  1:75488/1‑101 (MQ=11)
                  gcaggtccgtgggaggggtcgggtccgtgggatcggtcgGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGtg                                                                                    <  1:2528635/98‑2 (MQ=11)
                   gtgatgcgtgggtgcggtcgggtccgtgggatccgtcggGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtgg                                                                                   <  1:3045738/95‑3 (MQ=11)
                   cgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGtgg                                                                                   >  2:3264247/1‑99 (MQ=11)
                   cgggtccgtgggatcgttcgggtccgtgggatcggcCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtgg                                                                                   >  1:3898669/1‑99 (MQ=14)
                   cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCTGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg                                                                                   <  1:3993336/101‑3 (MQ=14)
                   cgggtccgggggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtgg                                                                                   <  1:1609178/101‑3 (MQ=11)
                    gggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGACCGTGgg                                                                                  >  2:2879235/1‑101 (MQ=11)
                    gggtccgtgggagcggtcgggtccgggggatccgtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgg                                                                                  <  2:4276358/101‑1 (MQ=11)
                    cggtccggggggtcaggcggatccgtgggatcggtcgGATCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgg                                                                                  <  1:4433432/100‑1 (MQ=11)
                     gatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGCTCCGTCGGGTCGGGTGGCTCCggggga                                                                                 >  1:2691443/3‑96 (MQ=11)
                       tctgtgggatgggtcgggtccgggggatcggccggGTCCGGGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                               <  1:243160/98‑1 (MQ=11)
                       tccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatc                                                                               <  2:1734593‑M2/101‑7 (MQ=255)
                       tccgtgggatcggccgggtccgtgggatcggtcggGTCAGTCGGATCGGTCGGGCCCGTGGGGTAGGACGGATCAGTGGAAACGGTGGGGTcagagggacc                                                                               >  2:3723233/1‑92 (MQ=9)
                        ccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCggggggtcg                                                                              >  1:2024853/1‑93 (MQ=11)
                         cgtggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGCCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCCTGGGAtcgg                                                                             >  1:2112789/1‑101 (MQ=11)
                          gtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGggctgcgt                                                                            >  2:2452343/1‑95 (MQ=11)
                           tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                           <  2:2340455/101‑1 (MQ=14)
                           ggggagcggtcggttccgggggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGAGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                           <  2:2950396/100‑1 (MQ=11)
                            gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcg                                                                          <  1:1498729‑M2/101‑12 (MQ=255)
                              gatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggg                                                                        >  2:4090952‑M2/1‑88 (MQ=255)
                              gatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTG.........GGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggg                                                               >  1:342811/1‑101 (MQ=11)
                               atcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGgtcgggt                                                                       >  1:169026/1‑101 (MQ=11)
                                 tggtcgggtccgtgggatcggtcggaTCCGGGGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtcc                                                                     >  1:4176153‑M2/2‑85 (MQ=255)
                                 cggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGGGGGATCGGTCGGGGCCGGGGGATCGgtcggggcc                                                                     >  2:1089172/1‑101 (MQ=11)
                                    tcgggtccggcggctcggtcggCGCCGTGGGTTCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGACCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGggcgggtccgtc                                                                  <  2:201310/101‑1 (MQ=11)
                                    tcgggtacgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtg                                                                  <  2:3345195/101‑2 (MQ=11)
                                    tcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtc                                                                  >  1:2853147/1‑101 (MQ=255)
                                     cgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgg                                                                 <  2:3604028‑M2/101‑21 (MQ=255)
                                      gggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGCCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGCTCGGGCCCCTGGGAACGgccgggcccctccg                                                                >  1:828697/1‑99 (MQ=11)
                                      ggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGACCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcgg                                                                >  1:1421556/4‑101 (MQ=11)
                                        gtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggat                                                              <  1:3507950‑M2/101‑24 (MQ=255)
                                        atccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggat                                                              <  1:1001929/100‑3 (MQ=255)
                                          ccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCgtcggatccgagatcgga                                                            >  2:3880729/1‑93 (MQ=11)
                                          ccgtaggagcggtcggTTCCGTAAGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcgggtcc                                                            <  2:549002/101‑1 (MQ=14)
                                               ggatcggtcggGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                       >  2:1369599‑M2/1‑71 (MQ=255)
                                                ggtcgggcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGa                                                      <  1:334499/99‑1 (MQ=11)
                                                 gtcggtcgggTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggt                                                     >  1:1780895‑M2/2‑69 (MQ=255)
                                                  tccgtcggAGCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtc                                                    <  2:4018452/98‑1 (MQ=11)
                                                   cggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                   <  1:2760080‑M2/101‑35 (MQ=255)
                                                   cggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGGCCGTGGGAtcg                                                   >  2:4164590/1‑101 (MQ=11)
                                                   ccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtcc                                                   <  1:589980/99‑2 (MQ=11)
                                                     gtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtggggtccgt                                                 <  2:4373665‑M2/101‑37 (MQ=255)
                                                     gtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtccgt                                                 <  1:223626/101‑1 (MQ=11)
                                                      tcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                >  2:3197700/1‑101 (MQ=14)
                                                       cggATCCGACCGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                               <  1:3951593/101‑1 (MQ=17)
                                                          gtcCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                            <  1:4276627‑M2/100‑42 (MQ=255)
                                                          gtCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAtcggtcgggt                                            <  1:1202808/100‑3 (MQ=11)
                                                             ggtcggATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                         >  1:1061773/5‑101 (MQ=17)
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                                                                                                  gtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggggccgtgggatcggt    <  2:3119689‑M2/101‑82 (MQ=255)
                                                                                                    gggATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGGGGGAtcggtcg  >  2:1318382/1‑101 (MQ=255)
                                                                                                    |                                                                                                    
TGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCG  >  NC_014034/221945‑222145

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG