Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_014034 | 2,177,270 | +AG | 100% | coding (107/990 nt) | rbsB ← | ribose ABC transporter periplasmic ribose‑binding protein |
Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_014034 | 2,177,270 | 1 | .→A | 100.0% | 787.0 | 197 | coding (107/990 nt) | rbsB | ribose ABC transporter periplasmic ribose‑binding protein |
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* | NC_014034 | 2,177,270 | 2 | .→G | 100.0% | 752.8 | 197 | coding (107/990 nt) | rbsB | ribose ABC transporter periplasmic ribose‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (115/80): ref base (0/2): total (115/82) |
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
CTGCGTTTCCACATCGCCATCGATCTTGCCCGCATAGGTCGAGGGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAA..G.GGTT..G..GT..CGGTCTT.GTGTA.CAGACAGGCCCCGGTTTCGGCCG.AGCCGCCCCGGCCAGCGCGGAAAACGCCA.GGCAGAGGCCCC > NC_014034/2177170‑2177354
||
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cTGCGTTTCCACATCGCCATCGATCTTGCCCGCATAGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.aaaa > 2:2088528/1‑101 (MQ=255)
cTGCGTTTCCACATCGCCATCGATCTTGCCCGCATAGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.aaaa > 1:2982997/1‑101 (MQ=255)
cTGCGTTTCCACATCGCCATCGATCTTGCCCGCATAGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.aaaa > 2:1359396/1‑101 (MQ=255)
tGCGTTTCCACATCGCCATCGATCTTGCCCGCATAGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.aaaaa > 2:4203448/1‑100 (MQ=255)
tGCGTTTCCACATCGCCATCGATCTTGCCCGCATAGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.aaaaa < 2:538275/101‑2 (MQ=255)
gCGTTTCCACATCGCCATCGATCTTGCCCGCATAGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.aaaaag < 2:421926/101‑3 (MQ=255)
gTTTCCACATCGCCATCGATCTTGCCCGCATAGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAA..a.ggg > 2:2721739/1‑100 (MQ=255)
tttCCACATCGCCATCGATCTTGCCCGCATAGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGACGCACCTTCCTTCATCTTGCCG.AAAA..a.gggg > 1:2833371/1‑99 (MQ=255)
ttCCATATCGCCATCTATCTTGCCCGCATAGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAA..a.ggggt < 2:2206895/101‑4 (MQ=255)
ttCCACATCGCCATCGATCTTGCCCGCATAGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAA..a.ggggt > 1:3114672/1‑98 (MQ=255)
tCCACATCGCCATCGATCTTGCCCGCATAGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAA..a.ggggtt < 1:1305507/101‑5 (MQ=255)
cacaTCGCCATCGATCTTGCCCGCATAGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAA..a.ggggttgg > 2:2281262/1‑95 (MQ=255)
caTCGCCATCGATCTTGCCCGCATAGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..g..gtg < 2:4246204/101‑2 (MQ=255)
cATCGATCTTGCCCGCATAGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..g..gtgtcggtc > 2:4654868/1‑94 (MQ=255)
aTCGATCTTGCCCGCATAGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..g..gtgtcggtct > 1:2238852/1‑93 (MQ=255)
cGATCTTGCCCGCATAGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTt.g < 2:2977442/101‑1 (MQ=255)
aTCTTGCCCGCATAGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTt.ggt > 1:1215430/1‑99 (MQ=255)
aTCTTGCCCGCATAGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTt.ggt < 1:3135050/101‑3 (MQ=255)
tCTTGCCCGCATAGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTt.ggtg > 1:2507411/1‑98 (MQ=255)
ttGCCCGCATAGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTt.ggtgat > 1:177280/1‑96 (MQ=255)
ttGCCCGCATAGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTt.ggtgat < 1:4019510/101‑6 (MQ=255)
tGCCCGCATAGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTt.ggtgatc < 1:1013688/101‑7 (MQ=255)
gCCCGCATAGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTt.ggtgatca < 1:4596401/101‑8 (MQ=255)
gCCCGCATAGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTt.ggtgatca < 1:2899011/101‑8 (MQ=255)
cccGCATAGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTt.ggtgatcag < 1:2088649/101‑9 (MQ=255)
cccGCATAGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTt.ggtgatcag < 2:453325/101‑9 (MQ=255)
cGCATAGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTt.ggtgatcagac > 1:2453563/1‑91 (MQ=255)
cGCATAGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTt.ggtgatcagac < 1:981988/101‑11 (MQ=255)
cATAGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAt.cagacag > 1:866589/1‑101 (MQ=255)
aTAGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAgg < 2:2833206/101‑1 (MQ=255)
tAGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGc > 1:1692404/1‑101 (MQ=255)
aGGTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGcc > 1:531557/1‑101 (MQ=255)
ggTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGccc > 1:2749018/1‑101 (MQ=255)
ggTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGccc < 2:3464801/101‑1 (MQ=255)
ggTCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGccc > 1:10590/1‑101 (MQ=255)
tCGAGAGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCg > 2:141201/1‑101 (MQ=255)
agagCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGtt < 2:3010575/98‑1 (MQ=255)
agagCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGtt > 1:117917/4‑101 (MQ=255)
agagCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGtt > 1:712995/4‑101 (MQ=255)
agCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTc < 2:2388613/100‑1 (MQ=255)
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gCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTCg < 2:2906737/101‑1 (MQ=255)
cACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTCgg > 1:3329157/1‑101 (MQ=255)
aCCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.AAGACAGCCCCCGGTTTCGGc > 2:2366529/1‑101 (MQ=255)
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cccATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTCGGCCG.aagc > 1:3603538/1‑98 (MQ=255)
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aTCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCGTCTGGACG.AAAAAGG.GGTT..G..GTGCCGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTCGGCCGAAgccgc < 1:4060242/101‑1 (MQ=255)
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tCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTCGGCCGAAGCCGCCCCGGcc < 2:3916553/101‑1 (MQ=255)
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tttGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTCGGCCGAAGCCGCCCCGGCCCgccc > 1:3016848/1‑99 (MQ=255)
ttGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTTACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTCGGCCGAAGCCGCCCCGGCCAGcgcg > 1:2809050/1‑101 (MQ=255)
tGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTCGGCCGAAGCCGCCCCGGCCAGCGCgg < 2:2453426/101‑1 (MQ=255)
tGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTCGGCCGAAGCCGCCCCGGCCAGCGCgg > 1:588634/1‑101 (MQ=255)
tGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTCGGCCGAAGCCGCCCCGGCCAGCGCgg > 1:476132/1‑101 (MQ=255)
gatctaGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTCGGCCGAAGCCGCCCCGGCCAGCGCGGa < 1:274190/96‑1 (MQ=255)
gCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTCGGCCGAAGCCGCCCCGGCCAGCGCGGa > 2:3702380/1‑101 (MQ=255)
ccGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTCGGCCGAAGCCGCCCCGGCCAGCGCGGaa < 2:1692299/101‑1 (MQ=255)
cGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGTTTTCGGCCGAAGCCGCCCCGGCCAGCGCGGaaa < 1:1853334/101‑1 (MQ=255)
cGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTCGGCCGAAGCCGCCCCGGCCAGCGCGGaaa < 2:3281462/101‑1 (MQ=255)
gAAGCCCCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTCGGCCGAAGCCGCCCCGGCCAGCGCGGaaaa < 1:93628/101‑1 (MQ=255)
gAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTCGGCCGAAGCCCCCCCGGCCAGCGCGCaaaa > 2:475258/1‑101 (MQ=255)
aaGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTCGGCCGAAGCCGCCCCGGCCAGCGCGGAAAAc > 1:3798736/1‑101 (MQ=255)
aGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTCGGCCGAAGCCGCCCCGGCCAGCGCGGAAAACg > 1:2520704/1‑101 (MQ=255)
cgccttccttCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTCGGCCGAAGCCGCCCCGGCCAGCGCGGAAAACGcc < 1:3210118/99‑1 (MQ=255)
cACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTCGGCCGAAGCCGCCCCGGCCAGCGCGGAAAACGcc > 1:2273090/1‑101 (MQ=255)
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aCCTTCCTTCATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTCGGCCGAAGCCGCCCCGGCCAGCGCGGAAAACGCCa < 2:2131878/101‑1 (MQ=255)
cttccttcATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTCGGCCGAAGCCGCCCCGGCCAGCGCGGAAAACGCCA.gg > 1:1256253/1‑101 (MQ=255)
cttccttcATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTCGGCCGAAGCCGCCCCGGCCAGCGCGGAAAACGCCA.gg > 1:3931134/1‑101 (MQ=255)
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tccttcATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTCGGCCGAAGCCGCCCCGGCCAGCGCGGAAAACGCCA.gggc < 2:646470/101‑3 (MQ=255)
tccttcATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTT.GGGGATCACACAGTCCCCGGTTTCGGCCGAAGCGGCCCCGGCCAGCGCGGAAAACGCCA.gggc > 1:3901170/1‑99 (MQ=255)
ccttcATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTCGGCCGAAGCCGCCCCGGCCAGCGCGGAAAACGCCA.gggca > 1:2111337/1‑98 (MQ=255)
ccttcATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTCGGCCGAAGCCGCCCCGGCCAGCGCGGAAAACGCCA.gggca > 2:2559330/1‑98 (MQ=255)
ccttcATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTCGGCCGAAGCCGCCCCGGCCAGCGCGGAAAACGCCA.gggca > 2:1579374/1‑98 (MQ=255)
cttcATCTTGACGAAAAA..GTGGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTCGGCCGAAGCAGCCCCGGCCCGCGCGGAAAACGCCA.gggcag < 1:2697477/101‑5 (MQ=255)
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cATCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTCGGCCGAAGCCGCCCCGGCCAGCGCGGAAAACGCCAGGGCAGAgg > 1:1639311/1‑101 (MQ=255)
aTCTTGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTCGGCCGAAGCCGCCCCGGCCAGCGCGGAAAACGCCAGGGCAGAGGc > 2:604852/1‑101 (MQ=255)
ttGACG.AAAAAGG.GGTT..GGTGT..CGGTCTTGGTGAT.CAGACAGGCCCCGGTTTCGGCCGAAGCCGCCCCGGCCAGCGCGGAAAACGCCAGGGCAGAGGcccc > 2:1105175/1‑101 (MQ=255)
||
CTGCGTTTCCACATCGCCATCGATCTTGCCCGCATAGGTCGAGGGCACCAGCCCCATCTCGGTCGCCTTTGCCGAAGCACCTTCCTTCATCTTGACG.AAAA..G.GGTT..G..GT..CGGTCTT.GTGTA.CAGACAGGCCCCGGTTTCGGCCG.AGCCGCCCCGGCCAGCGCGGAAAACGCCA.GGCAGAGGCCCC > NC_014034/2177170‑2177354
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 21 ≤
ATCG
< 29 ≤
ATCG
< 34 ≤
ATCG
< 41 ≤
ATCG
|