Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_014034 | 1,951,208 | G→C | 92.1% | A129G (GCG→GGG) | ssb1 ← | single‑stranded DNA‑binding protein |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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* | NC_014034 | 1,951,208 | 0 | G→C | 92.1% | 26.9 ‑0.9 ‑0.0 | 164 | A129G (GCG→GGG) | ssb1 | single‑stranded DNA‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (81/70): ref base (5/8): total (86/78) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 3.88e-01 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.31e-01 |
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
GCCCGACGAGGGGGCCGAGGAGCCGCCGCCACCGCCGCCATAGCCCGCGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCGCG.CGTAATTGCCACCGCCGCGCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTCGGTCGT > NC_014034/1951114‑1951299
|
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gacgaGGGGGCCGAGGAGCCGCCGCCACCGCCGCCATAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGcc > 1:1827623/1‑101 (MQ=255)
atctggggggCGGAGGACCCGCCCCCCCCGCCGCCATAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGcc < 1:3703241/96‑1 (MQ=255)
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ggggggggCGGGGGCCCCGCCGCCCCCGCCGCCATAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCAc < 2:1596150/98‑1 (MQ=255)
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gaGGGGGCCGAGGAGCCGCCGCCACCGCCGCCATAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCAcc > 1:1910358/1‑101 (MQ=255)
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gggCCGAGGAGCCGCCGCCACCGCCGCCATAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCAccgccg > 1:1599928/1‑101 (MQ=255)
ggcgggggccccgccccccccgccgccaTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGC.CGCCGTAATTGCCACcgccgc < 1:4395017/91‑1 (MQ=255)
gaggagCCGCCGCCACCGCCGCCATAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGa > 1:1784135/1‑101 (MQ=255)
ggagCCGCCGCCACCGCCGCCATAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAgc > 1:4450146/1‑101 (MQ=255)
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cgccgcccccgccgccaTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAgccgccg < 1:3075939/101‑1 (MQ=255)
ccccccccccgccgccaTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAgccgccg < 1:1156341/93‑1 (MQ=255)
cccccccccgccgccaTAGCCCGGCCCGTCAGCGTAGCCCCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAgccgccgc < 2:3661582/94‑1 (MQ=255)
cccccgccgccaTGGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGACCCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATc < 1:4274151/98‑1 (MQ=255)
ccccccccgccaTGCCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATc < 2:2284770/95‑1 (MQ=255)
ccccccccgccaCACCCCGGGCCGCCCTCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGACCCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATc < 1:4540296/95‑1 (MQ=255)
ccaccgccgccaTAGCCGGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATc > 2:18328/1‑101 (MQ=255)
ccaccgccgccaTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATc > 1:4086368/1‑101 (MQ=255)
cccgccgccaTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATccc < 1:528099/100‑1 (MQ=255)
ccccccccaTAGCCCGGGCCGTCAGCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCCGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCg < 1:158454/95‑1 (MQ=255)
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ccgccaTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCCTCCCGgcc > 2:1063906/1‑101 (MQ=255)
ccgccaTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGgcc < 2:1261174/101‑1 (MQ=255)
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caTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCa > 2:346812/1‑101 (MQ=255)
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cgggCCCGGGCCCTCTTCTTGCCCCCCCCCATACCCGCCGCCCTGCGAGCCGCCGC.CGTAATTCCCCCCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCaa < 1:3789895/98‑1 (MQ=255)
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aTAGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCaa > 2:2887470/1‑101 (MQ=255)
aGCCCGGGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAagc > 2:3929870/1‑101 (MQ=255)
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gcccGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTc < 1:818656/99‑1 (MQ=255)
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gccgccgccATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCTCAAGGTTGCCCGtat > 1:4183815/1‑101 (MQ=255)
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ccgccATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAggg > 2:2749179/1‑101 (MQ=255)
cccccATAGCCGCCGCCCGGCGACCCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAggg < 2:4330765/98‑1 (MQ=255)
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aGCCGCCGCCCTGCGAACCGC.CGCCGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCgcagc > 1:3705842/1‑101 (MQ=255)
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cgccgccCTGCGAACCGCCGC.CGAAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGcacc < 2:1910246/101‑1 (MQ=255)
cgcccccCTGCGACCCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGcacc < 1:3356605/101‑1 (MQ=255)
cccgccCGGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGcacca < 1:192087/100‑1 (MQ=255)
ccgccCGGCGACCCG.GCGCCGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGcaccac < 1:3934951/101‑1 (MQ=255)
ccccTGCGACCCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCt < 2:2481589/100‑1 (MQ=255)
ccccGGCGACCCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCt < 2:1968579/100‑1 (MQ=255)
ccTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTCg < 1:982741/101‑1 (MQ=255)
ccTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTCg > 1:3042794/1‑101 (MQ=255)
cTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTCgg > 1:545816/1‑101 (MQ=255)
cTGCGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTCgg > 2:2026100/1‑101 (MQ=255)
cGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTCGGTCg > 1:1129243/1‑101 (MQ=255)
cGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTCGGTCg > 2:2193404/1‑101 (MQ=255)
cGAACCGCCGC.CGTAATTGCCACCGCCGCCCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTCGGTCg > 2:3781834/1‑101 (MQ=255)
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GCCCGACGAGGGGGCCGAGGAGCCGCCGCCACCGCCGCCATAGCCCGCGCCGTCATCGTAGCCGCCGCCATAGCCGCCGCCCTGCGAACCGCGCG.CGTAATTGCCACCGCCGCGCGAGCCGCCGCCATCCCGGCCGCCAAGCAGCGTCAGGTTGCCCGTATAGGGGCGCAGCACCACCTCGGTCGT > NC_014034/1951114‑1951299
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 15 ≤
ATCG
< 23 ≤
ATCG
< 32 ≤
ATCG
< 40 ≤
ATCG
|