Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9610G→C 5.5% 99.4 ‑5.4 ‑3.5938T232T (ACC→ACG) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Rejected: Prediction has significantly lower quality scores supporting polymorphism compared to reference.
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (38/15):  ref base (455/430):  total (493/445)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 4.38e-03
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 3.41e-04

Only 100 of 2055 total aligned reads displayed.

CGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCG  >  NC_014034/221861‑222061
                                                                                                    |                                                                                                    
   tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgcgggatcgggg                                                                                                   <  1:1759100‑M1/9‑3 (MQ=255)
      gatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgga                                                                                                <  1:5141067‑M1/12‑2 (MQ=255)
       cGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggg                                                                                               >  1:3624766/1‑100 (MQ=255)
        tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatc                                                                                              >  1:6714087‑M1/88‑98 (MQ=255)
          ggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                                                                            <  2:1079326‑M1/16‑1 (MQ=255)
          ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccg                                                                                            <  2:2698441‑M1/16‑1 (MQ=255)
           gtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgg                                                                                           <  1:2026526‑M1/17‑2 (MQ=255)
             cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                                         <  2:6693518‑M1/19‑1 (MQ=255)
             cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgttg                                                                                         <  2:6152234‑M1/19‑3 (MQ=255)
              ggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                        >  2:3118075‑M1/82‑101 (MQ=255)
              gTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtggg                                                                                        <  1:4266374/101‑1 (MQ=255)
                 tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatc                                                                                     >  2:2833370‑M1/79‑101 (MQ=255)
                 gccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                     >  2:1194301‑M1/79‑101 (MQ=255)
                 gccggggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                     >  1:2853089‑M1/79‑101 (MQ=255)
                    gtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                  <  2:5624089‑M1/26‑1 (MQ=255)
                     tgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                 >  1:3763345‑M1/75‑101 (MQ=255)
                     ggggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                 >  1:4160266‑M1/75‑101 (MQ=255)
                      gggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                                <  1:1333710‑M1/28‑1 (MQ=255)
                      gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggggccgtggggtcggtcg                                                                                <  2:5008519‑M1/28‑1 (MQ=255)
                      gggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcg                                                                                <  2:3605943‑M1/28‑4 (MQ=255)
                         ttCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggt                                                                             <  2:5402349/101‑1 (MQ=255)
                           cggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                           >  2:3431462‑M1/69‑101 (MQ=255)
                           cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatcc                                                                           <  1:7107276‑M1/33‑1 (MQ=255)
                           cGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                           >  1:3309786/1‑101 (MQ=255)
                            ggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccg                                                                          >  2:3809930‑M1/68‑101 (MQ=255)
                             gtgtTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgg                                                                         >  2:3522961/1‑100 (MQ=255)
                              tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggagcgggcgggtccgtg                                                                        <  2:2564068‑M1/36‑1 (MQ=255)
                              tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtg                                                                        <  2:1787590‑M1/36‑1 (MQ=255)
                               cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgcgg                                                                       <  2:3944974‑M1/37‑4 (MQ=255)
                                 tggaggTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGAtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                     >  1:6841574/1‑101 (MQ=255)
                                 ggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                     <  1:2477489‑M1/39‑1 (MQ=255)
                                 ggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                     <  1:2676481‑M1/39‑1 (MQ=255)
                                 gatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                     <  1:5686328‑M1/39‑1 (MQ=255)
                                  ggtggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                    <  1:2978748/101‑1 (MQ=255)
                                   tccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                   <  1:3203715‑M1/41‑1 (MQ=255)
                                    tggtCAGCGTAGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccagatcggaa                                                                  >  2:4234541/1‑92 (MQ=38)
                                      gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                >  1:4416338‑M1/58‑101 (MQ=255)
                                             tCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                         <  1:3536311/101‑1 (MQ=255)
                                             cggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTcc                                                         <  2:7131432‑M1/51‑1 (MQ=255)
                                              ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCg                                                        <  2:2020795‑M1/52‑1 (MQ=255)
                                                ccGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                      >  1:1239740/1‑101 (MQ=255)
                                                 cgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                     >  2:4710856‑M1/47‑101 (MQ=255)
                                                    gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                  >  1:3870273‑M1/44‑101 (MQ=255)
                                                        gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGgtccgtggggtccgt                                              >  1:4544594‑M1/40‑95 (MQ=255)
                                                        gtgggatcggtcgggtccgtgcgatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                              >  2:4890647‑M1/40‑101 (MQ=255)
                                                         tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                             <  1:6571506‑M1/63‑1 (MQ=255)
                                                         ggggatcggtcgggtccgtggggtccgtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                             >  1:5275914‑M1/39‑101 (MQ=255)
                                                             atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGgatcggtcggat                                         <  2:865241‑M1/67‑3 (MQ=255)
                                                             agcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                                         >  1:6293182‑M1/35‑101 (MQ=255)
                                                                ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                      >  1:6411613‑M1/32‑101 (MQ=255)
                                                                gACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                      >  1:1597813/1‑101 (MQ=255)
                                                                 gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                     <  2:1324338‑M1/71‑1 (MQ=255)
                                                                  tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                    <  1:4348537‑M1/72‑1 (MQ=255)
                                                                   cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                   <  1:4766262‑M1/73‑1 (MQ=255)
                                                                    gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                  <  1:6961701‑M1/74‑1 (MQ=255)
                                                                     gatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                 <  2:5231190‑M1/75‑1 (MQ=255)
                                                                       tccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                               >  1:1864472‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                                       tccgtgggatcggtcggcgccgtgCGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                               >  2:5871228‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                                       tccgtaggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                               >  2:628955‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                                       cgCGTGGTATGCGTCGGTTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtc                               <  2:6946148/100‑1 (MQ=14)
                                                                        gCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                              >  1:4882664/1‑101 (MQ=255)
                                                                        ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                              >  1:2569719‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                                         cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                             >  1:3921730‑M1/23‑101 (MQ=255)
                                                                          gtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCAGTGGGatcggc                            <  2:228479‑M1/80‑2 (MQ=255)
                                                                          gtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGatcggc                            <  1:3087046‑M1/80‑2 (MQ=255)
                                                                          gtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGAtcggt                            <  2:600438‑M1/80‑1 (MQ=255)
                                                                           tgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                           >  1:3443351‑M1/21‑101 (MQ=255)
                                                                           tgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGatcggtg                           <  2:6822775‑M1/81‑2 (MQ=255)
                                                                           tCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGtccctg                           >  2:5752656/1‑97 (MQ=11)
                                                                             ggATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                         >  2:4430559/1‑101 (MQ=255)
                                                                             ggATGCCTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                         >  1:5519686/1‑101 (MQ=255)
                                                                              atctggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGatcggtcggg                        >  1:4653978‑M1/18‑100 (MQ=255)
                                                                                   gtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                   <  1:954688‑M1/89‑1 (MQ=255)
                                                                                     cgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTgg                 >  2:1629433‑M1/11‑101 (MQ=255)
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                                                                                                    ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcGGTCGGATCCGTGGGGTCGGGCGGGTCGGTGGGATAGGGCGGATCCGTGGGGGCGGGCGGGTCCg  >  2:2135601/1‑101 (MQ=14)
                                                                                                    |                                                                                                    
CGGTGCCCGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCG  >  NC_014034/221861‑222061

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 17 ≤  ATCG  < 24 ≤  ATCG  < 33 ≤  ATCG  < 41 ≤  ATCG