Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 221,997 G→C 12.1% T220T (ACC→ACG)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9970G→C12.1% 314.8 ‑1.3 0.01258T220T (ACC→ACG) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (91/66):  ref base (584/516):  total (675/583)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 2.67e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

Only 100 of 2780 total aligned reads displayed.

TGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGG  >  NC_014034/221897‑222097
                                                                                                    |                                                                                                    
tggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                                      <  1:2176115/101‑1 (MQ=255)
ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgagatcg                                                                                                      <  1:3150342‑M1/42‑1 (MQ=255)
   gcggagcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                                   >  1:5456740‑M1/57‑101 (MQ=255)
     aGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGgtccgtgggatcggtggggtccgtgggatcggtcgg                                                                                                 >  1:4373954/1‑101 (MQ=255)
      gatcggtggggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                                                                >  2:2960693‑M1/54‑100 (MQ=255)
      gatcggtcgggtctgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                                                                >  2:6868661‑M1/54‑100 (MQ=255)
             cGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                                                         >  1:3601882/1‑101 (MQ=255)
               ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGCGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGCGGGa                                                                                       <  1:3001447‑M1/57‑1 (MQ=255)
                       tCATCCACGGGGGGGCTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                               <  2:2752418/101‑1 (MQ=18)
                        gatcggtcggatccgtgggatcggtcggctccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGatcggtcgga                                                                              >  2:4103107‑M1/36‑100 (MQ=255)
                          tcggtcgggtccgtgggntcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                            >  2:1312535‑M1/34‑101 (MQ=255)
                          tCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                            <  1:2444531/101‑1 (MQ=255)
                          gcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                            >  1:2588427‑M1/34‑101 (MQ=255)
                            ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                          >  2:4966927‑M1/32‑101 (MQ=255)
                               cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                       <  1:4766262‑M1/73‑1 (MQ=255)
                                  gtccgtgggttccgtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                    >  2:1160623‑M1/26‑101 (MQ=255)
                                  gtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                    >  1:3260736‑M1/26‑101 (MQ=255)
                                   gccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                   >  2:2017713‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                    ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                  >  1:5074001‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                     cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                                 <  1:1214853‑M1/79‑1 (MQ=255)
                                     cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                                 >  1:3921730‑M1/23‑101 (MQ=255)
                                     cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                                 >  2:4535006‑M1/23‑101 (MQ=255)
                                      gtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                <  1:1325339‑M1/80‑1 (MQ=255)
                                           aTGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAt                                                           >  1:2878909/1‑101 (MQ=255)
                                            tcggtctggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                          >  2:725480‑M1/16‑101 (MQ=255)
                                            tcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                          <  1:6399661‑M1/86‑1 (MQ=255)
                                               gTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                       >  2:2536380/1‑101 (MQ=11)
                                                  cggcccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                    <  1:3382145/92‑1 (MQ=11)
                                                   gctccgtgGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                   >  2:4826510‑M1/9‑101 (MQ=255)
                                                    gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTGCGGCGGATCCGTggggc                                                  >  2:1749479/8‑99 (MQ=11)
                                                     tcggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                 <  1:23257/101‑1 (MQ=255)
                                                     gccgggGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                 >  2:3489832‑M1/7‑101 (MQ=255)
                                                       cgggggatcgggcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGGCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGtccg                                               <  1:386270/97‑3 (MQ=14)
                                                        gtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGGCCGCGGGGTCGGGCGGGTCGGTGGGGtgggt                                              >  2:2264664/1‑101 (MQ=2)
                                                         tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                             >  1:7062957‑M1/3‑101 (MQ=255)
                                                          gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                            <  1:4010425‑M1/100‑1 (MQ=255)
                                                          gGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCTGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                            <  1:3725904‑M1/100‑1 (MQ=255)
                                                          gGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                            <  2:5766504‑M1/100‑1 (MQ=255)
                                                            ggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcgGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtcggtcgga                                          >  2:3703061/6‑100 (MQ=11)
                                                            gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGGCggg                                          >  2:3382022/1‑101 (MQ=14)
                                                             gtcgggcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcggat                                         <  1:5959707/100‑3 (MQ=11)
                                                              tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggCCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                        <  2:6320849/101‑1 (MQ=14)
                                                              gcggtcgggtccgtgtgatcgggcgggcccctgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                        <  2:887096/100‑1 (MQ=11)
                                                               cggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                       <  1:1488818/101‑1 (MQ=11)
                                                               ccgtcgggtccgtgggctcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                       <  2:4215174/99‑1 (MQ=14)
                                                                ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                      >  2:4321433/1‑101 (MQ=14)
                                                                 gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCAGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                     >  1:4506952/1‑101 (MQ=11)
                                                                 gtcgggtcagtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCgg                                     >  2:5909768/1‑100 (MQ=14)
                                                                 gtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGAGGGGTCGGTCGGGGCGGTGGGGTGGGGCGGTCCCGGGGGAccggatggttcgga                                     >  2:5116453/1‑91 (MQ=2)
                                                                  tcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                    <  2:7040451‑M2/101‑2 (MQ=255)
                                                                   cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATACGTgg                                   <  2:2659055‑M2/101‑3 (MQ=255)
                                                                    gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTTCGTCGGGTccttggg                                  >  2:675069/1‑96 (MQ=11)
                                                                    gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                  <  2:467893‑M2/101‑4 (MQ=255)
                                                                    ggctcggttggatccggcgggtcggtggggtctgtgggATCGGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAgg                                  <  1:6547190/92‑1 (MQ=11)
                                                                     ggtccgtgggatcggtcggggccgtgggatcggtcgGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                 <  1:6909119/101‑1 (MQ=11)
                                                                     gatccgtgggatcggtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGa                                 <  1:1893723/99‑1 (MQ=11)
                                                                      gtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgggt                                >  1:5564775/1‑99 (MQ=14)
                                                                      atccgtggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGTGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGGGGGAt                                >  1:2036985/2‑101 (MQ=11)
                                                                        gcgtgggatctgtcggggccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcg                              >  2:5503302‑M2/2‑94 (MQ=255)
                                                                        ccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGGtcg                              >  1:4157541/1‑101 (MQ=11)
                                                                        ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGCGTCCGtgtgagcg                              >  2:1438164/1‑94 (MQ=14)
                                                                        ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGgggggag                              <  1:5696221‑M2/101‑8 (MQ=255)
                                                                        ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                              >  1:6101198/1‑101 (MQ=11)
                                                                        ccaggggaccgggcgggtccgggtgatcggtctgATCCGGGGGGTCGGTCGGGCCCTTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                              <  2:2397901/97‑1 (MQ=9)
                                                                         cgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgggcggg                             >  1:1000254/1‑96 (MQ=11)
                                                                         cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCTGGGTCGGATCCGTGGGGTCTGACGGGCCCGAGGGAtggg                             >  2:442767/1‑101 (MQ=11)
                                                                          gtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggt                            >  1:6786946‑M2/1‑92 (MQ=255)
                                                                          gtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggc                            <  1:780206‑M2/101‑10 (MQ=255)
                                                                          gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggc                            <  2:6053329‑M2/101‑10 (MQ=255)
                                                                          gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCGGGGGGGGCGGTCGGGTCAGTGCGGtcggt                            >  2:3204923/1‑101 (MQ=11)
                                                                           tgggatcggtggggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                           <  1:6262102/101‑1 (MQ=11)
                                                                           tgcgagcggtcggttccgtcgggccggtcggAGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                           <  2:3955544/95‑1 (MQ=11)
                                                                            gggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTAGGGTCGGTAGGGACAGTGGGAccagtcg                          >  2:2853491/1‑101 (MQ=11)
                                                                             ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggggtcggtgcg                         <  1:462352‑M2/101‑13 (MQ=255)
                                                                             ggatcggtcgggtccgtcggctcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGCTCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                         <  1:5847027/101‑1 (MQ=11)
                                                                               atcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCGGCGGGAttggtgggcg                       >  2:3586108/1‑99 (MQ=11)
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                                                                                                    |                                                                                                    
TGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGG  >  NC_014034/221897‑222097

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 24 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG