Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,069 G→C 23.3% T196T (ACC→ACG RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0690G→C23.3% 310.1 0.0 ‑0.1512T196T (ACC→ACGRCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (61/59):  ref base (198/194):  total (259/253)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 8.47e-01

Only 100 of 721 total aligned reads displayed.

CCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGCCGCCGGACA  >  NC_014034/221969‑222169
                                                                                                    |                                                                                                    
ccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCGGTGGGATCCCTGGCATAGGTCGGGTCCCTGGGAtcg                                                                                                      >  1:201337/1‑101 (MQ=14)
ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATAGGTGGGAtcg                                                                                                      >  2:2363373/1‑101 (MQ=11)
 cgtgggatcggtcgggtccgggggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCTCGGTCGGGTCCGTGGGTTCGGCCGGGGCCGTGGGAtcgg                                                                                                     >  2:2929439/1‑101 (MQ=14)
 cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                                                                     >  2:1989559/1‑101 (MQ=11)
 cgtgggatcggtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGGtcgg                                                                                                     >  1:2118880/1‑101 (MQ=11)
  gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                                                    >  2:255671/1‑101 (MQ=11)
  gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGGCGGATCCTGGGGAtcggc                                                                                                    >  2:2017043/1‑100 (MQ=14)
   tgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGGGGGGtcggtc                                                                                                   >  1:3345432/1‑101 (MQ=11)
    gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                                                  >  1:2455784/1‑101 (MQ=14)
     ngatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcngncgn                                                                                                 >  1:1068651/2‑100 (MQ=11)
     ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGAtcggtcgg                                                                                                 >  2:551159/1‑101 (MQ=14)
       gtggggcgggtccgggggatggggcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcggat                                                                                               <  1:1110619/95‑3 (MQ=11)
       gtaggtcgggtccgtggggttggtcggGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggt                                                                                               <  1:3413746/98‑1 (MQ=14)
        tcggtcgggtcggtggggtcggtcggGTCCGTGGGATCGGTTGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtc                                                                                              <  1:4198914/101‑1 (MQ=11)
         cggtcgggtgcggggggtcgggcggATCCGTGGGACCGGGCGGGTCCCGTGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtcc                                                                                             <  2:1527888/101‑1 (MQ=11)
         aggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcggcgcc                                                                                             >  2:3045517/2‑97 (MQ=11)
          ggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTTCgtcggatccg                                                                                            >  2:322993/1‑101 (MQ=11)
          ggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCTGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccg                                                                                            >  1:13624/1‑101 (MQ=14)
             cgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCTGGgtcgggtccgggg                                                                                         >  2:3839873/1‑98 (MQ=11)
             cgggtccctggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtgg                                                                                         <  1:4047920/101‑3 (MQ=11)
             cggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcg                                                                                         >  1:3655479/1‑101 (MQ=255)
              gggtccgtcggaactgagggGTCCGTGGGATCGGTCGGGCTCGTCGCTTCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtcgg                                                                                        <  2:2759289/101‑1 (MQ=2)
              ggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGACCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcgg                                                                                        >  1:1421556/4‑101 (MQ=11)
               gatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGgtcggggccgggggg                                                                                       >  2:868217/3‑96 (MQ=14)
               gatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcggg                                                                                       >  2:1378616/3‑101 (MQ=11)
                atccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggat                                                                                      <  1:1001929/100‑3 (MQ=255)
                atccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGTGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcgggt                                                                                      <  2:3655226/100‑1 (MQ=11)
                 tccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggatc                                                                                     <  1:1279609/101‑1 (MQ=255)
                 tccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggatc                                                                                     <  1:576126/101‑1 (MQ=255)
                   cgtggggtccgtgggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGtcgggtccgtggggtccg                                                                                   <  1:3465281/101‑1 (MQ=11)
                   cgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGtggggtccgtcgggtccg                                                                                   <  1:3245871/101‑1 (MQ=14)
                    gtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTcgggtccgtcggatccgt                                                                                  >  2:1768918/1‑101 (MQ=11)
                    gtgggatcgggcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgt                                                                                  <  1:457253/101‑1 (MQ=11)
                     tggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgtc                                                                                 <  2:282301/101‑2 (MQ=14)
                     tgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTcgggtccgtcggatcggtc                                                                                 >  1:1471970/1‑100 (MQ=11)
                     tgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGtcgggtccgtcgggtccggg                                                                                 >  2:1258929/1‑99 (MQ=11)
                     tcggatcggtcggGGCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTg                                                                                 <  2:2462716/99‑1 (MQ=11)
                     tacgatccgtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTg                                                                                 <  2:1863423/98‑1 (MQ=14)
                      ggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgtcg                                                                                >  1:2385763/1‑99 (MQ=11)
                      gggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTcgggtccgtcggatcggtcg                                                                                >  1:2618002/1‑99 (MQ=11)
                         gtcggtcggGTCCGTAGGCTCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                             <  2:1124629/100‑1 (MQ=11)
                         atcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGGCCGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                             >  2:3179818/1‑101 (MQ=14)
                         atcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCGGTCGGag                                                                             >  2:3978022/1‑100 (MQ=14)
                          tccgtcggAGCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtc                                                                            <  2:4018452/98‑1 (MQ=11)
                           cggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGGGCCGTGGGAccg                                                                           >  2:3511269/1‑101 (MQ=11)
                           ccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                           >  1:924420/6‑101 (MQ=14)
                            cgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGGtcgg                                                                          >  1:3053644/5‑101 (MQ=14)
                             gtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtccgt                                                                         <  1:1794868/101‑1 (MQ=11)
                              tcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                        <  2:967360/101‑1 (MQ=14)
                              tcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                        >  2:661257/1‑101 (MQ=14)
                               cggGTCCGTTGGATCTGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                       <  1:442132/101‑1 (MQ=14)
                                  gtCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAtcggtcgggt                                                                    <  1:1202808/100‑3 (MQ=11)
                                      gtaggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                <  1:1726622/98‑1 (MQ=14)
                                        gggATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGtcg                                                              >  2:2875497/1‑99 (MQ=11)
                                          gttaagtcgtGTCCCTGNGTTCGGGNGGGTNCGTGGAATCGGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCNGTCGGGTCCGTAGGa                                                            <  1:850519/96‑1 (MQ=0)
                                          gATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGa                                                            <  2:208795/101‑1 (MQ=14)
                                            tcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtc                                                          >  2:1007148/1‑101 (MQ=14)
                                             tggtgggGTCCTTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                         <  1:1919715/100‑1 (MQ=17)
                                             cggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                         >  1:3987665/1‑101 (MQ=17)
                                              cgtggggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                        >  2:3304973/5‑101 (MQ=255)
                                               gtggggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                       >  2:3107213/4‑101 (MQ=255)
                                                tcggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtc                                                      <  2:2166465/101‑1 (MQ=14)
                                                 ggggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGtcggtcg                                                     >  1:1327579/2‑101 (MQ=255)
                                                 cggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcgggcg                                                     >  2:2623071/1‑101 (MQ=14)
                                                  gggTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCCGTGGGGTCCGTCGAGTCAGTGGGACCACTCGGGTCCGGCCGAtcgctcgg                                                    >  1:3831314/1‑101 (MQ=9)
                                                  gggTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtcgg                                                    >  1:1657094/1‑101 (MQ=17)
                                                    gTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGCTCCGTCGGTGCCGTGGGCGCCGTCGGGGCGGTGGGGtgggtggagg                                                  >  2:4153104/1‑96 (MQ=2)
                                                    gTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                  >  1:4101506/1‑101 (MQ=255)
                                                    gTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                  <  2:4082721/101‑1 (MQ=255)
                                                    gTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGGCGGGt                                                  >  1:272857/1‑101 (MQ=255)
                                                     tCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                 <  1:2999774/101‑1 (MQ=17)
                                                      ccGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGGcc                                                >  1:35597/1‑101 (MQ=11)
                                                      ccGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGATCCGTGGGGTGCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGAcc                                                >  2:4403865/1‑101 (MQ=14)
                                                       cgccggATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCg                                               >  1:2555210/5‑101 (MQ=17)
                                                       cGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGGCCg                                               >  2:490982/1‑101 (MQ=17)
                                                        gtcgggtaggtcgcATACGTAGGATCGGGTGGGTCAGTCGCATCCGTTGGATATGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGACCGGTCGGGTCCGt                                              <  2:756741/93‑1 (MQ=2)
                                                          cggATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGGCGGGTCGGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTCGGATGGGTCGGGTCCGGgg                                            >  2:1473248/2‑101 (MQ=14)
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                                                           ggATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGCCGGATCGGTCGGGTCCGGggg                                           >  1:2222652/1‑101 (MQ=17)
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                                                                                                    ggtccgGTCCTTCGGGTCGGTGGGATCGGACGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATTGGTCGGACCGCTGTGGCCGCCGCCGGACa  <  2:1327482/101‑1 (MQ=25)
                                                                                                    |                                                                                                    
CCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGCCGCCGGACA  >  NC_014034/221969‑222169

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 14 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG