Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,051 G→C 1.6% T202T (ACC→ACG RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0510G→C 1.6% 20.6 ‑0.4 ‑0.11169T202T (ACC→ACGRCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (10/11):  ref base (491/655):  total (503/666)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 6.64e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 8.32e-01

Only 100 of 1737 total aligned reads displayed.

CGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGC  >  NC_014034/221951‑222151
                                                                                                    |                                                                                                    
cgcgcttcgaggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGGGGGAtcg                                                                                                      >  2:3459233/11‑101 (MQ=11)
ccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                                                      >  2:1344810‑M1/6‑101 (MQ=255)
 cgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATGGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGCGGGAtcgg                                                                                                     <  2:3392958‑M1/97‑1 (MQ=255)
  gtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                                                    >  1:1661257/1‑101 (MQ=255)
   tggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                                   <  2:3554516/93‑1 (MQ=14)
   tgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGAtcggtg                                                                                                   >  2:1534765/3‑100 (MQ=11)
   tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                                   <  1:2013070‑M1/99‑1 (MQ=255)
   gatgatcggtcgggtccgtgggatccgtcgggtctgtctGATCAGCGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtc                                                                                                   <  2:1421449/98‑1 (MQ=11)
    gggatcgggcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                                                  <  1:3328817/100‑1 (MQ=11)
      ggtccatcgggtcagtcggagcggtcgggtccgtcggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCggg                                                                                                <  2:4353552/95‑1 (MQ=14)
      gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGATCCGTGGGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGtccgtggga                                                                                                <  2:2271056/101‑2 (MQ=11)
      gatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATGGGGCGGGTCCGGGGGATCGAGCggg                                                                                                >  2:2528472/1‑101 (MQ=11)
      gatcgggcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCggg                                                                                                <  1:1739968/101‑1 (MQ=11)
       atcggtcggatccgtgggatcggtcgggtctgtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCAGTGGGATCGCTCGGATCCGTGGGAtggggcggtt                                                                                               >  1:2756505/1‑99 (MQ=14)
       atcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcggat                                                                                               >  2:3756685/1‑99 (MQ=11)
        tcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                                                              <  1:4141932/101‑1 (MQ=11)
        tcggtcgcgtacgagggatcgggcgggtccgggggaCCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                                              <  2:3668925/101‑1 (MQ=11)
         cggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGCCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGGGGGATGGGTCGGGTcc                                                                                             >  2:1885483/1‑101 (MQ=11)
         cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGCTCGGTCGGGTCCGCGGGATCGGTCGGGGcc                                                                                             >  2:780194/1‑101 (MQ=11)
           gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCAGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGATCGTTAGGGTCCGGGGGATCGGGCGGGCCCgg                                                                                           >  2:1051003/1‑100 (MQ=11)
           ggcgggtccgggggatcggtcgggtccgtcggatcggtGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                                           <  1:3180045/99‑1 (MQ=11)
            tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGGTCCGTCGGCTCCGTGGGCTCGGTCGGATCCGtg                                                                                          >  1:3601536/1‑100 (MQ=11)
            tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                                                          >  2:423797‑M2/1‑100 (MQ=255)
             cgggtccgtgggatcgttcgggtccgtgggatcggcCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtgg                                                                                         >  1:3898669/1‑99 (MQ=14)
              gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCgcggg                                                                                        >  1:2837070/1‑97 (MQ=11)
               gatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                                       <  1:208127/99‑1 (MQ=11)
               gaggcgtgggagcggtcgggtcggtgggttcggtgggGGCCGTGGGATCGGTCGAGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                                                       <  1:93460/97‑1 (MQ=11)
                gtccgtgggtttcgtccggtgcgtcggacgggtcgcCTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                                      <  2:3162210/101‑1 (MQ=11)
                  ccgtgggttcggtcggggccgggggatcgggcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                    <  1:3402751/101‑1 (MQ=11)
                  ccgtgggatcggtcgggtgcgtgggatcgggcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcg                                                                                    >  1:4349939‑M2/1‑94 (MQ=255)
                  ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcg                                                                                    >  1:866323‑M2/1‑94 (MQ=255)
                  ccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcg                                                                                    <  1:1417161‑M2/101‑8 (MQ=255)
                  ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcg                                                                                    <  1:2486971‑M2/101‑8 (MQ=255)
                  ccgtgggatcgggcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                    <  2:1209316/101‑1 (MQ=14)
                  ccgtcggatcggtcgggtccgtgggagcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcg                                                                                    >  1:56075‑M2/1‑94 (MQ=255)
                   cggggtgtcggttgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                                                   <  2:597539/94‑1 (MQ=11)
                     tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                 <  1:2650904/101‑1 (MQ=14)
                        ggtcgggcggggccgtgggatcggtgggGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgga                                                                              <  1:3119085/99‑2 (MQ=11)
                        gatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgga                                                                              <  1:1482123‑M2/101‑14 (MQ=255)
                         gtccgtggtatccgtcgggtcggtgggATCGGTCGGATCCGTTGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggt                                                                             <  2:3247085/91‑1 (MQ=11)
                         ggcgggcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggt                                                                             <  1:1551528/99‑1 (MQ=11)
                          tcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtc                                                                            >  2:1712024‑M2/1‑86 (MQ=255)
                          gcgggcgggtccgtgggatcggtcgggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtc                                                                            >  1:1915799‑M2/2‑86 (MQ=255)
                           cggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtcc                                                                           <  2:3983283/101‑1 (MQ=11)
                             gtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgt                                                                         <  2:1788552/101‑1 (MQ=11)
                             ggcgggtcggtgggctgcggcggGTCCGGCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgt                                                                         <  1:4095281/99‑1 (MQ=1)
                              tcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtc                                                                        <  1:1284586/101‑1 (MQ=11)
                               cggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggccggggccgtgg                                                                       <  1:705002‑M2/101‑21 (MQ=255)
                                gggtccgtgggatcggtcggTTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtggg                                                                      >  2:3011744‑M2/1‑80 (MQ=255)
                                gggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcgggcgggtccgtggg                                                                      <  1:999775‑M2/101‑22 (MQ=255)
                                ggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATTGTTCGGGTCCGTAGGATCGgtcggggccgtcgg                                                                      >  1:3483795/4‑101 (MQ=14)
                                 gatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGgtcggggccgggggg                                                                     >  2:868217/3‑96 (MQ=14)
                                 gatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcgga                                                                     >  2:3301038/3‑100 (MQ=255)
                                  atccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggat                                                                    <  1:1001929/100‑3 (MQ=255)
                                     cgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggatcgg                                                                 >  2:1633837/1‑99 (MQ=11)
                                      gtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCCTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgt                                                                <  2:3849680/101‑1 (MQ=11)
                                       tgggttccgtcggTTCCGTGGGATCGGTCGGCTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgtc                                                               <  1:4250921/101‑2 (MQ=11)
                                       tgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                               <  1:2166776‑M2/101‑29 (MQ=255)
                                       tgcgctcgttcggACCCGTGGGTGTTGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTcggatccgtgggatcggtc                                                               <  2:4053246/96‑2 (MQ=2)
                                       gaggcctggccggATCCGTAGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGCTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTg                                                               <  2:261704/91‑1 (MQ=11)
                                        gggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTgg                                                              <  2:1137504/101‑1 (MQ=11)
                                         ggatcggtcgtGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGtcgggtccgtggggtccggcgg                                                             <  2:2007070/101‑5 (MQ=11)
                                          ggtccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCACGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTgggg                                                            >  1:3737297/6‑100 (MQ=11)
                                              ggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcgggtccg                                                        <  2:3930193‑M2/101‑36 (MQ=255)
                                                tgggcgacGTAGGTTCGGTGGGGTCCGTCGGATCGATCGGATCCGTGGAATCGGTCGGGTCCGTCGGATGCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                      <  1:2564235/94‑1 (MQ=14)
                                                 cggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccgtgg                                                     >  1:1344907/1‑99 (MQ=11)
                                                 cggATCCGACCGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                     <  1:3951593/101‑1 (MQ=17)
                                                   ggtccGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtggga                                                   <  1:489394‑M2/99‑41 (MQ=255)
                                                     tCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATGGGCCGGGTCGGTGGGGTCGGTGGGAtcgggagggtc                                                 >  1:4424391/1‑94 (MQ=11)
                                                       ggtcggATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                               >  1:1061773/5‑101 (MQ=17)
                                                         taggATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGCACGTCGACACCGTGCGGACCGTCGGAGCCGTg                                             >  2:1481528/3‑101 (MQ=2)
                                                         gcggATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                             <  1:786881/99‑1 (MQ=255)
                                                          gggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATTGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcg                                            >  1:2275891‑M2/1‑54 (MQ=255)
                                                            gATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGCGGGa                                          >  1:3020722/1‑101 (MQ=14)
                                                                ggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccg                                      <  1:3988989‑M2/101‑54 (MQ=255)
                                                                ggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccg                                      <  2:1299155‑M2/101‑54 (MQ=255)
                                                                 gtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgt                                     <  1:1114048‑M2/101‑55 (MQ=255)
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                                                                                                    |                                                                                                    
CGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGC  >  NC_014034/221951‑222151

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG