Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,063 A→G 100% P198P (CCT→CCC RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0630A→G100.0% inf 621P198P (CCT→CCCRCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (107/212):  ref base (114/71):  total (277/344)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.11e-09
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.03e-02

Only 100 of 781 total aligned reads displayed.

GGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGCCGC  >  NC_014034/221965‑222163
                                                                                                  |                                                                                                    
ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTACGTGGGGTCCGGCGGATCAGTGGGATCGGTCGGATGCGTGgg                                                                                                    >  1:1542973/4‑101 (MQ=11)
cgctccgcgggttctgtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgg                                                                                                    <  2:2854860/98‑1 (MQ=1)
 ggtccgggggagcggtcggatccgtgggatcgggcgGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGa                                                                                                   <  1:386140/101‑1 (MQ=11)
  tcttccgatctcggtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAt                                                                                                  <  2:1018492/91‑1 (MQ=11)
  gtccgtggcatcggtcgggtccgtgggctcggtcggGTCCCTTGCATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                                                  <  2:2484548/101‑1 (MQ=11)
   tccgtgggatcggtaggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCCTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                                                 <  1:4423525/101‑1 (MQ=11)
   gccgtgggagcggtcgggtccgtcgggtcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                                                 <  2:3737044/100‑1 (MQ=11)
    ccgtgggttcggtcggggccgggggatcgggcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                                <  1:3402751/101‑1 (MQ=11)
    ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                                                >  2:4104773/1‑101 (MQ=11)
    ccgtgggatcgggcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                                <  2:1209316/101‑1 (MQ=14)
     cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGagggg                                                                                               >  2:785057/1‑97 (MQ=11)
      gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                                              >  1:1351761/1‑101 (MQ=11)
      gggggatggggcgggtcggtggggtcgggcggATCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                                              <  1:2051079/99‑1 (MQ=11)
       tgggatcggtcggttccgtcggatcggtcgtGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                                             <  2:1471865/101‑1 (MQ=11)
       tgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAGCGGGCGGGGCCGGGGGAtcggtc                                                                                             >  2:846358/1‑101 (MQ=11)
       tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGGtcggtc                                                                                             >  1:2593297/1‑101 (MQ=11)
        gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCTGTGGGGGCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCTTGGGGCAGGGCGGGTCCGTAgggctagccg                                                                                            >  2:1093518/1‑93 (MQ=2)
        gggagcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                                            <  1:819981/101‑1 (MQ=14)
         ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGAtcggtcgg                                                                                           >  2:551159/1‑101 (MQ=14)
         ggatcggtcgggtccggtggatcggttggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                           <  2:2241860/101‑1 (MQ=11)
         ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                           >  1:1296716/1‑101 (MQ=14)
         ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCCGATCCCTGGGAtcggtcgg                                                                                           >  1:4353823/1‑101 (MQ=11)
          ggtcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgga                                                                                          <  1:1071050/99‑2 (MQ=11)
           gtcggtcgggtccgtggggtcgggcggGTCCGTGGGATCGCTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggt                                                                                         <  1:1466875/100‑1 (MQ=14)
           atcggtcgggaccgtgggatcggtcggAGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGATCTGATCCGTGGGGTCGGAAGGATCAAAAGGAtcggcaggat                                                                                         >  2:2147293/1‑95 (MQ=9)
            tcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGCGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGTTCGcgcgggtc                                                                                        >  1:557399/1‑101 (MQ=11)
             cggtcggatccctggggtctgtcggATCCGTGGGCTCGGTCGGTTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcggatcc                                                                                       <  2:1526331/101‑1 (MQ=11)
             aggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcggcgcc                                                                                       >  2:3045517/2‑97 (MQ=11)
              ggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGATCGGGCGGATGCGTGGGGTCGGTCGGGTGGGAAGGGTCGtttgggtccg                                                                                      >  2:1912327/1‑101 (MQ=14)
              ggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTTCgtcggatccg                                                                                      >  2:322993/1‑101 (MQ=11)
               gtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGCTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgt                                                                                     <  2:1355343/101‑1 (MQ=11)
                 cgggtccctggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtgg                                                                                   <  1:4047920/101‑3 (MQ=11)
                 cggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcg                                                                                   >  1:3655479/1‑101 (MQ=255)
                  ggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcgg                                                                                  <  1:1177392/98‑1 (MQ=255)
                    atccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggat                                                                                <  1:1001929/100‑3 (MQ=255)
                       cgtggggtccgtgggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGtcgggtccgtggggtccg                                                                             <  1:3465281/101‑1 (MQ=11)
                        gtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCCTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgt                                                                            <  2:3849680/101‑1 (MQ=11)
                        gtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGgggggcccgtcgggtccgg                                                                            >  2:2781440/4‑100 (MQ=11)
                         tgggttccgtcggTTCCGTGGGATCGGTCGGCTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgtc                                                                           <  1:4250921/101‑2 (MQ=11)
                         tggggtccgtaggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTACGTGGGATAGgtcgggtccgtggggtaagtc                                                                           >  1:2275210/1‑96 (MQ=11)
                         tgggatcggtcggGTCCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgtc                                                                           <  1:164024/101‑2 (MQ=11)
                         tgggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTg                                                                           <  1:945782/101‑1 (MQ=14)
                         tgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTcgggtccgtcggatcggtc                                                                           <  2:2007889/101‑2 (MQ=11)
                         tgcgctcgttcggACCCGTGGGTGTTGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTcggatccgtgggatcggtc                                                                           <  2:4053246/96‑2 (MQ=2)
                            gatgggggggATCCGGGGGATGGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGa                                                                        <  1:2153472/93‑1 (MQ=11)
                             atcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGGCCGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                       >  2:3179818/1‑101 (MQ=14)
                               cggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGGCCGTGGGAtcg                                                                     >  2:4164590/1‑101 (MQ=11)
                               ccgtcggATGCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtcc                                                                     <  2:2890154/99‑2 (MQ=11)
                               ccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtcc                                                                     <  1:314889/99‑2 (MQ=11)
                               ccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtcc                                                                     <  2:3116727/99‑2 (MQ=11)
                                ggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtccg                                                                    >  2:3585713/1‑99 (MQ=11)
                                  tcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                  >  2:661257/1‑101 (MQ=14)
                                  tcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                  <  2:967360/101‑1 (MQ=14)
                                    gggtCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTGCGTCGGATCGGTGGGAtcggtcgg                                                                >  2:2993506/4‑101 (MQ=11)
                                      ttCCGTGGGACGGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGCTCCGTGGGATCGTTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAt                                                              <  2:3928617/100‑1 (MQ=1)
                                      aTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAt                                                              >  1:454812/1‑101 (MQ=11)
                                       tCCGTGGGATCGGTCGGGTCCCTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccggggggtc                                                             >  1:2538334/1‑92 (MQ=11)
                                         ggtcggATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                           <  1:1239796/97‑1 (MQ=17)
                                         ggtcggATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                           >  1:2449161/5‑101 (MQ=17)
                                         ggtcggATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGATCCg                                                           >  1:3016744/5‑101 (MQ=17)
                                          gtcggATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                                          >  2:272248/4‑101 (MQ=17)
                                          gtaggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                          <  1:1726622/98‑1 (MQ=14)
                                           taggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtc                                                         <  2:4260957/99‑2 (MQ=14)
                                            tggATAGGTAGGGTCCCTTGGCTCGTTCGGGTCGGAGGGATCGGGCGGGTGCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                        <  2:1790511/100‑1 (MQ=9)
                                             ggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTcgg                                                       <  1:1842783/101‑1 (MQ=14)
                                               gtcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAt                                                     <  1:1995287/100‑1 (MQ=14)
                                                 gggtgggGTCCGGGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                   <  1:875828/100‑1 (MQ=21)
                                                    cggggTTCGTGGGTTCGGTGGGGGCCGTGGGATCGTCCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                <  1:2344432/99‑1 (MQ=18)
                                                     cggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGACGGGTCCGGGGGAtcgggcg                                               >  2:2566602/1‑101 (MQ=14)
                                                     cggGTCCGTGGGATCGGGCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                               <  2:24085/101‑1 (MQ=17)
                                                       ggTCCTTGCGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCggg                                             <  2:2337600/101‑1 (MQ=255)
                                                        gTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                                            >  1:4101506/1‑101 (MQ=255)
                                                        gTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGGCGGGt                                            >  1:272857/1‑101 (MQ=255)
                                                          ccGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                          <  1:1388028/101‑1 (MQ=255)
                                                          ccGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGATCCGTGGGGTGCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGAcc                                          >  2:4403865/1‑101 (MQ=14)
                                                           cGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                         >  2:1314438/1‑101 (MQ=255)
                                                           cGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCg                                         <  1:2669204/101‑1 (MQ=11)
                                                           cGTGGGATCGGGCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                         <  1:3571559/101‑1 (MQ=11)
                                                           cGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGGCCg                                         >  2:490982/1‑101 (MQ=17)
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                                                                                                 tAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTcgccgccg   >  1:3915899/1‑101 (MQ=255)
                                                                                                  |                                                                                                    
GGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGCCGC  >  NC_014034/221965‑222163

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG