Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_014034 | 681,569 | C→T | 2.6% | G680S (GGC→AGC) | RCAP_rcc00630 ← | ice nucleation protein repeat family protein |
Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_014034 | 681,569 | 0 | C→T | 2.6% | 3.7 ‑2.0 ‑0.3 | 154 | G680S (GGC→AGC) | RCAP_rcc00630 | ice nucleation protein repeat family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (4/0): ref base (82/68): total (86/68) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.30e-01 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 5.27e-01 |
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
CTGGTCAGCGCGCCGATCTGCGCCGAGCCCAGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAGC > NC_014034/681469‑681669
|
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tGGTCAGCGCGCCGATCTGCGCCGAGCCCAGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGccc < 1:2668006/101‑1 (MQ=255)
tGGTCAGCGCGCCGATCTGCGCCGAGCCCAGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGCGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGccc > 2:3264522/1‑101 (MQ=255)
tGGTCAGCGCGCCGATCGGCGCCGAGCCCAGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGccc < 2:1709638/101‑1 (MQ=255)
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ggTCAGCGCGCCGATCTGCGCCGAGCCCAGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCa < 1:3849045/101‑1 (MQ=255)
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tCAGCGCGCCGATCTGCGCCGAGCCCAGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAgc > 2:3703516/1‑101 (MQ=255)
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cgcCGATCTGCGCCGAGCCCAGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCgccgcc > 1:269725/1‑101 (MQ=255)
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cGATCTGCGCCGAGCCCAGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCAcc > 1:1119008/1‑101 (MQ=255)
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tCTGCCCCGAGCCCAGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTc < 1:488715/101‑1 (MQ=255)
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cTGCGCCGAGCCCAGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCg < 2:2492160/101‑1 (MQ=255)
tGCGCCGAGCCCAGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGc < 1:4254638/101‑1 (MQ=255)
tGCGCCGAGCCCAGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGc < 2:3705232/101‑1 (MQ=255)
gCCCAGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCa < 1:4631299/101‑1 (MQ=255)
gCCCAGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCa < 2:3503930/101‑1 (MQ=255)
ccAGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAgc > 2:1778851/1‑101 (MQ=255)
cAGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAgcg > 2:2900578/1‑101 (MQ=255)
cgcgCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCACCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGcgccgc > 2:1109758/1‑101 (MQ=255)
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ccTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTgc > 2:1835039/1‑101 (MQ=255)
cTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTgcg > 2:1574047/1‑101 (MQ=255)
tGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTgcgc > 2:3361137/1‑101 (MQ=255)
tGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTgcgc > 2:2932050/1‑101 (MQ=255)
gcgcCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGcc < 2:3342928/101‑1 (MQ=255)
cgcTGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCg > 2:4336254/1‑101 (MQ=255)
cgtcgtCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGc > 2:685097/1‑101 (MQ=255)
gcgtcAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTc < 1:3100794/100‑1 (MQ=255)
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cgtcAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCa > 2:3811167/1‑101 (MQ=255)
cgtcAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCa > 1:1542141/1‑101 (MQ=255)
cAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAgcg > 1:3229965/1‑101 (MQ=255)
cAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAgcg > 2:1409236/1‑101 (MQ=255)
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gcCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGcgccgc > 1:2753236/1‑101 (MQ=255)
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cACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGcgccgccg > 2:1021113/1‑101 (MQ=255)
cACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGcgccgccg > 2:3046747/1‑101 (MQ=255)
cACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGcgccgccg > 2:3781638/1‑101 (MQ=255)
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gATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCt > 2:1671833/1‑101 (MQ=255)
aTGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTg > 2:4710345/1‑101 (MQ=255)
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tCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCAc < 1:4266958/101‑1 (MQ=255)
tCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCAc > 1:1796806/1‑101 (MQ=255)
cATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCAcc > 1:3005167/1‑101 (MQ=255)
cATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCAcc < 2:796983/101‑1 (MQ=255)
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aTCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCg < 2:2605312/101‑1 (MQ=255)
aTCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCg < 2:2381198/101‑1 (MQ=255)
aTCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCg < 1:4529952/101‑1 (MQ=255)
tCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGa < 1:4632524/101‑1 (MQ=255)
cGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAg > 2:3472764/1‑101 (MQ=255)
cGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAg > 1:1621610/1‑101 (MQ=255)
ggTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGc > 2:2673371/1‑101 (MQ=255)
gTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGcc < 1:1778960/101‑1 (MQ=255)
gTGCCAAAGCCCCCGACCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCTTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGcc < 1:611075/101‑1 (MQ=38)
gcccAAGGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCa < 1:225351/99‑1 (MQ=255)
gCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCaa > 1:2800090/1‑101 (MQ=255)
ccAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAg > 1:2041497/1‑101 (MQ=255)
cAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGc > 1:1249426/1‑101 (MQ=255)
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aaGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGccc < 1:3195716/101‑1 (MQ=255)
aaGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGccc < 1:4676029/101‑1 (MQ=255)
gCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCgg > 2:4754802/1‑101 (MQ=255)
cgGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCAc < 1:2810972/101‑1 (MQ=255)
cgGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCAc < 2:4187899/101‑1 (MQ=255)
cgGATCCCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCCCCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCAc < 1:1030842/101‑1 (MQ=255)
gATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCg > 2:2220922/1‑101 (MQ=255)
tCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGACCGGCCACCGCa < 1:3595207/101‑1 (MQ=255)
tCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAACCCCGCCCATCGCa > 2:1216975/1‑101 (MQ=255)
gccgccGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAg > 1:1307996/1‑101 (MQ=255)
gccgccGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAg > 1:2451836/1‑101 (MQ=255)
ccgccgTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAgg < 1:3811402/101‑1 (MQ=255)
cgTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTgg < 1:4087081/101‑1 (MQ=255)
gTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGga > 1:240117/1‑101 (MQ=255)
gTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGga > 2:3856295/1‑101 (MQ=255)
tGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGgag < 1:1409330/101‑1 (MQ=255)
cccCGCCCCCCCACCGTCGCGGACGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGagag < 2:4600928/101‑1 (MQ=37)
cccAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGAACGCCTGGagag > 1:1591494/1‑101 (MQ=255)
ccAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAgc > 2:4050138/1‑101 (MQ=255)
|
CTGGTCAGCGCGCCGATCTGCGCCGAGCCCAGACGCGCCGCCTGCGCCGTCGTCAGCGCCACGATGTCATCGGTGCCAAAGCCGCGGATCGCCGCCGTGCCCAGCGCCGCCACCGTCGCCGAAGCCAGCGCCGCGATCTGCGCCGTGCTCAGCGCCGCCGCCTGCACCGAGCCAAGCCCGGCCACCGCAAGGCTGGAGAGC > NC_014034/681469‑681669
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 20 ≤
ATCG
< 27 ≤
ATCG
< 33 ≤
ATCG
< 40 ≤
ATCG
|