Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,066 A→G 1.4% D197D (GAT→GAC)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0660A→G 1.4% 4.7 ‑1.0 0.0595D197D (GAT→GAC) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (3/7):  ref base (269/315):  total (273/322)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 3.57e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

Only 100 of 771 total aligned reads displayed.

GGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGCCGCCGG  >  NC_014034/221966‑222166
                                                                                                    |                                                                                                    
ggtccgtggcatcggtcgggcccgtgggatctgtcgGGTGCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                                                                      <  2:603469/101‑1 (MQ=11)
gatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTGGGGTCGGTGGGATCGGGCGGGGCCGTGGGa                                                                                                      >  2:3500827/3‑101 (MQ=14)
gatccgtgggatcggtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTCGGa                                                                                                      >  2:2099164/3‑101 (MQ=11)
 gtgcgggggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                                                     <  1:1860585/95‑1 (MQ=11)
 ggactgtggatgggtgcggttcgtgggctcggtcggAGTACTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                                                     <  2:3700510/94‑1 (MQ=2)
   ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                                                   >  1:1382720/1‑101 (MQ=11)
   ccgtcggatcggtcgggcccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                                   <  2:1203740/101‑1 (MQ=14)
    cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGGGGGATCGGTGGGGTCGGTGGGAgcgg                                                                                                  >  2:2003629/1‑101 (MQ=14)
     gttgggtcgggcgggtccgtggggtcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                                                 <  1:3241699/95‑1 (MQ=11)
      tgggatcggtcggttccgttggatcggtcggTTCCGTGAGATCGGTTGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                                                <  2:3003198/101‑1 (MQ=14)
      tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                                >  2:2752726/1‑101 (MQ=11)
      tcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGatcggtg                                                                                                <  2:188177‑M1/54‑2 (MQ=255)
       gtcctcggtgggggccgtcggatcggtgcgGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGACCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGGGGGAtcggtcg                                                                                               <  2:1405194/97‑1 (MQ=2)
       ggggtcggtcgggtccgtgggagcgggaggGTCCGTGAGATCGGTCGGGTCCGTGGGAGCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                                               <  1:192336/101‑1 (MQ=11)
       gggatcggtcgggtccctgggggccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                                               <  2:1100209/101‑1 (MQ=11)
       gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCAGAGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATAGGACGGGACCGTGGGAGCGGGCGGAGCCGTGGGAtcgagcg                                                                                               >  2:344489/1‑97 (MQ=2)
        ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgggcgg                                                                                              >  1:3994466/1‑101 (MQ=14)
        ggatccgtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                              <  2:722141/101‑1 (MQ=11)
         gatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcggg                                                                                             >  2:2315493/1‑101 (MQ=11)
          gtcggtggggtccgtaggttcggtcggGTCCGTGGGGTCGGTTTGGTCCGTAGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggt                                                                                            <  1:2141614/100‑1 (MQ=11)
          atcgttcgggtccttgggctccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggt                                                                                            <  2:3245145/101‑1 (MQ=11)
           ttcgtcgtgttcgtggtaacgctcggGCCCGTGCGCTCAGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtc                                                                                           <  2:4487821/98‑1 (MQ=2)
           tcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtc                                                                                           <  1:1564835/101‑1 (MQ=255)
             ggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTAGGATCGGTGGGGTCCGTGGGGTCGgtcgggtcgg                                                                                         >  2:3092975/1‑99 (MQ=11)
             ggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAACGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGTCGGATCGgtcgggtccg                                                                                         >  2:3159523/1‑101 (MQ=11)
              gtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGACCGggcgggtcagg                                                                                        >  2:1359750/1‑98 (MQ=11)
              ctcatatccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTACGTGGGATCGATCGGGTCCGTGGCATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGgtaggatccgt                                                                                        <  2:3941255/95‑1 (MQ=11)
                cgggtccgtggtgtccgtcggATCGGTGGCATCGGTCGGCTCCTCGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtgg                                                                                      <  2:547338/101‑3 (MQ=11)
                 gggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAGCCGTGGGGTAGGTGGGGTCTGTGGGAtcagtgggaaacggggg                                                                                     >  2:1504501/1‑92 (MQ=11)
                 gggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGGGATAGgtcgggtcagtcgg                                                                                     >  1:2325924/1‑101 (MQ=11)
                   gtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGAGGGACCGgtcagatccgtggggt                                                                                   >  1:2064336/1‑101 (MQ=11)
                   atccgtgggatcggtcggGTCCGCGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGACCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGATGGATCGggcggatccgtcggac                                                                                   >  2:192311/2‑99 (MQ=11)
                     cggtaggatcggtcggGTCCGTAGGATGGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcgggtcc                                                                                 <  2:4112178/96‑1 (MQ=11)
                     ccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggatcg                                                                                 >  1:1262873/1‑100 (MQ=255)
                      ggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGtcgggtccgtcgggtccg                                                                                <  1:1146189‑M1/70‑1 (MQ=255)
                      cgtggggtccgtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTCGGGTCGgtggggtccgtggggtcgg                                                                                >  2:3761990/1‑99 (MQ=11)
                       gtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTcgggtccgtcggatcggt                                                                               >  2:4396436/1‑101 (MQ=11)
                        tgggatcggtcggGTCGGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgtc                                                                              <  2:675354/101‑2 (MQ=11)
                        taggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTg                                                                              >  1:3683001/3‑101 (MQ=14)
                         ggggttcgtcggATCCGTGGGATCTGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgtcg                                                                             <  1:4544227/94‑3 (MQ=11)
                         gggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTcgggtccgtcggatcggtcg                                                                             <  2:425937/101‑3 (MQ=11)
                         gggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTcgggtccgtcggatcggtcg                                                                             >  2:4166078/1‑99 (MQ=11)
                         cgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTgg                                                                             <  1:2752744‑M1/73‑1 (MQ=255)
                         cgggtccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCTGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCTGTAGGATCGGTCGCGTCCGTCGGGTCCGGgg                                                                             >  1:3930411/11‑101 (MQ=11)
                         cgggtccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTgg                                                                             >  1:1459692/8‑101 (MQ=11)
                         aggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTgg                                                                             >  1:3393535/2‑101 (MQ=14)
                           ggtccgtgggatccgtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGa                                                                           >  2:1294716‑M1/27‑101 (MQ=255)
                            atcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAt                                                                          >  1:3488324/1‑101 (MQ=11)
                             tccttcggATCCGTGGGATCGTTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtc                                                                         <  2:3842529/97‑1 (MQ=11)
                              ccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtcc                                                                        <  1:2628884/99‑2 (MQ=11)
                               ggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtccg                                                                       <  2:2689579/101‑3 (MQ=11)
                                ggtggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                      >  2:3591564‑M1/22‑101 (MQ=255)
                                 tgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGGGGGAtgggtc                                                                     <  1:2175895‑M1/81‑1 (MQ=255)
                                 tcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                     <  1:4643608/101‑1 (MQ=14)
                                   ggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtccgtggg                                                                   >  1:2719566/1‑101 (MQ=11)
                                    gATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTGGGATCCGTCGGGTCCGTGGGCtcggtgggc                                                                  >  2:3664127/1‑100 (MQ=11)
                                     aTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGACCCGTGGGAtccggggggc                                                                 >  2:4330189/1‑93 (MQ=11)
                                     aTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                 >  1:299378/1‑101 (MQ=11)
                                     aTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                 >  2:2598640/1‑101 (MQ=11)
                                      tcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                                <  1:1049475‑M1/86‑1 (MQ=255)
                                        cGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCg                                                              >  2:2178612/1‑101 (MQ=14)
                                          taggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtc                                                            <  2:3393329/99‑2 (MQ=14)
                                          ggggACCGGTCCGGTCCGGGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                            <  2:793280/100‑1 (MQ=14)
                                             gATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGa                                                         >  2:927135/1‑101 (MQ=14)
                                              gtcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCCGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAt                                                        <  2:1595083/100‑1 (MQ=14)
                                               tccgtggggTCCGTTGGATCGGTCGGGGCCGTGGGCTCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                       <  2:177273/95‑1 (MQ=18)
                                               gcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCCGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtc                                                       <  1:3141197/100‑1 (MQ=14)
                                                cggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcg                                                      <  1:4068836/101‑1 (MQ=14)
                                                 cgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                     <  2:4073495‑M1/97‑1 (MQ=255)
                                                  gtcggGTCCGTCGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggt                                                    <  1:3704164/101‑1 (MQ=14)
                                                   tcggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtc                                                   <  1:3614349/101‑1 (MQ=14)
                                                   ncggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGGCGGGGCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTCGGGtcgggc                                                   >  1:94156/2‑99 (MQ=14)
                                                    gggctCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGAGCGGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGAtcggtcg                                                  <  2:2505595/97‑1 (MQ=11)
                                                    cggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTCGGATCCGTGGGGCCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTGCGTCGGAgcggtgg                                                  >  2:4612280/1‑99 (MQ=18)
                                                     ggatCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGACCGGTCGGGGCCGCAGAAtcggtccg                                                 >  2:485224/4‑99 (MQ=17)
                                                       gTCCGTGGCATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                                               <  2:4685993/101‑1 (MQ=255)
                                                        tCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                              <  1:773331/101‑1 (MQ=255)
                                                         ccGTGGGATGGGCGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                             <  2:1041607/101‑1 (MQ=11)
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                                                                                              cGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTcgccgc        >  1:4157377/1‑101 (MQ=255)
                                                                                                    |                                                                                                    
GGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGCCGCCGG  >  NC_014034/221966‑222166

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG