Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,033 G→C 7.4% T208T (ACC→ACG RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0330G→C 7.4% 200.9 ‑0.9 ‑0.31367T208T (ACC→ACGRCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (40/65):  ref base (537/721):  total (578/789)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 4.11e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 4.90e-01

Only 100 of 1784 total aligned reads displayed.

GCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGG  >  NC_014034/221933‑222133
                                                                                                    |                                                                                                    
gCGTCGGATGCGTGTGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                                      <  2:3265993/101‑1 (MQ=255)
gCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                                      <  1:3741838/101‑1 (MQ=255)
gCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                                      <  1:2234615/101‑1 (MQ=255)
  gtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                                                    <  1:12000‑M1/80‑1 (MQ=255)
   tgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                                   >  2:1122668‑M1/21‑101 (MQ=255)
   tCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                                                   <  1:1116024/101‑1 (MQ=255)
    gggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                                                  <  2:3324359‑M1/82‑1 (MQ=255)
     ggagcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                                 >  2:2455627‑M1/19‑101 (MQ=255)
        tcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATc                                                                                              <  2:4337446‑M1/86‑1 (MQ=255)
         cggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                                             <  2:5848‑M1/87‑1 (MQ=255)
           gtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCcgg                                                                                           <  2:1841816‑M1/89‑2 (MQ=255)
             gggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtcg                                                                                         >  1:3651038/1‑99 (MQ=11)
                   cgtggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGAtcgg                                                                                   <  1:3197929/91‑1 (MQ=11)
                    gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATGGGTAGGGTCCGTGGGagggga                                                                                  >  2:3601999/4‑96 (MQ=11)
                    gtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                                  <  1:4123204‑M1/98‑1 (MQ=255)
                     tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                 <  2:1928046/99‑1 (MQ=11)
                     tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGgatccgtggggtccgtg                                                                                 >  1:3283711‑M1/3‑94 (MQ=255)
                      ggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCGGTGGGATCCGTGGGAtcgggcg                                                                                >  2:2712978/8‑101 (MQ=11)
                      gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTGCGGGGGGtccgtcg                                                                                >  2:3827620/2‑101 (MQ=11)
                        gatgggtggggtccgggggatcggtcgggtgcgtggGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGtccgtggga                                                                              <  1:2017172/101‑2 (MQ=11)
                        gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggcccgtggGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCggg                                                                              >  1:3147835/1‑101 (MQ=14)
                         gtccgtgggttccgtggggtcggtggagtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                                             <  2:746434/91‑1 (MQ=11)
                          tcggtcgtgtccgtgggatcggtcgggtccgtagggTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                            <  2:4245616/101‑1 (MQ=11)
                          tcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggaTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGCGATCGGTCGGGTc                                                                            >  2:1649993/1‑101 (MQ=11)
                          ccggtctgcttcgtaggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                            <  2:2081529/100‑1 (MQ=14)
                           cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGAGCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                           >  2:3412663/1‑101 (MQ=11)
                            ggtcggttccgtgggttccgtcggatccgtgggatcGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                                          <  2:88905/101‑1 (MQ=11)
                             gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGGCCGGGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGGCGGATCCGTGGGCGCGGGCgggggcgt                                                                         >  1:787776/1‑96 (MQ=14)
                              tcgtgtcggggggatcggtcgggtcggtgggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtg                                                                        <  2:831017/101‑2 (MQ=11)
                              tcgggtctgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtg                                                                        <  2:2283475/101‑2 (MQ=14)
                              gcgggtcggtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                                        >  2:495898‑M2/2‑100 (MQ=255)
                               cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                       <  2:4012653‑M2/101‑3 (MQ=255)
                                ggatcggtgtgatcggtcggttgcgtgggctgggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgg                                                                      <  1:927106/95‑1 (MQ=11)
                                ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGTggg                                                                      <  1:4248337‑M2/101‑4 (MQ=255)
                                cgctccgcgggttctgtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgg                                                                      <  2:2854860/98‑1 (MQ=1)
                                 tgtccgtgggacggttccggtcagcgggatccgtcggGTCCGTGGGACCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                                     <  2:4123505/100‑1 (MQ=11)
                                 ggtcggggggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                     <  1:551211/101‑1 (MQ=11)
                                  gtccgtgggttcgggcgggtccgtggtttcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                    <  1:2621985/101‑1 (MQ=14)
                                  ggccgtggcatcggtctggtcgctggggtccgtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                    <  2:3502003/99‑1 (MQ=11)
                                   tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCGCTGGGCTCGGCCGGGCCCggggggcc                                                                   >  2:1744391/1‑94 (MQ=11)
                                   tccgtgggatcggccgggtccgtgggatcggtcggGTCAGTCGGATCGGTCGGGCCCGTGGGGTAGGACGGATCAGTGGAAACGGTGGGGTcagagggacc                                                                   >  2:3723233/1‑92 (MQ=9)
                                    ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGacgg                                                                  >  1:3966754/1‑98 (MQ=14)
                                    ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcg                                                                  >  1:866323‑M2/1‑94 (MQ=255)
                                    ccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcg                                                                  <  1:1417161‑M2/101‑8 (MQ=255)
                                    ccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcg                                                                  <  2:4416156‑M2/101‑8 (MQ=255)
                                    ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATAGGTGGGAtcg                                                                  >  2:2363373/1‑101 (MQ=11)
                                    ccgtgggatcgggcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                  <  2:1209316/101‑1 (MQ=14)
                                        gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcg                                                              <  1:986313‑M2/101‑12 (MQ=255)
                                        cggctcggtcgggcccgttttgtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                              <  2:3202219/97‑1 (MQ=11)
                                         gcatcggtcgggtccgtggcatctgtcggatCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgg                                                             >  2:1430799‑M2/3‑89 (MQ=255)
                                           ggcgggcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggt                                                           <  1:1551528/99‑1 (MQ=11)
                                             cggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtcc                                                         <  2:149307/101‑1 (MQ=255)
                                              gggcgggtccggcggatcggtgggGGGCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccg                                                        <  1:1677468/98‑1 (MQ=1)
                                               gtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGCTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgt                                                       <  2:1355343/101‑1 (MQ=11)
                                                tcgggtccggcggctcggtcggCGCCGTGGGTTCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGACCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGggcgggtccgtc                                                      <  2:201310/101‑1 (MQ=11)
                                                 cgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGGgggatcggtcgggtccgtgg                                                     <  1:4081317‑M2/101‑21 (MQ=255)
                                                  gggtccgtggggtccgtcggGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGgtgggatccgtggg                                                    <  2:3879607/101‑1 (MQ=1)
                                                  gggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGGGGGATCGggcgggtccgtggg                                                    >  2:3963544/1‑101 (MQ=11)
                                                  ggatccgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAGCGgtcgggtccgtcgg                                                    >  1:1288988/4‑101 (MQ=11)
                                                   tatccgtggggtcggtccgATCGGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtggga                                                   <  2:1571360/99‑2 (MQ=11)
                                                    atccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggat                                                  <  1:1001929/100‑3 (MQ=255)
                                                     tccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtggggtc                                                 <  1:3921646‑M2/101‑25 (MQ=255)
                                                      ccgtggggtccgtcggAGCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtggggtcc                                                <  2:1312021/101‑1 (MQ=11)
                                                        gtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                              <  1:3068977‑M2/101‑28 (MQ=255)
                                                            ggtccgtcggATCCGGGGGGTCCGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGa                                          <  1:2300523/96‑1 (MQ=11)
                                                            ggtccgtcggACCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGa                                          <  2:2617831/96‑1 (MQ=11)
                                                             atcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAt                                         <  2:104324/101‑1 (MQ=14)
                                                             atcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAt                                         >  1:4015155/1‑101 (MQ=14)
                                                              tcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTTGGATCCGTGAGGTCCGTGGGaac                                        >  1:2966198/1‑99 (MQ=11)
                                                               cggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAtcg                                       >  1:704906/1‑101 (MQ=11)
                                                               ccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtcc                                       <  2:3116727/99‑2 (MQ=11)
                                                                ggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccg                                      <  2:3012049‑M2/101‑36 (MQ=255)
                                                                 gtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtccgt                                     <  1:4396380/101‑1 (MQ=11)
                                                                  tcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccggg                                    <  1:1750258‑M2/101‑38 (MQ=255)
                                                                  tcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                    >  2:661257/1‑101 (MQ=14)
                                                                      gtCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGGtcggtcgggg                                >  1:1819042/2‑99 (MQ=11)
                                                                       tCCGTGGGATCGGTCGGGTCCCTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccggggggtc                               >  1:2538334/1‑92 (MQ=11)
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                                                                                                    |                                                                                                    
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Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG