New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_014034 222019 =1039 (4.690)54 (0.240) 6/196 31.6 0.05 coding (638/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
?NC_014034 = 222027 1074 (4.750)coding (630/2748 nt) RCAP_rcc00185 hypothetical protein
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 1807 total aligned reads displayed.

GGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGG  >  NC_014034/221928‑222127
                                                                                                   |                                                                                                    
cggttctttgggatcgggcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                                                     >  2:198934‑M1/29‑101 (MQ=255)
cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                                                                     <  2:1013565‑M1/73‑1 (MQ=255)
 gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                                                    <  1:3502244‑M1/74‑1 (MQ=255)
   atccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                                                  >  2:2957529‑M1/26‑101 (MQ=255)
    tccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                                                 >  2:2560203‑M1/25‑101 (MQ=255)
    tccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                                                 >  1:1650099‑M1/25‑101 (MQ=255)
    tccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                                                 >  1:2363523‑M1/25‑101 (MQ=255)
     cggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGtcc                                                                                                >  1:510706/3‑100 (MQ=11)
      cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                                                               <  1:4434320‑M1/79‑1 (MQ=255)
       gtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                                              <  1:208822‑M1/80‑1 (MQ=255)
                gTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGCCCGt                                                                                     >  2:2409906/1‑101 (MQ=11)
                  gggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtcg                                                                                   >  1:4362110/1‑99 (MQ=1)
                     cTCGGTCGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                                <  1:4104342/101‑1 (MQ=255)
                       cggtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGCGGAtcg                                                                              >  2:2637041/1‑101 (MQ=11)
                       cggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                              <  2:1791235/101‑1 (MQ=255)
                         cgcgggttggtcgggtcccgtggaacggtcggctccgtgggatcGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGTATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                            <  2:1326639/93‑1 (MQ=11)
                          tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGCCGGGGCCGCGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGAtcggtg                                                                           >  2:273777/3‑100 (MQ=14)
                           gGGATCGGTCGGTTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                          >  2:169005‑M1/2‑101 (MQ=255)
                           gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                          >  1:242868‑M1/2‑101 (MQ=255)
                            gggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                         <  2:1385029/95‑1 (MQ=14)
                            ggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGAtcggccgg                                                                         >  1:2509837/1‑101 (MQ=11)
                             gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggcccgtggGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCggg                                                                        >  1:3147835/1‑101 (MQ=14)
                              gtcgtgcggctccgtgtggtcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                                       <  2:2118743/95‑1 (MQ=11)
                              gtcggtgcggtgcgtgggatcggtggggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                                       <  1:4181055/100‑1 (MQ=11)
                               tcgggcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATc                                                                      <  1:3701188/101‑1 (MQ=11)
                                cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGACCGGTGGGATCCGTGGGGTCGGCCGCGTcc                                                                     >  2:221921/1‑101 (MQ=11)
                                cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATcg                                                                     <  1:3187929/101‑2 (MQ=11)
                                ccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                     <  1:1404754/99‑1 (MQ=14)
                                 ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGGCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                    >  1:91567/1‑101 (MQ=14)
                                  gtcctgtccgtggggtcggtcgtgtccgtgggatcggtctgGTTCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                   <  2:2035879/96‑1 (MQ=14)
                                   tcgggtgcgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtg                                                                  <  2:4277124/101‑2 (MQ=11)
                                    cggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGGCGGACCCGtgg                                                                 >  1:3771840/1‑99 (MQ=11)
                                     gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGAACAGGGGATCGGTCGGGTCTGGGGGTTTGGTCGAGTccagcgg                                                                >  2:4371551/1‑96 (MQ=2)
                                     ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                >  2:2486808‑M2/1‑98 (MQ=255)
                                     ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTACGTGGGGTCCGGCGGATCAGTGGGATCGGTCGGATGCGTGgg                                                                >  1:1542973/4‑101 (MQ=11)
                                       gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggggt                                                              >  1:3605119‑M2/1‑96 (MQ=255)
                                       gtccgtgggaccggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                              <  2:1877245/101‑1 (MQ=11)
                                       atccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggccgggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggat                                                              >  2:694446‑M2/2‑96 (MQ=255)
                                        tccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGtggtgcc                                                             >  2:1457650/1‑95 (MQ=11)
                                        tccgtgggatcggtcggatccggaggatcggtgggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtc                                                             <  1:3874748/101‑1 (MQ=11)
                                        gccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatc                                                             >  1:1885607‑M2/2‑95 (MQ=255)
                                         ccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGGAgggggg                                                            >  2:4100932/1‑97 (MQ=14)
                                         ccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGTTCGGGAGGGGCCGTGGGAgcg                                                            >  2:93439/1‑101 (MQ=11)
                                           gtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTCGGGTCGGTGGGATCCGGGGGATCTGGCGGGTCCGTGGGGtccgg                                                          >  1:3942759/1‑98 (MQ=11)
                                            tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGGtcggtc                                                         >  1:2593297/1‑101 (MQ=11)
                                             gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGGGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTGGGATCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGTtcggccg                                                        >  2:4175892/1‑101 (MQ=11)
                                             gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcg                                                        <  2:1168435‑M2/101‑12 (MQ=255)
                                              ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGAtcggtcgg                                                       >  2:551159/1‑101 (MQ=14)
                                              ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgg                                                       >  1:674494‑M2/1‑89 (MQ=255)
                                               gatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggg                                                      <  1:2007199‑M2/101‑14 (MQ=255)
                                               gatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTG.........GGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggg                                             >  1:342811/1‑101 (MQ=11)
                                                atcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGgtcgggc                                                     >  1:1050274/1‑100 (MQ=11)
                                                 tcggtcgcgtcgctgggctcgggcggGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtc                                                    <  2:1260469/101‑1 (MQ=11)
                                                  cggtcgggtgcggggggtcgggcggATCCGTGGGACCGGGCGGGTCCCGTGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtcc                                                   <  2:1527888/101‑1 (MQ=11)
                                                  cggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtcc                                                   <  2:3983283/101‑1 (MQ=11)
                                                  cggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGGGGGATCGGTCGGGGCCGGGGGATCGgtcggggcc                                                   >  2:1089172/1‑101 (MQ=11)
                                                  cgggtgggtccgtgggatcgggcggatccgTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtcc                                                   >  1:2210165‑M2/6‑85 (MQ=255)
                                                    gtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGggcgggcccgc                                                 >  1:2697121/1‑100 (MQ=11)
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                                                       ggatccgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGgtcgggtccgtcgg                                              >  1:1725886/4‑101 (MQ=11)
                                                        gatccgtgggatcggtcggatCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggagccgtggga                                             <  1:305821‑M2/99‑23 (MQ=255)
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                                                        gatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcggg                                             >  1:2759479/3‑101 (MQ=11)
                                                         atccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggat                                            <  1:1001929/100‑3 (MQ=255)
                                                           ccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtggggtcg                                          <  2:3156998‑M2/101‑26 (MQ=255)
                                                            cgtggggtccgtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGtcgggtccgtggggtccg                                         <  1:3264308/101‑1 (MQ=11)
                                                             gggggctcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgt                                        <  2:4040744/99‑1 (MQ=11)
                                                              tgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGCCGGGTCCCTGGGACCGgccggatccgtgggatgggcc                                       >  1:2288633/1‑94 (MQ=11)
                                                              tgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtc                                       >  2:3352654‑M2/1‑73 (MQ=255)
                                                              tgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTcgggtccgtcggatcggtc                                       >  1:1471970/1‑100 (MQ=11)
                                                                   tcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtc                                  >  2:2809553‑M2/1‑68 (MQ=255)
                                                                    cggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGGGCCGTGGGAccg                                 >  2:3511269/1‑101 (MQ=11)
                                                                    ccgtcggATGCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtcc                                 <  2:2890154/99‑2 (MQ=11)
                                                                    ccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtcc                                 <  1:589980/99‑2 (MQ=11)
                                                                     tgtgggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                >  2:3220283‑M2/2‑66 (MQ=255)
                                                                      gtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtccgt                               <  1:1794868/101‑1 (MQ=11)
                                                                        cggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccgtgg                             >  1:1344907/1‑99 (MQ=11)
                                                                         ggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGGCCGTCGGAtccgtggg                            >  1:756352/1‑101 (MQ=11)
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                                                                                                   |                                                                                                    
GGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGG  >  NC_014034/221928‑222127

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG