Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,063 A→G 100% P198P (CCT→CCC RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0630A→G100.0% inf 626P198P (CCT→CCCRCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (81/163):  ref base (141/106):  total (284/342)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.28e-07
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.53e-01

Only 100 of 798 total aligned reads displayed.

GGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGCCGC  >  NC_014034/221965‑222163
                                                                                                  |                                                                                                    
gggtggctgggctcggtggtgtgcgctggatgggtcggGCGCGTGGGGTCGGGCGGGTGCCTCGGACCCGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgg                                                                                                    <  1:3692799/94‑1 (MQ=2)
gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTGCGTGGGCTCCGTCGGTTCCGTGgg                                                                                                    >  2:3241498/1‑101 (MQ=11)
ggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAgg                                                                                                    <  2:4280425‑M1/47‑1 (MQ=255)
ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTAGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTGGGATGCGTGgg                                                                                                    >  1:734479/4‑101 (MQ=11)
ggaTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAgg                                                                                                    >  2:4510584‑M1/4‑101 (MQ=255)
 gatccgtgggatcggtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTCGGa                                                                                                   >  2:2099164/3‑101 (MQ=11)
  gtgcgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                                                  >  2:1986947/4‑101 (MQ=14)
  ggactgtggatgggtgcggttcgtgggctcggtcggAGTACTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                                                  <  2:3700510/94‑1 (MQ=2)
   tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGCGCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                                                 >  1:4073858/1‑101 (MQ=11)
   gccgtggggtcgctcgggtccgtggcatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAGCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                                                 <  2:1192927/100‑1 (MQ=11)
    ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGCGGGAtcg                                                                                                >  1:419748/1‑101 (MQ=11)
    ccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGGtcg                                                                                                >  2:2171910/1‑101 (MQ=14)
    ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                                                >  1:1382720/1‑101 (MQ=11)
    ccgtgggagcggtcggttccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                                <  2:1503430/101‑1 (MQ=11)
     cgtgggaccggtcgcctccgtgcgatccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                                                               <  2:2240811/101‑1 (MQ=11)
      gtgggctcggttgggtccgtgggctcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                                              <  2:3560909/101‑1 (MQ=14)
      gtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                                              >  2:2307961/1‑101 (MQ=11)
      gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATGGGTCGGATCCGTGGGATCGATCGCATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGAtcggt                                                                                              >  1:4054163/1‑101 (MQ=14)
       ttggatcgttcgggttcgtttgatcggttggATCCGTGTTATAAGTCGAGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCTTGGGAtcggtc                                                                                             <  2:547065/99‑1 (MQ=2)
       tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                             >  2:2752726/1‑101 (MQ=11)
       tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                             >  1:202597/1‑101 (MQ=11)
       tcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGatcggtg                                                                                             <  2:188177‑M1/54‑2 (MQ=255)
        gggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                                            >  1:4428133/1‑101 (MQ=11)
        gggatcggacggatccgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGCAGGGTCGGTCGGGGCCGCCGGCTCGGGAGGTTCAGAGGGAtcggtcg                                                                                            >  2:1142601/1‑101 (MQ=2)
         ggatcggtcgggtccgggggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                           <  1:222187/101‑1 (MQ=11)
         ggatccgtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                           <  2:722141/101‑1 (MQ=11)
          gatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcggg                                                                                          >  2:600853‑M1/45‑101 (MQ=255)
          gatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcggg                                                                                          >  1:1882592‑M1/45‑101 (MQ=255)
           atccgtgggatcagtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggt                                                                                         <  1:2570934‑M1/58‑1 (MQ=255)
            tcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtc                                                                                        >  2:1357924/1‑101 (MQ=11)
            tcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtc                                                                                        <  2:2498798/101‑1 (MQ=11)
            tccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtc                                                                                        >  1:2967263‑M1/43‑101 (MQ=255)
            tccgtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGATCGgccggatc                                                                                        >  1:1584239/4‑101 (MQ=11)
             cggttgggtccgtgggttccgtctgATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCTGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtcc                                                                                       <  1:3719178/101‑1 (MQ=11)
             cggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtcc                                                                                       <  2:2383402/101‑1 (MQ=11)
             cggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGGCGGGGGATCGgtcggggcg                                                                                       >  2:1398617/1‑98 (MQ=11)
             cggtcggctccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtcc                                                                                       <  1:4685769/101‑1 (MQ=255)
               gtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAGCCGTGGGATCGGGCGGGTCCCTGGAATCGgtcggtaccgt                                                                                     >  1:1764938/1‑101 (MQ=11)
                tcggatccgtaggagcggacggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtc                                                                                    <  2:2989436/101‑1 (MQ=11)
                 cgggctcgtggggtgcgtcggATCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGgtcggatccgtag                                                                                   <  2:1580712/95‑3 (MQ=11)
                  gggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGggcgggtccgtggg                                                                                  >  2:4173667/1‑101 (MQ=11)
                  gggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCTCGgtcgggtccgtcgg                                                                                  >  1:3832542/1‑101 (MQ=11)
                    atccgtgggatcggtcggGTCCGCGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGACCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGATGGATCGggcggatccgtcggac                                                                                >  2:192311/2‑99 (MQ=11)
                     tccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtggggtc                                                                               <  2:3084442/101‑1 (MQ=11)
                     tccgtgggatcggtcggCTCCGTAGGATCGTTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcgggtc                                                                               <  1:1706924/101‑1 (MQ=14)
                      ccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggatcg                                                                              >  1:1262873/1‑100 (MQ=255)
                      ccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcgggtcc                                                                              <  2:3488112/101‑1 (MQ=11)
                       ggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGtcgggtccgtcgggtccg                                                                             <  1:1146189‑M1/70‑1 (MQ=255)
                        gtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTcgggtccgtcggatcggt                                                                            >  1:2905390/1‑101 (MQ=11)
                        gtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTcgggtccgtcggatcggt                                                                            >  2:4396436/1‑101 (MQ=11)
                         tggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtcggtc                                                                           >  2:4116307/1‑100 (MQ=11)
                         ggggatcggtcggTTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgtc                                                                           <  1:2656432/100‑2 (MQ=11)
                          cgggtccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTgg                                                                          >  1:1459692/8‑101 (MQ=11)
                           gggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTggg                                                                         <  2:1266371‑M1/74‑1 (MQ=255)
                           ggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTGGGACCGGTGGGATCggtcggg.ccggcgggagccggcgg                                                                        >  2:3144783/1‑92 (MQ=14)
                             atcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTggggt                                                                       >  2:395320/1‑99 (MQ=11)
                              tccttcggATCCGTGGGATCGTTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtc                                                                      <  2:3842529/97‑1 (MQ=11)
                              tccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGGTGCGTGGGAtc                                                                      >  2:172097/4‑101 (MQ=14)
                               cggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGagcc                                                                     >  1:273545/1‑98 (MQ=11)
                               ccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtcc                                                                     <  1:569653/99‑2 (MQ=11)
                                ggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtccg                                                                    <  2:2689579/101‑3 (MQ=11)
                                 gtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggg                                                                   >  2:4330624/1‑100 (MQ=14)
                                 gtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGGCCGTCGGAtccgt                                                                   >  1:88922/1‑101 (MQ=11)
                                  tcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccgtg                                                                  >  1:2311802/1‑100 (MQ=11)
                                  tcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccgtg                                                                  <  1:3187286/101‑2 (MQ=11)
                                  gcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                  <  1:395364/100‑1 (MQ=14)
                                   cggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCTGATCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcgggag                                                                 >  1:2390850/1‑98 (MQ=17)
                                   cggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                 <  1:4563403/101‑1 (MQ=14)
                                   cggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtccgtgg                                                                 >  1:3641215/1‑99 (MQ=11)
                                   cggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGGCGGGTCCGTCGGATAGGTCGGAtccgtgg                                                                 >  1:4344723/1‑99 (MQ=11)
                                    gggtCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGGtcggtggg                                                                >  2:4073682/4‑101 (MQ=11)
                                    gggtCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                <  2:3371000/98‑1 (MQ=14)
                                    ggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCTCGGACGGGGCAGTCGGGTCGGTCGGagacgtggg                                                                >  2:1022334/1‑93 (MQ=11)
                                    ggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtccgtggg                                                                >  2:1835161/1‑101 (MQ=11)
                                      atcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAt                                                              <  1:3435277‑M1/85‑1 (MQ=255)
                                      atcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAt                                                              <  2:674141‑M1/85‑1 (MQ=255)
                                      aTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                              >  2:2598640/1‑101 (MQ=11)
                                       tcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                             <  1:1049475‑M1/86‑1 (MQ=255)
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                                                                                   aTCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGGCGGAc                 >  1:3273576/1‑101 (MQ=255)
                                                                                                  |                                                                                                    
GGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGCCGC  >  NC_014034/221965‑222163

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 12 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG