Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 221,997 G→C 12.5% T220T (ACC→ACG RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9970G→C12.5% 180.0 ‑0.4 ‑0.0688T220T (ACC→ACGRCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (46/42):  ref base (296/304):  total (342/346)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 6.49e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.99e-01

Only 100 of 1617 total aligned reads displayed.

TGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGG  >  NC_014034/221897‑222097
                                                                                                    |                                                                                                    
  gtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggt                                                                                                    <  2:631788‑M1/44‑1 (MQ=255)
  gtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                                    <  2:3634545‑M1/44‑1 (MQ=255)
      gatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgggggatcggtcgggtccgggggatcgggcggg                                                                                                <  1:3071944‑M1/48‑2 (MQ=255)
        tcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtc                                                                                              >  1:2107359‑M1/52‑98 (MQ=255)
         cggtgcggtccgggggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                                             >  2:229972‑M1/51‑101 (MQ=255)
          ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCg                                                                                            <  1:3361774‑M1/52‑1 (MQ=255)
          ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                                                            <  1:2340605‑M1/52‑1 (MQ=255)
            ccGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                                                          >  2:3874188/1‑101 (MQ=255)
               ggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCTCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                                                       <  1:119791‑M1/57‑1 (MQ=255)
                  ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                                    <  2:223599‑M1/60‑1 (MQ=255)
                  ccgtgggatcgggcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                                    >  1:1051091‑M1/42‑101 (MQ=255)
                     gcTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                 >  2:1788020/1‑101 (MQ=255)
                           cggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                           >  1:2691365‑M1/33‑101 (MQ=255)
                            ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                          <  1:1348872‑M1/70‑1 (MQ=255)
                              gcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                                        >  1:1577101‑M1/30‑101 (MQ=255)
                               gggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGtcg                                                                       >  1:734787/8‑99 (MQ=11)
                                gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                      <  1:42604‑M1/74‑1 (MQ=255)
                                gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGCATCGGTCGGATCCGTggg                                                                      <  1:4427127‑M1/74‑1 (MQ=255)
                                ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                      >  2:3788645‑M1/28‑101 (MQ=255)
                                 gatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                     <  1:3665614‑M1/75‑1 (MQ=255)
                                   tccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                   >  1:2017795‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                   tccgtcggagcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                   >  2:3123421‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                   tccGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGtc                                                                   <  1:2212989/99‑1 (MQ=11)
                                      gtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                <  2:3933515‑M1/80‑1 (MQ=255)
                                       tgggatgggtcggtgccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                               >  1:3828647‑M1/21‑101 (MQ=255)
                                       tCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                               <  1:1116024/101‑1 (MQ=255)
                                       ggggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                               >  2:429171‑M1/21‑101 (MQ=255)
                                         ggagcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                             >  2:2455627‑M1/19‑101 (MQ=255)
                                            tcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATc                                                          >  2:1034967‑M1/16‑101 (MQ=255)
                                             cggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATcc                                                         <  1:3546489‑M1/87‑1 (MQ=255)
                                               gtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                       <  1:3153483‑M1/89‑1 (MQ=255)
                                               gTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTTTGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                                       <  2:704922/101‑1 (MQ=11)
                                                  ggatcggtgggGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTggg                                                    <  2:4103545/98‑1 (MQ=11)
                                                    gtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCgtggggt                                                  >  1:4350705‑M1/8‑99 (MQ=255)
                                                      cggtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcg                                                >  1:1430906/1‑101 (MQ=11)
                                                      ccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                <  2:2632212‑M1/96‑1 (MQ=255)
                                                      ccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGGCGGATCCGTGGGAtcg                                                <  1:2955516‑M1/96‑1 (MQ=255)
                                                        gtcggATCGGTCGGGCCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGCGGGGTCGGCCGGGTCCCTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggc                                              >  2:2862014/1‑100 (MQ=11)
                                                        ggcggATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                              <  1:3217596/99‑1 (MQ=255)
                                                          ggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCGGTGGGATCCGTGGGAtcgggcg                                            >  2:2712978/8‑101 (MQ=11)
                                                          gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGGCGGATCGGTGGGGTCGGGCGGATGCGGGGGGtcgggcg                                            >  2:803499/2‑101 (MQ=11)
                                                          gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                            >  1:242868‑M1/2‑101 (MQ=255)
                                                          gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCggatccgtggggtccgtgg                                            >  2:3333586‑M1/2‑93 (MQ=255)
                                                           ggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGAtcggccgg                                           >  1:2509837/1‑101 (MQ=11)
                                                            gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcgGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTCGGAtcggggggg                                          >  2:1679118/1‑96 (MQ=11)
                                                            gatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtggGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgga                                          <  1:902688/101‑2 (MQ=11)
                                                             gtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGtccgtgggat                                         <  1:2582947/100‑3 (MQ=11)
                                                             gtcggtcggatccgtggggtcggtcggatccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcggat                                         <  1:151645/100‑3 (MQ=11)
                                                             atcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCgggg                                         >  2:1512829/1‑100 (MQ=11)
                                                               cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGAGCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                       >  2:3412663/1‑101 (MQ=11)
                                                                ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGGTTGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                      >  2:370518/1‑101 (MQ=11)
                                                                gggcgggtgcgtggggtctgtcgggtccgtgggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                      <  1:1765835/98‑1 (MQ=11)
                                                                  tcgtgtccttgggatcggtcgggtccgtggggtccgTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtg                                    <  2:135086/101‑2 (MQ=14)
                                                                  tcggatccgtgggatcgggcgggtccgtgggatcggTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                    >  2:2544427‑M2/1‑100 (MQ=255)
                                                                  gcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGATCCGCGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                    >  2:3507119‑M2/2‑100 (MQ=255)
                                                                   cgggtgggttggatcggtcggggccgtggggtccgtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg                                   <  2:2772329/101‑3 (MQ=11)
                                                                   cgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGtgg                                   >  2:3264247/1‑99 (MQ=11)
                                                                   cgggtccgtgggatcggtggggtccgtgggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                   >  1:1679246‑M2/1‑99 (MQ=255)
                                                                   cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                   >  2:2105968‑M2/1‑99 (MQ=255)
                                                                   cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                   <  1:4149649‑M2/101‑3 (MQ=255)
                                                                   cgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCggggcggggg                                   >  1:3745872/1‑94 (MQ=11)
                                                                   cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtgg                                   >  1:2289523/1‑99 (MQ=11)
                                                                     ggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcgGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                 >  2:4384852/1‑101 (MQ=11)
                                                                     gggccgtgggatcgggcgggtccgtgggatcggtcgGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggga                                 >  1:973807‑M2/1‑97 (MQ=255)
                                                                      gtccgttgggtccgtctggtccgtgggctcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgggt                                <  2:1319800/101‑3 (MQ=11)
                                                                      gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGCTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                >  1:1941616/1‑101 (MQ=11)
                                                                       tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatc                               >  1:3459473‑M2/1‑95 (MQ=255)
                                                                        ccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGTTCGGGAGGGGCCGTGGGAgcg                              >  2:93439/1‑101 (MQ=11)
                                                                        ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAGCGGTGGGATCCGTGGGAtcg                              >  2:2015548/1‑101 (MQ=11)
                                                                         cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCGGTgggatcgg                             <  2:1182068‑M2/101‑9 (MQ=255)
                                                                          gtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggt                            <  2:1433835‑M2/101‑10 (MQ=255)
                                                                            gggatggggcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                          <  1:1841940/101‑1 (MQ=11)
                                                                            gggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTACGTGGGAtcggtcg                          >  2:487622/1‑101 (MQ=11)
                                                                            gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCTGTGGGGGCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCTTGGGGCAGGGCGGGTCCGTAgggctagccg                          >  2:1093518/1‑93 (MQ=2)
                                                                            gggagcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                          <  1:819981/101‑1 (MQ=14)
                                                                            cggctcggtcgggcccgttttgtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                          <  2:3202219/97‑1 (MQ=11)
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                                                                                                   cggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtcg   <  1:561009‑M2/101‑35 (MQ=255)
                                                                                                    |                                                                                                    
TGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGG  >  NC_014034/221897‑222097

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 21 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG