Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 221,964 C→G 2.4% P231P (CCG→CCC)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9640C→G 2.4% 9.0 ‑1.8 ‑0.5327P231P (CCG→CCC) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (6/2):  ref base (152/167):  total (158/169)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.62e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 3.37e-01

Only 100 of 834 total aligned reads displayed.

TGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTA  >  NC_014034/221864‑222063
                                                                                                     |                                                                                                   
tGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCggatcggtc                                                                                                     >  1:2066317/1‑101 (MQ=255)
 gtccGACACCGGCCCCGAGGCTTCGGTGTTGGTTGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCggatcggtcg                                                                                                    <  2:2074183/99‑1 (MQ=255)
      acacCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtcc                                                                                               <  2:315849/101‑1 (MQ=255)
              gCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                       <  2:1193024/101‑1 (MQ=255)
                cGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCACCGGTGGGCGGCGGATGC.GGGGGCTCGGTCgggtcgggcgggtccgggggatggg                                                                                     >  1:1054892/1‑101 (MQ=255)
                                 tggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                    <  2:4591181/101‑1 (MQ=255)
                                   cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcgg                                                                   >  1:1133586‑M1/65‑101 (MQ=255)
                                    gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggt                                                                  >  2:2648949‑M1/64‑101 (MQ=255)
                                     tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtc                                                                 <  2:1002993‑M1/39‑1 (MQ=255)
                                     ggggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtc                                                                 >  2:3235325‑M1/63‑101 (MQ=255)
                                      aGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGgtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                               <  1:306261/101‑1 (MQ=255)
                                         gtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGAt                                                             >  1:1505169‑M1/59‑101 (MQ=255)
                                          tCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgcccac                                                           <  2:856123/101‑6 (MQ=255)
                                              tcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                        >  1:2605674‑M1/54‑101 (MQ=255)
                                               ggATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                      >  1:192308/1‑101 (MQ=255)
                                               cggatccgtgggattggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                       >  2:1382626‑M1/53‑101 (MQ=255)
                                                ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                      >  1:2267221‑M1/52‑101 (MQ=255)
                                                ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATACGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                      <  2:4146247‑M1/50‑1 (MQ=255)
                                                 gatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtgggc                                                     <  1:1002062‑M1/51‑2 (MQ=255)
                                                 aTCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGTGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                    <  1:2688410/101‑1 (MQ=255)
                                                  tCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                   <  2:1814117/101‑1 (MQ=255)
                                                   cgcgCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                  <  1:3475307/101‑1 (MQ=255)
                                                           tCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                          <  2:1099600/101‑1 (MQ=255)
                                                           atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                                           <  1:460507‑M1/61‑1 (MQ=255)
                                                            tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                          >  2:589725‑M1/40‑101 (MQ=255)
                                                             cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                         <  2:150673‑M1/63‑1 (MQ=255)
                                                             cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                         <  1:97189‑M1/63‑1 (MQ=255)
                                                                tcgggtccgtggggtcggtcgggtccgtgggatccGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                      >  1:4073924‑M1/36‑101 (MQ=255)
                                                                 cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                     <  2:2739063‑M1/67‑1 (MQ=255)
                                                                 cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                     <  1:1281312‑M1/67‑1 (MQ=255)
                                                                  gggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                    >  2:3424351‑M1/34‑101 (MQ=255)
                                                                   ggtccgggggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                   >  2:7493‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                                                    gtctgtggATGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                  <  2:4690586/95‑1 (MQ=11)
                                                                    ggCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGAtc                                 >  2:432869/1‑101 (MQ=255)
                                                                     ccgttcggcgC.GTGGGTCCCGTGGCATCAGTCGGGTCCGTGGCTTCGGTCGGGTCGGGGGGATCTGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                <  1:4551212/92‑1 (MQ=0)
                                                                       tggtggggcggTGGGATCGGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                               <  1:3226687/91‑1 (MQ=11)
                                                                        tggggttc.GTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGGGGGATTGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                             <  1:2789855/94‑1 (MQ=11)
                                                                         tgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGgatcgggc                             <  2:2498609‑M1/75‑3 (MQ=255)
                                                                         ggggggcggggggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                             <  1:914173/91‑1 (MQ=14)
                                                                         cGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                            <  1:4008274/101‑1 (MQ=255)
                                                                           ggatcggtcgggtccgtggggcccGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                           >  2:1037350‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                                            aTGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAt                         <  1:1352937/101‑1 (MQ=255)
                                                                              gC.GTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGGCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                       <  2:1999038/101‑1 (MQ=11)
                                                                              cc.GTGGGATCGTTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                       <  2:294770/100‑1 (MQ=1)
                                                                                ggTGGGGTCGGGGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                      <  1:2322773/100‑1 (MQ=11)
                                                                                 gTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                     <  1:137959/101‑1 (MQ=255)
                                                                                    ggCGCGATCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGATCCGTGgg                  <  2:1905128‑M2/101‑3 (MQ=255)
                                                                                     ggtccggaggatccgtcggctcagtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCAGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGa                 <  2:2421331/93‑1 (MQ=11)
                                                                                      atccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGTTCCGTGGGATCGGTCGGTTCCCTGGGATCGGACGGATACGTggatt                >  1:547116/8‑98 (MQ=11)
                                                                                       tgcttgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtc               <  1:625094/95‑1 (MQ=14)
                                                                                       tcggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc               <  1:2526376/101‑1 (MQ=255)
                                                                                       tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGAGCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGCtc               >  2:1273390/7‑101 (MQ=11)
                                                                                        cggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg              <  1:3339707/101‑1 (MQ=255)
                                                                                        ccgtgggagcggtggggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTTGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGtcc              <  1:816182/96‑2 (MQ=11)
                                                                                         cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtggggtccgtgGGATCGGTCGGGTCGGTGGCGTCGGTCGGGTCGGTGGGGGCGGTGGGTGCCGGggggcccg             >  2:4504981/5‑96 (MQ=0)
                                                                                          gttggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggt            <  2:4450434/98‑1 (MQ=14)
                                                                                          gtggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGAtcggt            >  1:2383536/10‑101 (MQ=11)
                                                                                          gtcggATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt            >  1:362301/1‑101 (MQ=11)
                                                                                           tggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGAtcggtc           <  2:2869155/93‑1 (MQ=14)
                                                                                           tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgggtccgtc           <  1:3561128‑M2/99‑10 (MQ=255)
                                                                                           tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc           <  2:4378221/99‑1 (MQ=11)
                                                                                           tcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtc           <  2:3700368/101‑1 (MQ=14)
                                                                                           ggggagctggcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtccgtc           <  1:3399978/91‑1 (MQ=11)
                                                                                            ggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGAtcggtcg          <  1:2963273/94‑1 (MQ=14)
                                                                                            gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg          <  1:4336156/100‑1 (MQ=11)
                                                                                            cggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggggggggtcg          >  2:3621432/1‑93 (MQ=11)
                                                                                             gtaacggtctggtccgtgggatcggtcgggtccgttgcgtCCTTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg         <  2:4198284/97‑1 (MQ=11)
                                                                                             ggttcggtcgggtccgttggatcggtcgggtccgtggggTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg         <  2:3939757/98‑1 (MQ=14)
                                                                                             ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGGGGGATCGGTCGGAGCCGTGGGAtcggtcgg         >  2:658852/1‑101 (MQ=11)
                                                                                             ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg         >  1:4702159/1‑101 (MQ=11)
                                                                                              gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGCTCGGGCGGGTCCGTGGGAtcggccggt        >  1:1845525/1‑100 (MQ=11)
                                                                                              gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcgGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCggg        <  2:2167918/101‑1 (MQ=11)
                                                                                               gtccggcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt       <  1:4396683/95‑1 (MQ=14)
                                                                                               atcggtggggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtgggat       >  1:4175650‑M2/1‑88 (MQ=255)
                                                                                               atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGGGATCGGTCGGGt       >  1:1591888/1‑101 (MQ=11)
                                                                                               atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGat       >  2:2579453‑M2/1‑99 (MQ=255)
                                                                                                tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatc      >  2:4261087‑M2/1‑98 (MQ=255)
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                                                                                                     |                                                                                                   
TGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGC.GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTA  >  NC_014034/221864‑222063

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG