Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,069 G→C 26.4% T196T (ACC→ACG RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0690G→C26.4% 0.0 ‑1.7 ‑0.0481T196T (ACC→ACGRCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (60/68):  ref base (191/162):  total (251/230)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.80e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.98e-01

Only 100 of 727 total aligned reads displayed.

CCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGCCGCCGGACA  >  NC_014034/221969‑222169
                                                                                                    |                                                                                                    
ttgtgggatcgggcggttccgtgggatcggtcgtGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                                      <  1:1648210/99‑1 (MQ=11)
ccgtgggatgggtggggtccgtgggagcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                                      <  1:2091892/101‑1 (MQ=11)
ccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                                      <  2:3698893/101‑1 (MQ=14)
ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                                                      >  1:1382720/1‑101 (MQ=11)
ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                                                      >  1:90485/1‑101 (MQ=11)
ccgtcggatcggtcgggcccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                                      <  2:1203740/101‑1 (MQ=14)
  gtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGGtcggt                                                                                                    >  1:3230409/1‑101 (MQ=11)
   tgggatcggtcggggccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                                                   <  2:561544/101‑1 (MQ=14)
   tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                                   >  2:2752726/1‑101 (MQ=11)
    gggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGGTCGGGCGGGTGCGGGGGGtcgggag                                                                                                  >  2:914096/1‑98 (MQ=11)
    gggatcggtcgggtccctgggggccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                                                  <  2:1100209/101‑1 (MQ=11)
    gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCAGAGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATAGGACGGGACCGTGGGAGCGGGCGGAGCCGTGGGAtcgagcg                                                                                                  >  2:344489/1‑97 (MQ=2)
     ggatcggtcgggtccgggggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                                 <  1:222187/101‑1 (MQ=11)
      gatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcggg                                                                                                >  2:2315493/1‑101 (MQ=11)
       gaccgttgggtccgtgggatgggtcagACTCGTGGCAGCTGTTGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcggat                                                                                               <  2:1881308/94‑3 (MQ=2)
        tgtgtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtc                                                                                              <  1:2587403/98‑1 (MQ=14)
        tcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtc                                                                                              >  2:1357924/1‑101 (MQ=11)
        tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtc                                                                                              >  1:1859743‑M1/43‑101 (MQ=255)
         cggtgggatccgtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtcc                                                                                             >  2:2534889‑M1/42‑101 (MQ=255)
         cggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtcc                                                                                             <  2:4119051/101‑1 (MQ=11)
         ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtcc                                                                                             <  1:1553634‑M1/60‑1 (MQ=255)
          ggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTAGGATCGGTGGGGTCCGTGGGGTCGgtcgggtcgg                                                                                            >  2:3092975/1‑99 (MQ=11)
          ggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAACGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGTCGGATCGgtcgggtccg                                                                                            >  2:3159523/1‑101 (MQ=11)
              gggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAGCCGTGGGGTAGGTGGGGTCTGTGGGAtcagtgggaaacggggg                                                                                        >  2:1504501/1‑92 (MQ=11)
               ggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGGGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGgtcgggtccgcgggg                                                                                       >  1:3479807/1‑96 (MQ=11)
                gtccgtgggatccgtccgCTCCGGCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtggggt                                                                                      <  2:4355409/101‑1 (MQ=11)
                  ccgtgggttcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtggggtcc                                                                                    <  2:3342887/101‑1 (MQ=11)
                  ccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggatcg                                                                                    >  1:1262873/1‑100 (MQ=255)
                  ccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTAGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcgggccc                                                                                    >  1:4068714/1‑101 (MQ=11)
                   ggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGtcgggtccgtcgggtccg                                                                                   <  1:1146189‑M1/70‑1 (MQ=255)
                   cgtggggtccgtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTCGGGTCGgtggggtccgtggggtcgg                                                                                   >  2:3761990/1‑99 (MQ=11)
                    gtgggctctggcggGTCCGTTGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgt                                                                                  <  2:3265127/101‑1 (MQ=11)
                    gtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTggggtccgtcgggtccgt                                                                                  <  2:2250265/98‑1 (MQ=11)
                      ggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgtcg                                                                                >  2:2038911/1‑99 (MQ=11)
                      ggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgtcg                                                                                >  1:4307018/1‑99 (MQ=11)
                      cgggtccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTgg                                                                                >  1:1459692/8‑101 (MQ=11)
                       gggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTggg                                                                               <  2:3009424‑M1/74‑1 (MQ=255)
                        ggtccgtgggatccgtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGa                                                                              >  2:1294716‑M1/27‑101 (MQ=255)
                         atcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                             <  1:3388297/101‑1 (MQ=14)
                         atcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTggggt                                                                             >  2:395320/1‑99 (MQ=11)
                          tccttcggATCCGTGGGATCGTTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtc                                                                            <  2:3842529/97‑1 (MQ=11)
                          tccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGGTGCGTGGGAtc                                                                            >  2:172097/4‑101 (MQ=14)
                            cgtgggATCCGGCGGATCCGGTGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                                          <  2:2362952/97‑1 (MQ=17)
                            cgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtccg                                                                          <  2:2430799/100‑3 (MQ=11)
                             gtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGgtcggg                                                                         <  2:2120756‑M1/80‑2 (MQ=255)
                             gtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccgt                                                                         <  1:2750333/101‑1 (MQ=11)
                             ggtggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                         >  2:3591564‑M1/22‑101 (MQ=255)
                              tgggctccgtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                        >  2:626364‑M1/21‑101 (MQ=255)
                              tcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                        <  1:4643608/101‑1 (MQ=14)
                              tcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccgtg                                                                        >  1:2311802/1‑100 (MQ=11)
                              tcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtccgtg                                                                        >  2:2628732/1‑100 (MQ=11)
                               cggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCTGATCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcgggag                                                                       >  1:2390850/1‑98 (MQ=17)
                               cggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccgtgg                                                                       >  1:3312242/1‑99 (MQ=11)
                                gggtCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGGtcggtggg                                                                      >  2:4073682/4‑101 (MQ=11)
                                ggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGaaccgtggg                                                                      >  1:3700598/1‑93 (MQ=11)
                                ggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtccgtggg                                                                      >  2:1835161/1‑101 (MQ=11)
                                 gatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGa                                                                     <  1:3097827‑M1/84‑1 (MQ=255)
                                 gATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCTGTGGGa                                                                     >  2:1042373/1‑101 (MQ=11)
                                  aTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                    >  1:299378/1‑101 (MQ=11)
                                   tcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                                   <  1:1049475‑M1/86‑1 (MQ=255)
                                     cGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCg                                                                 >  2:2178612/1‑101 (MQ=14)
                                      gtagggtcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                <  2:192283/95‑1 (MQ=14)
                                       tggcacttgtcggTTCCGTGCGATCGGTCGGATCCGTCGTATCGGTCGGTTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                               <  2:1144937/93‑1 (MQ=14)
                                       taggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtc                                                               <  2:3393329/99‑2 (MQ=14)
                                        tggATCGGTCGGGGCATTCGGAACGGTCGGATCCGTGTGACCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtcg                                                              <  2:197234/100‑3 (MQ=2)
                                        gggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtcg                                                              <  1:2160757/101‑3 (MQ=14)
                                             cggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcg                                                         <  2:4732831/101‑1 (MQ=14)
                                             cggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcg                                                         <  2:2719412/101‑1 (MQ=14)
                                               gtgggggcggTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                       <  1:198549/92‑1 (MQ=17)
                                               gtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                       <  2:3505178‑M1/98‑1 (MQ=255)
                                               gtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCCTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggt                                                       >  1:366191/1‑101 (MQ=14)
                                                 gGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                     <  2:4432015‑M1/100‑1 (MQ=255)
                                                 cgggtgctgtggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCG.........GTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                            <  1:3888084/91‑1 (MQ=11)
                                                 cggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTGGGATCCGTGGGATCGGTGGGAtcggggg                                                     >  2:499940/1‑98 (MQ=14)
                                                   gatCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAGCGGCCGGGCCCGCAGGATCGGTCggg                                                   >  2:770615/3‑101 (MQ=14)
                                                     tCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTc                                                 <  2:2905214/101‑1 (MQ=17)
                                                     tCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                 <  1:773331/101‑1 (MQ=255)
                                                      ccGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGTTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTGGGTTCCGTCGGATCGGCAGGATCGGTGGGGTcg                                                >  1:2933059/1‑100 (MQ=2)
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                                                                                                    |                                                                                                    
CCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGCCGCCGGACA  >  NC_014034/221969‑222169

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG