Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 221,976 A→G 11.4% D227D (GAT→GAC)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9760A→G11.4% 244.7 0.0 ‑1.3981D227D (GAT→GAC) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (61/52):  ref base (469/397):  total (531/450)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 5.12e-02

Only 100 of 2525 total aligned reads displayed.

CGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGT  >  NC_014034/221877‑222085
                                                                                                   |                                                                                                             
cGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggat                                                                                                              >  1:4386199/1‑101 (MQ=255)
 gccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                                             >  2:3666423‑M1/79‑101 (MQ=255)
       ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcgg                                                                                                       <  1:1890230‑M1/29‑1 (MQ=255)
       ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgg                                                                                                       <  1:6784161‑M1/29‑1 (MQ=255)
        gatcggtcgggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                                                                      <  2:879008‑M1/30‑1 (MQ=255)
          tccgtcgggttcgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatc                                                                                                    >  2:5092638‑M1/70‑98 (MQ=255)
            ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcct                                                                                                  <  1:3502701‑M1/34‑2 (MQ=255)
            ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggagat                                                                                                  <  2:4653739‑M1/34‑5 (MQ=255)
             gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgt                                                                                                 >  2:5785452‑M1/67‑101 (MQ=255)
             gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtggggtccgtgggatcggtcgggtccgt                                                                                                 <  1:3262130‑M1/35‑1 (MQ=255)
                gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcggggccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                              <  2:4939605‑M1/38‑1 (MQ=255)
                    tggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                          <  1:5019542/101‑1 (MQ=255)
                    tggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                          <  1:2176115/101‑1 (MQ=255)
                     cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcgg                                                                                         >  1:3164949‑M1/59‑101 (MQ=255)
                      gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgggggatcggt                                                                                        <  1:3024791‑M1/44‑1 (MQ=255)
                      gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggttccgtgggataggt                                                                                        <  1:5840000‑M1/44‑1 (MQ=255)
                      atgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggg                                                                                        <  2:451296‑M1/44‑2 (MQ=255)
                       tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                       >  2:6045137‑M1/57‑101 (MQ=255)
                        gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                                      <  1:6644557‑M1/46‑1 (MQ=255)
                         ggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgcgggatcggtcgg                                                                                     <  1:2903293‑M1/47‑1 (MQ=255)
                             cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                                 >  1:5550553‑M1/51‑101 (MQ=255)
                              ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                                <  2:5640207‑M1/52‑1 (MQ=255)
                               gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGt                                                                               >  1:7131806‑M1/49‑101 (MQ=255)
                                 cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                             <  1:542653‑M1/55‑1 (MQ=255)
                                    gtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTAGGGTCCGTGGGAt                                                                          <  2:1947802‑M1/58‑1 (MQ=255)
                                    aTCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                          >  1:5959816/1‑101 (MQ=255)
                                     tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGAtc                                                                         <  2:2595762‑M1/59‑1 (MQ=255)
                                     tCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                         <  2:2361629/101‑1 (MQ=255)
                                     gccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                         >  1:865265‑M1/43‑101 (MQ=255)
                                          gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                    <  1:7020774‑M1/64‑1 (MQ=255)
                                           ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTGGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                   <  2:4299138‑M1/65‑1 (MQ=255)
                                            gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGatcggtcgga                                                                  >  1:4535098‑M1/36‑100 (MQ=255)
                                              tCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                <  1:2444531/101‑1 (MQ=255)
                                               cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                               >  1:2599055‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                                 aCGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                             >  2:1259958/1‑101 (MQ=255)
                                                  gcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                            >  2:2195723‑M1/30‑101 (MQ=255)
                                                    ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                          <  1:1488373‑M1/74‑1 (MQ=255)
                                                    gTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                          <  2:6515892/101‑1 (MQ=255)
                                                       ggCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                       >  1:608884/1‑101 (MQ=255)
                                                        ccgtgggatcggtcgggcccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTccgtggggtcc                                                      >  2:2048627‑M1/24‑97 (MQ=255)
                                                         cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                     <  1:4649964‑M1/79‑1 (MQ=255)
                                                          gtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                    <  1:1325339‑M1/80‑1 (MQ=255)
                                                           tgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                   >  2:5266673‑M1/21‑101 (MQ=255)
                                                           tgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATGGGTCGGGTCCGTGGGatcggtg                                                   <  2:3577136‑M1/81‑2 (MQ=255)
                                                            gggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                  >  1:2812863‑M1/20‑101 (MQ=255)
                                                            cGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                  >  1:622947/1‑101 (MQ=255)
                                                                        gtcggtgggATGGGTCGGGTCCGTGAGATCGGTCGGATCCGGGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                      <  2:1117508/100‑1 (MQ=11)
                                                                        ctccgtgcgatcggtgggctcggcgggatccgtcggctccgtggGATCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                      <  2:6853215/93‑1 (MQ=11)
                                                                        atccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggggt                                      >  1:42954/8‑99 (MQ=11)
                                                                         tcggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGTATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                     <  2:2838957/101‑1 (MQ=255)
                                                                          cggtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcg                                    >  2:332993/1‑101 (MQ=11)
                                                                            gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                  >  2:5413595/4‑101 (MQ=11)
                                                                            gtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                  >  2:1713123‑M1/4‑101 (MQ=255)
                                                                            gtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCCTGGGACCGGTCGGGCCCGTCGGCtcggt                                  >  1:3602397/1‑101 (MQ=11)
                                                                             tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtgcgagGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGTTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGAtctgtg                                 >  1:1785773/3‑100 (MQ=11)
                                                                             tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                 <  2:153852‑M1/99‑1 (MQ=255)
                                                                             tgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                 >  2:5914257‑M1/3‑101 (MQ=255)
                                                                              gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                <  1:569004/100‑1 (MQ=11)
                                                                              gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                <  1:3397190‑M1/100‑1 (MQ=255)
                                                                                gatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGGTCCGTTGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGAGTCCGTGGGCTCGGTCggg                              >  2:4807065/1‑101 (MQ=11)
                                                                                 attggtcggatccgttggatcggtcggatccgtaggatcGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCTGTCGGGt                             <  2:7043369/98‑1 (MQ=11)
                                                                                 atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGGt                             >  1:6358576/1‑101 (MQ=14)
                                                                                   cggtcgggtccgtgggatcgggccggtccgtgggatCGGTCGGATCCGTGGGAACGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                           <  2:4385450/101‑1 (MQ=17)
                                                                                   cggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                           <  2:5542217/101‑1 (MQ=11)
                                                                                   cggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                           >  1:3940943/1‑101 (MQ=11)
                                                                                    ggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCg                          >  1:4026367/1‑101 (MQ=11)
                                                                                    ggtcggggccgggggagcgggcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                          <  1:1088802/101‑1 (MQ=14)
                                                                                    ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgcgggatcGGTCGGGTCCGTGGGATCCGTCGGGCCCGGGGGATCGGTCGGGTCGGCGGGATCGGTCGGTTCCg                          >  2:2483082/1‑101 (MQ=11)
                                                                                     gtcgggtccgtggggtcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                         <  1:3739163/101‑1 (MQ=14)
                                                                                     gtcgggtccgtgggctcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                         <  2:6652116/101‑1 (MQ=14)
                                                                                     ggcggggccgtggggccgggcgcgtccttgggatcgggCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                         <  1:6537434/99‑1 (MQ=11)
                                                                                      tcgggtccgtgtgatcggtcgggtccgtgggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                        >  2:3075458‑M2/1‑100 (MQ=255)
                                                                                      tcgggtccgtgggcgcggtcgggtccgtgggctcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtg                        <  2:318464/101‑2 (MQ=11)
                                                                                       cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcgggtcggtGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCcccggg                       >  2:182149/1‑97 (MQ=11)
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                                                                                                   |                                                                                                             
CGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGT  >  NC_014034/221877‑222085

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 17 ≤  ATCG  < 24 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG