Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,009 G→A 7.5% P216P (CCC→CCT RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0090G→A 7.5% 261.5 ‑0.8 ‑0.31603P216P (CCC→CCTRCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (62/55):  ref base (695/728):  total (787/816)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 4.42e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 4.80e-01

Only 100 of 1895 total aligned reads displayed.

CCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTG  >  NC_014034/221909‑222108
                                                                                                    |                                                                                                   
  ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                                                                   >  1:2267221‑M1/52‑101 (MQ=255)
  ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                                                                   <  2:3950500‑M1/44‑1 (MQ=255)
   gatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtgggc                                                                                                  <  1:1002062‑M1/51‑2 (MQ=255)
      ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                               <  1:2107774‑M1/48‑1 (MQ=255)
          gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                                           <  1:2501996‑M1/52‑1 (MQ=255)
             atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTcgggc                                                                                        <  2:3414845‑M1/61‑2 (MQ=255)
              tcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                                       >  2:1602008‑M1/46‑101 (MQ=255)
              tccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                                       >  1:1053660‑M1/46‑101 (MQ=255)
                ggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                                                     <  2:3004558‑M1/58‑1 (MQ=255)
                   cgggtccgtggggtcggtcggatccgtgggatcggtcgggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                                  >  1:1341837‑M1/41‑101 (MQ=255)
                   cgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                                  <  1:3578048‑M1/61‑1 (MQ=255)
                      atccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                               >  1:150689‑M1/38‑101 (MQ=255)
                       gccgtcggatcggtcgggtccgtgggatccGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                              >  2:278931‑M1/31‑101 (MQ=255)
                           tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGAtcggtc                                                                          >  1:3021667‑M1/33‑101 (MQ=255)
                            gggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGAtcggtcg                                                                         <  1:4499270‑M1/70‑1 (MQ=255)
                            cGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                         >  1:3308926/1‑101 (MQ=255)
                             gtatcggtcggatccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGAtcggtcgg                                                                        >  2:3587933‑M1/31‑101 (MQ=255)
                                     gggCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGg                                                                <  2:651949‑M2/101‑2 (MQ=255)
                                      gggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                               >  1:1987064‑M1/16‑101 (MQ=255)
                                         tgcgtgggagcggtcgggtccggtggctcgggcgggttcgtgGGGTCCGTCGGATCCGGGGGATCGGTTGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                            <  1:3986206/95‑1 (MQ=2)
                                         tccgggggatcggtcggaTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                            >  1:205543‑M1/19‑101 (MQ=255)
                                          tcgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                           <  1:4752546/96‑1 (MQ=11)
                                          ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAgcg                                                           >  2:3643353/6‑101 (MQ=11)
                                             tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTTGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGAacagtc                                                        >  2:4320415/3‑101 (MQ=11)
                                             tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                        <  2:4378221/99‑1 (MQ=11)
                                              gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                       <  1:4336156/100‑1 (MQ=11)
                                                gttcggtcgggtcggtcggatccgtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCggg                                                     <  2:1018240/99‑1 (MQ=1)
                                                 gtgggtcggatccgttggatcggtcggatccgtaggatcGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                    <  2:2289389/98‑1 (MQ=11)
                                                 atcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGat                                                    <  2:3232551‑M2/101‑3 (MQ=255)
                                                 atcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                    <  1:4397927‑M1/91‑1 (MQ=255)
                                                  tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatc                                                   <  1:2172344‑M2/101‑4 (MQ=255)
                                                   ctgtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                  <  2:4250973/93‑1 (MQ=11)
                                                   cggtcgtgtccgtgggctccgtcggatccgtgggatCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                  <  2:4468024/101‑1 (MQ=11)
                                                   cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGTATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGAcc                                                  >  2:2418838/1‑101 (MQ=14)
                                                   cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGatcg                                                  >  2:491734‑M2/1‑97 (MQ=255)
                                                   cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccatgggatCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatcc                                                  <  2:41757‑M2/101‑5 (MQ=255)
                                                   cgggcggatccgtgggatcggtcggatccggaggatCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                  <  1:1190772/101‑1 (MQ=11)
                                                   ccgtcgggtccgggggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCTGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                  <  1:1910486/99‑1 (MQ=14)
                                                    ggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                 <  1:171/101‑1 (MQ=11)
                                                    ggtcgggtccgtggcatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGATCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccg                                                 >  2:3133388‑M2/1‑96 (MQ=255)
                                                    ggtcgcgtccgtgggatggttcgggtccgtggcaccGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                 <  2:2503199/101‑1 (MQ=11)
                                                    ggcacggtccgtggggtggctcgggtccgtgggatcgggcgGTTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                 <  2:1084946/96‑1 (MQ=11)
                                                     gtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCTCGGTCGGGTCCGt                                                >  1:3202836/7‑101 (MQ=11)
                                                     gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccgt                                                <  1:2394736‑M2/101‑7 (MQ=255)
                                                     gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGCGGATTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCgg                                                >  1:4067148/1‑100 (MQ=11)
                                                       gggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCAGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg                                              >  1:4664898/5‑99 (MQ=11)
                                                       cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccagat                                              <  1:2610997‑M2/101‑9 (MQ=255)
                                                       cggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGtccgcgg                                              <  2:4660498‑M1/97‑4 (MQ=255)
                                                        gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggattggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGTTCCGTGgggtccgtgggatcggtcgg                                             <  2:2900363‑M2/101‑21 (MQ=255)
                                                        gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGgtccgtggg                                             <  2:219671‑M2/101‑10 (MQ=255)
                                                        gggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccgtggg                                             <  1:4287430‑M2/101‑10 (MQ=255)
                                                        gggtccgggggatcggtcgggtccgtgggctcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgg                                             <  2:93449/101‑1 (MQ=14)
                                                         ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccgtggga                                            >  2:1990068‑M2/1‑91 (MQ=255)
                                                         ggtccgggggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                            <  1:4133174/101‑1 (MQ=14)
                                                         gatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGgtccgtggga                                            <  1:1392771‑M2/99‑11 (MQ=255)
                                                          gtccgtggggtcggtggggtcggtggggtcggtcggATCGGTGGGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgggc                                           <  2:2059406/101‑3 (MQ=14)
                                                          gtccgtggggtagggcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                           <  1:1618694/101‑1 (MQ=11)
                                                          gtccgtgggatcgttcggatccgtgtgatccgtcggATTCGTTGGATCGGTCGGATTCGTTGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGAt                                           <  1:2906896/101‑1 (MQ=17)
                                                           tccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCGGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccgtgggatc                                          >  1:3115769‑M2/1‑89 (MQ=255)
                                                           tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGatccgtgggatc                                          >  2:4551538‑M2/1‑89 (MQ=255)
                                                           tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGgtccgtgggatc                                          >  1:1117528‑M2/1‑89 (MQ=255)
                                                            ccgtggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGGGGGATCCGTGGGAtcg                                         >  1:3479400/1‑101 (MQ=11)
                                                            ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTGCGTGgggtag                                         >  2:3718948/1‑97 (MQ=14)
                                                            ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGatccgtgggatcg                                         >  1:4192666‑M2/1‑88 (MQ=255)
                                                            ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGatccgtaggatcg                                         <  2:2703809‑M2/101‑14 (MQ=255)
                                                             cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                        >  1:2547931‑M2/1‑76 (MQ=255)
                                                             cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAGCGGGCGGGGCGGTGGGAtcgg                                        >  2:1708108/1‑101 (MQ=1)
                                                              gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGCCGGATCCGTGGGAtgggt                                       >  1:3887352/1‑101 (MQ=11)
                                                               tgggagcgggcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                      <  1:4584510/101‑1 (MQ=14)
                                                                gtcctcggtgggggccgtcggatcggtgcgGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGACCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGGGGGAtcggtcg                                     <  2:1405194/97‑1 (MQ=2)
                                                                gggatcggacggatccgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGCAGGGTCGGTCGGGGCCGCCGGCTCGGGAGGTTCAGAGGGAtcggtcg                                     >  2:1142601/1‑101 (MQ=2)
                                                                     cggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtcc                                <  2:4119051/101‑1 (MQ=11)
                                                                     cggtcgagcccgtggggtccgtcggATCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGgtcggatcc                                >  2:135053/1‑101 (MQ=11)
                                                                      ggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGCGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcggggccg                               >  1:849129/1‑101 (MQ=11)
                                                                       gtcggggccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGgtccgtgggatcggtcgggtccgt                              >  1:284640‑M2/1‑77 (MQ=255)
                                                                        tcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtc                             <  2:4053921/101‑1 (MQ=11)
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                                                                                                  gTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgtgtccgtaggatcggtcgggtccgt   >  2:235525‑M2/1‑39 (MQ=255)
                                                                                                    |                                                                                                   
CCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTG  >  NC_014034/221909‑222108

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG