Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 221,985 G→A 32.4% D224D (GAC→GAT RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9850G→A32.4% 0.0 ‑1.9 0.0720D224D (GAC→GATRCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (103/130):  ref base (243/242):  total (346/374)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.51e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

Only 100 of 1744 total aligned reads displayed.

CTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGT  >  NC_014034/221885‑222085
                                                                                                    |                                                                                                    
     gtcggggccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                                                 >  1:284640‑M1/79‑101 (MQ=255)
     gtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                                                 >  1:431895‑M1/79‑101 (MQ=255)
       cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                                               <  2:2717424‑M1/25‑1 (MQ=255)
          gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggTCCGTGGGATCGGTCGGTTCCgtggggc                                                                                            <  2:1472956‑M1/28‑3 (MQ=255)
           tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgcgatcggtcgggtccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                                           >  2:1247649‑M1/73‑101 (MQ=255)
              gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                                        >  1:4256719‑M1/70‑101 (MQ=255)
               tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtc                                                                                       <  2:1002993‑M1/39‑1 (MQ=255)
               tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggaTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGAtcggtc                                                                                       <  1:3734620‑M1/33‑1 (MQ=255)
                gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                                      >  2:1881419‑M1/68‑101 (MQ=255)
                     tCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgcccac                                                                                 <  2:856123/101‑6 (MQ=255)
                     cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                                 >  2:2027264‑M1/57‑101 (MQ=255)
                         cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                                             >  2:4072664‑M1/53‑101 (MQ=255)
                           gatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtgggc                                                                           <  1:1002062‑M1/51‑2 (MQ=255)
                            gtcccgcTTATCGGCGGTGGGCGGCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCGGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                          <  2:3583826/97‑1 (MQ=21)
                              cgcgCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                        <  1:3475307/101‑1 (MQ=255)
                                gtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                      <  2:419831‑M1/50‑1 (MQ=255)
                                gggggatcggtcggggccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                      >  1:2048640‑M1/46‑101 (MQ=255)
                                cgcTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                      <  1:4603905/101‑1 (MQ=255)
                                   tCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                   <  2:3731503/101‑1 (MQ=255)
                                   ggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                   <  1:1732433‑M1/53‑1 (MQ=255)
                                      tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                >  1:3201681‑M1/40‑101 (MQ=255)
                                         gtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGt                                                             <  1:1353805‑M1/59‑1 (MQ=255)
                                          gcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                            >  2:2261420‑M1/36‑101 (MQ=255)
                                             ggtccgtgggatcggtcggctccgtgggatcggtcggcTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                         >  2:1084360‑M1/39‑101 (MQ=255)
                                               tccgtgggatcgggcgggtccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                       >  1:3950742‑M1/37‑101 (MQ=255)
                                                 cGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCAGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                     >  1:4019256/1‑101 (MQ=255)
                                                  gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGCAGGGTCGGTGGGAtcggt                                                    <  2:2817004‑M1/68‑1 (MQ=255)
                                                   tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATGGGTCGGGTCCGTGGgatcggcg                                                   <  2:2601130‑M1/69‑3 (MQ=255)
                                                   tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGAtcggtc                                                   >  1:3021667‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                                    gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                  >  1:451213‑M1/32‑101 (MQ=255)
                                                     ggatccgtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                 >  2:3479595‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                     ggATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                 <  1:1133834/101‑1 (MQ=255)
                                                        tGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                                              >  1:4119293/1‑101 (MQ=255)
                                                            tGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                          >  2:1747828/1‑101 (MQ=255)
                                                             gtgatccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCTGTCTGATCCGTgg                                         >  2:416041‑M1/23‑101 (MQ=255)
                                                             gggCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGg                                         <  2:651949‑M2/101‑2 (MQ=255)
                                                              gggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                        >  1:1987064‑M1/16‑101 (MQ=255)
                                                                 tcggtggtATCGGTTGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGTATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                     <  2:4366767/101‑1 (MQ=11)
                                                                 tcgctgggaccgggcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtc                                     <  2:2412796/95‑1 (MQ=14)
                                                                 tccgtcggATCGGTGGTATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                     <  2:168566/98‑1 (MQ=11)
                                                                  ccgtggggtccGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                    <  2:4309907‑M1/90‑1 (MQ=255)
                                                                    gttggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                  <  2:4450434/98‑1 (MQ=14)
                                                                    gtggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGAtcggt                                  >  1:2383536/10‑101 (MQ=11)
                                                                    gtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGTtcggg                                  >  2:3089813/1‑100 (MQ=14)
                                                                     tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggaccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                 >  2:3985964/3‑101 (MQ=11)
                                                                      gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcgggcg                                >  2:3266976/2‑101 (MQ=11)
                                                                      cggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                >  1:4378468/1‑101 (MQ=255)
                                                                      cggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAGCCGTGGGAtcggtcg                                >  1:759595/1‑101 (MQ=255)
                                                                       gggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGAtcggtcgg                               <  2:2329151/95‑1 (MQ=14)
                                                                       ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGACCGTGGGATCGGCCGGGTGCGTGGGagttgttgg                               >  2:4545008/1‑93 (MQ=11)
                                                                       ggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                               <  1:1409157‑M1/89‑1 (MQ=255)
                                                                        gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGCTCGGGCGGGTCCGTGGGAtcggccggt                              >  1:1845525/1‑100 (MQ=11)
                                                                         atcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                             >  1:2250389/1‑101 (MQ=11)
                                                                         atcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCTCGGTCGGATCCTTGGGATCGGTcgggc                             <  1:1203595‑M1/91‑2 (MQ=255)
                                                                           tggtcggatctgtgggatcggtcggacccgaaggctcGGTCGGGTCCGTAAGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                           <  2:734405/100‑1 (MQ=11)
                                                                           gggtcggggccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                           <  1:1066912/100‑1 (MQ=11)
                                                                           cggtcgggccgctggcgtcgggcgcgtccgtcggacCGGTCGCGTCCGTGGGCTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                           <  2:2162205/101‑1 (MQ=2)
                                                                            ggtcgggtccgtgggatctgtcgggtccgtggtatcGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtgggatcgg                          <  1:1923270‑M2/101‑17 (MQ=255)
                                                                            ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccg                          <  2:1561911‑M2/101‑6 (MQ=255)
                                                                             gtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                         >  1:3554110/7‑101 (MQ=11)
                                                                             gacggctccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGatccgt                         >  2:3200291‑M2/3‑95 (MQ=255)
                                                                               cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtgggatcggtcg                       <  2:3004407‑M2/101‑20 (MQ=255)
                                                                               cggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatcggtCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtcg                       >  1:944218/1‑99 (MQ=11)
                                                                                gggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATAGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgcgagcgtgga                      >  1:504362/1‑91 (MQ=11)
                                                                                gggtccgtgggatcggtgggatccgtgggatcgggcGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAgg                      <  1:2549588/101‑1 (MQ=11)
                                                                                gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggattggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGTTCCGTGgggtccgtgggatcggtcgg                      <  2:2900363‑M2/101‑21 (MQ=255)
                                                                                gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGgtccgtggg                      <  1:2614091‑M2/101‑10 (MQ=255)
                                                                                gggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgg                      >  1:675418/1‑101 (MQ=11)
                                                                                gggtccgggggatcggtcgggtccgtgggctcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgg                      <  2:93449/101‑1 (MQ=14)
                                                                                ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGgtccgtggg                      <  1:2105931‑M2/101‑10 (MQ=255)
                                                                                ggatccgggggatcggtcgggtccgtgggatcgggcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgg                      <  1:3267177/98‑1 (MQ=14)
                                                                                 ggtccgtgggaggggtcgggtccgtcggatcggtggGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                     <  1:1512725/101‑1 (MQ=11)
                                                                                 gatccgtgggatcggtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTCGGa                     >  2:2099164/3‑101 (MQ=11)
                                                                                   tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtgggatcggtcgggtc                   >  1:600506‑M2/1‑78 (MQ=255)
                                                                                   tccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtg                   >  2:4650929/1‑100 (MQ=14)
                                                                                   gccgtggggtccgtgggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                   <  1:3643582/100‑1 (MQ=11)
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                                                                                                    |                                                                                                    
CTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGT  >  NC_014034/221885‑222085

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG