Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,045 G→C 8.1% P204P (CCC→CCG)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0450G→C 8.1% 0.0 ‑0.1 0.02463P204P (CCC→CCG) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (80/111):  ref base (917/1247):  total (1044/1419)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 9.39e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

Only 100 of 3082 total aligned reads displayed.

GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCG  >  NC_014034/221944‑222145
                                                                                                      |                                                                                                    
 tGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                                                                      >  2:5464894/1‑101 (MQ=255)
    ggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                                                   <  1:2431577‑M1/93‑1 (MQ=255)
     gtccgtgGGATCGGTCGGGTGCGTGGGCTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                                                  >  1:2884531‑M1/8‑101 (MQ=255)
     gtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                                                  >  1:3945149‑M1/8‑101 (MQ=255)
     ggccggggggtcggtcggcgccgtgggagcggtcgggtccgtgggaGCGGTCGGGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAt                                                                                                  <  2:2360928/91‑1 (MQ=11)
         gtgggatgggtcgggtcggtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATC.CGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                                              <  1:6993463/98‑1 (MQ=11)
         gtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                                              >  2:1713123‑M1/4‑101 (MQ=255)
         gtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                                              <  1:4739970‑M1/98‑1 (MQ=255)
         gtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                                              >  1:4073777‑M1/4‑101 (MQ=255)
         gtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                                              >  1:5042551/1‑101 (MQ=255)
           ggggttggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCTGCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                                            >  1:6853569/7‑101 (MQ=14)
           ggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTTGGGTCCGGGGGAtcgggcg                                                                                            >  2:3665/8‑101 (MQ=11)
           gggatcggtcggggccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTC.CGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                                            <  1:1942254/100‑1 (MQ=11)
            gggtcggtcggagccgtgggatcggtcggatccgtgggaTCGGTCGGGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                           <  1:6178179/98‑1 (MQ=11)
              atcaggcgggtccgtggggtccgtcggatacgtgggatcggtCGGATC.CGTGGGATTGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                                                         <  1:4343520/95‑1 (MQ=11)
               tcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGGTCGGTCGGGTCCGCGGGATCGGTGGGGTc                                                                                        >  2:2044473/1‑101 (MQ=11)
                cggtcgtctccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTC.CGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                                       <  2:1241692/101‑1 (MQ=11)
                cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTC.CGTGGGATCGGCCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGGTCGGGCGGGTcc                                                                                       >  1:1555051/1‑101 (MQ=11)
                cggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatCGGTCGGGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATAGGGCGGGTcg                                                                                       >  2:5040438/1‑100 (MQ=11)
                 ggtgggttccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTC.CGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                                                      <  2:6660959/101‑1 (MQ=11)
                 ggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGAC.CGTGGGATCGGACGGGTCGGGGGGAGCGGTCGGGTCTGGCGGAtcggttggaacag                                                                                      >  2:2713127/1‑96 (MQ=2)
                 cgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcgGTCGGATC.CGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGCTCGGTCGGGGCCg                                                                                      >  2:751003/2‑101 (MQ=11)
                  gtcgggtgcgtgggctgggtcggttccgtgggatcgGTCGGGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                                                                     <  2:5198566/101‑1 (MQ=11)
                  gtcgggtccgtggggtcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                                     <  1:3739163/101‑1 (MQ=14)
                  gtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcgGTCGGGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                                                                     <  1:5666821/101‑1 (MQ=11)
                   tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggTCGGGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCggg                                                                                    >  2:3905618/1‑99 (MQ=11)
                   tcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggTCGGATC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                                                    <  1:6758226‑M2/101‑2 (MQ=255)
                    cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtCGGATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg                                                                                   <  2:5733002/101‑3 (MQ=11)
                     gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTC.CGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATACGTGgg                                                                                  >  2:1101278/1‑101 (MQ=11)
                      tgcacgtgggagctggcggggccgtgtgaccgggcggCTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCTGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                                                 <  2:892073/97‑1 (MQ=11)
                       gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTC.CGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                                >  2:4278482/1‑101 (MQ=11)
                       gtccgtgggaacggtcgggcgcgtggcgtcgg.cggcGCTCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                                <  2:4377718/101‑1 (MQ=2)
                        tccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatc                                                                               >  2:4745673‑M2/1‑95 (MQ=255)
                        tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTGGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGgggtg                                                                               >  2:4004396/1‑98 (MQ=11)
                        tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCCGCCGGGTCCCTGGGAtc                                                                               >  2:3184314/1‑101 (MQ=11)
                        tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                               <  1:6647611/101‑1 (MQ=11)
                        tccgtgggagcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTC.CGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                               <  2:1378068/101‑1 (MQ=11)
                        gccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggaTC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatc                                                                               >  2:6120043‑M2/2‑95 (MQ=255)
                        cgatctggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                               <  2:3447822/95‑1 (MQ=11)
                         ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGGGGGAtcg                                                                              >  2:448555/1‑101 (MQ=11)
                         ccctgggatcggtcggctccgtcggcccggtcggGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                              <  2:6919692/98‑1 (MQ=11)
                          cgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgggcggg                                                                             >  1:1000254/1‑96 (MQ=11)
                          cgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGTGAtcgg                                                                             >  1:6515203/1‑101 (MQ=14)
                          cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcgg                                                                             <  1:3870430‑M2/101‑9 (MQ=255)
                          cggggggtcggtcgggtccgtggggtccgtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                                             <  1:1101313/98‑1 (MQ=11)
                            tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGGGGGATCGGTCGGGCCCGTGGGAtaggtc                                                                           >  2:2942974/1‑101 (MQ=11)
                            tgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggATC.CGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGCTGGCTCGGTCGGGGCCGCGGGAtcggtg                                                                           >  2:533928/1‑100 (MQ=11)
                             gggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggATC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggccg                                                                          >  1:5914560/1‑101 (MQ=11)
                             gggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtctgtcg                                                                          >  1:5311154/1‑101 (MQ=11)
                                gtgtgtggggtccgtggggacggcgggGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATGGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggt                                                                       <  1:2776283/94‑1 (MQ=11)
                                 tcggtcgggtccgtggggtccgtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcggatc                                                                      >  2:3570158/1‑101 (MQ=11)
                                   ggtcgggtccgtgggatcggtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcgggtccg                                                                    <  2:4904474‑M2/101‑18 (MQ=255)
                                   ggtcggatccgtaggatcggtcggGTC.CGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccg                                                                    >  1:4480217/1‑101 (MQ=11)
                                    gtcgggtccgtggggtccgtcggCGC.CGTGGGAGCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcggatccgt                                                                   <  2:3301156/101‑1 (MQ=11)
                                    gtcgggtccgtgggatcggtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtggggtccgt                                                                   <  2:5875783‑M2/101‑19 (MQ=255)
                                    gtcggatccgtgggatcggtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGGGATCGggcgggtcggt                                                                   >  1:4206814/1‑101 (MQ=11)
                                      cgggtccgtgggatcggtcggGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgg                                                                 <  1:2195818‑M2/101‑21 (MQ=255)
                                       gggtccgtggggtccgtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtggg                                                                <  1:4615248‑M2/101‑22 (MQ=255)
                                         gtccgtgggatcggtcggGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtggggg                                                              <  2:70690‑M2/101‑24 (MQ=255)
                                         gtccgtgggatcggtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggat                                                              <  2:5959791/101‑3 (MQ=255)
                                               cggatcggtgggaTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                        <  1:5785754‑M2/100‑30 (MQ=255)
                                                ggatcggtcggGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                       <  2:2618362‑M2/101‑31 (MQ=255)
                                                  atcggtcggGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcgggt                                                     <  1:4914809‑M2/101‑33 (MQ=255)
                                                  atcggtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAt                                                     >  2:6393007/1‑101 (MQ=11)
                                                   gaggtgggAGC.CGTGGTGACGGTCGGGTCCGTAGGATGGGTTGGGTCCGTGGGATCGGTCCGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGtc                                                    <  2:1940686/99‑1 (MQ=1)
                                                      gtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgt                                                 >  2:4152770‑M2/1‑65 (MQ=255)
                                                        cggGTC.CGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGGCCGTGGGAtcggtcg                                               >  1:713420/1‑101 (MQ=14)
                                                        cggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                               <  1:265507‑M2/101‑39 (MQ=255)
                                                         ggATC.CGTGGGTTCTGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtccgtggg                                              <  2:6788854/101‑1 (MQ=1)
                                                          ggtC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGGTCGGTCGGCTCCGTGGGGGCGGGGGGAtgggacgtg                                             >  1:1718611/3‑99 (MQ=11)
                                                            tC.CGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                           >  2:3069140‑M2/1‑59 (MQ=255)
                                                            tC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatc                                           >  2:2833370‑M2/1‑59 (MQ=255)
                                                               ggtcggATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                         >  1:2056506/5‑101 (MQ=17)
                                                                gTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggc                                        <  2:6250857‑M2/101‑46 (MQ=255)
                                                                 tGGGATCGGGCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                       >  2:4619776‑M2/1‑55 (MQ=255)
                                                                   cgatcggggcggTCCGTAGGATCCCTCGGCTCCCTGCGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                     <  2:2169272/91‑1 (MQ=9)
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                                                                                                      |                                                                                                    
GTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCG  >  NC_014034/221944‑222145

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG