Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,051 G→C 1.1% T202T (ACC→ACG RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0510G→C 1.1% 26.9 ‑3.2 ‑0.62139T202T (ACC→ACGRCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (7/22):  ref base (916/1192):  total (923/1216)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 3.88e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 2.30e-01

Only 100 of 3035 total aligned reads displayed.

CGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGC  >  NC_014034/221951‑222151
                                                                                                    |                                                                                                    
ccgtcggATCGGTCGGCTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                                                      <  2:1397517/99‑1 (MQ=11)
cccggggctcggtcggctccgtggggtctggcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                                                      <  2:678038/93‑1 (MQ=14)
  tgcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggt                                                                                                    <  2:5855343/99‑1 (MQ=11)
   tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                                   >  1:2343025/3‑101 (MQ=11)
   tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                                                   >  2:4381611‑M1/3‑101 (MQ=255)
   gggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                                   <  2:5582690/96‑1 (MQ=14)
   ggggggccgtccggtgcgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                                   <  2:2523473/93‑1 (MQ=14)
    ggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTTGGGTCCGGGGGAtcgggcg                                                                                                  >  2:3665/8‑101 (MQ=11)
    gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                                                  <  1:3397190‑M1/100‑1 (MQ=255)
    gGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                                                                  <  1:2211112‑M1/100‑1 (MQ=255)
     ggatcggtcgggtacgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGCCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                                 <  1:6196868/101‑1 (MQ=14)
     ggagcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                                 <  1:4037693/101‑1 (MQ=14)
       ggccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                                                               <  2:330947/97‑1 (MQ=14)
         gggttgggtccgtggggtcgggagggtccgtgggatcGGTCGGGGCCGTGGGGGCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGATcc                                                                                             <  1:5183684/100‑1 (MQ=11)
         cggtcgggcccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtccgatca                                                                                             <  2:2847878/101‑7 (MQ=14)
         cggtcggatccgtgggatcggtcgggaccgtcggatCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGCGGGGTCGGTGGGGTCCGTGGGGCCGGTCGGCTcg                                                                                             >  2:2059489/1‑100 (MQ=11)
          ggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTGGGACCGGTCGGATCCg                                                                                            >  2:5456468/1‑101 (MQ=11)
           gtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGCTCCGTGGGATCGGTTGGGtcgggcggcacggg                                                                                           >  2:4505129/1‑95 (MQ=11)
           ggcggggccgtggggccgggcgcgtccttgggatcgggCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                                                           <  1:6537434/99‑1 (MQ=11)
            tcgggtccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                                                          >  2:3579105‑M2/1‑100 (MQ=255)
            tcgggtccgtgggcgcggtcgggtccgtgggctcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtg                                                                                          <  2:318464/101‑2 (MQ=11)
            tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCggg                                                                                          >  2:3905618/1‑99 (MQ=11)
              gggtccgtgggttcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTAGGGTCCGTGGGACAAGTCGGGTACGTGGGATGGGTCGGGTCGGtgtg                                                                                        >  2:345500/1‑98 (MQ=11)
              gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                                        <  1:2887059‑M2/101‑4 (MQ=255)
              ggatccgtgggagcggtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCgg                                                                                        <  2:2739603/98‑1 (MQ=11)
               tgcacgtgggagctggcggggccgtgtgaccgggcggCTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCTGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                                                       <  2:892073/97‑1 (MQ=11)
               ggtacgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcgGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggga                                                                                       >  2:1114783‑M2/1‑97 (MQ=255)
                gtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggat                                                                                      >  2:5720613‑M2/1‑96 (MQ=255)
                atccgtggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGGGGGAt                                                                                      >  1:882625/2‑101 (MQ=11)
                 gccgtgggatcggtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtc                                                                                     <  2:6654000/100‑1 (MQ=11)
                  ccgttggatcggtcgggtccgtcggctcggggggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                    <  2:2399119/101‑1 (MQ=11)
                  ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggggtcc                                                                                    >  1:6084984‑M2/1‑94 (MQ=255)
                  ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcg                                                                                    >  1:5809630‑M2/1‑94 (MQ=255)
                   cgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgggcggg                                                                                   >  1:1000254/1‑96 (MQ=11)
                   cgtgggatcggtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtccg                                                                                   <  2:6538648/101‑3 (MQ=11)
                    gttggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                                  <  1:257199/98‑1 (MQ=11)
                    gtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggt                                                                                  <  1:111483‑M2/101‑10 (MQ=255)
                       ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                               <  1:1391421/101‑1 (MQ=14)
                        gatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggg                                                                              <  1:5568312‑M2/101‑14 (MQ=255)
                         atcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggt                                                                             <  2:6377275‑M2/101‑15 (MQ=255)
                           cggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcggatcc                                                                           >  1:6656237‑M2/1‑85 (MQ=255)
                             gtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgt                                                                         >  1:4187844‑M2/1‑83 (MQ=255)
                             gtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGGGGGATCGGCCGGGTCCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGTTCGGTCGGGGCCGCGGGGtcagtcgccgccgg                                                                         >  2:1015120/1‑94 (MQ=11)
                               cgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtcg                                                                       >  1:4933803/1‑101 (MQ=11)
                                   tccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcgggtc                                                                   <  1:6374816/101‑1 (MQ=11)
                                      gtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTcgggtccgtcggatcggt                                                                >  2:1714700/1‑101 (MQ=11)
                                       tgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggacgggtccgtgggctcggtc                                                               <  1:2790249‑M2/101‑29 (MQ=255)
                                       ggggatctgtcggGGCCGTGGCTTCCGCCGGGTCCGTGGGACCGGCCGGACCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTcggatccgtgggatcggtc                                                               <  2:4157346/100‑2 (MQ=2)
                                       ggcggtcggtcggATCGGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTcgggtccgtcggatcggtc                                                               <  2:477260/96‑2 (MQ=11)
                                         gggtccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTggg                                                             >  2:5038540/10‑101 (MQ=11)
                                         ggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCTGGACCGCGGGGGCGGTggg                                                             >  2:4924643/1‑101 (MQ=11)
                                         ggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                             <  1:3937388‑M2/101‑31 (MQ=255)
                                         ggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTggg                                                             <  2:4289294/101‑1 (MQ=14)
                                          gatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTgggg                                                            >  2:1832855/1‑100 (MQ=11)
                                          gatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTtggatcggtcggatccgtgggatcggtcgcg                                                            <  2:1271235‑M2/101‑32 (MQ=255)
                                          gatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTgggg                                                            >  1:729491/1‑100 (MQ=11)
                                              ggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                                        >  1:1942731‑M2/1‑66 (MQ=255)
                                              ggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtccg                                                        >  2:6097491/1‑99 (MQ=11)
                                              ggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtccg                                                        >  1:5325578/1‑99 (MQ=11)
                                                tcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtg                                                      <  2:6231928‑M2/101‑38 (MQ=255)
                                                  gggtCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                    >  1:5456459/4‑101 (MQ=11)
                                                        gTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGCGGGGGCCGTGGGAtcggtcgggcccgg                                              >  1:184560/1‑95 (MQ=11)
                                                          gggATGGGTCGGGTCGGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                            <  1:6869773‑M2/101‑48 (MQ=255)
                                                           ggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                           >  1:3588077/1‑101 (MQ=14)
                                                           ggATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                           <  1:5946649/101‑1 (MQ=255)
                                                            ggtcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGAGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                          <  1:2063368/99‑1 (MQ=17)
                                                                ggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                      <  2:4014997‑M2/101‑54 (MQ=255)
                                                                ggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcgc                                      >  2:2208558/1‑100 (MQ=14)
                                                                cgtggggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                      >  1:6767013/5‑101 (MQ=255)
                                                                 gtggggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                     >  2:2639730/4‑101 (MQ=255)
                                                                 gtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtggggtccgtgggatcggtcgggtccgt                                     <  1:3262130‑M2/101‑55 (MQ=255)
                                                                 gtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggaatgggacgggtcctg                                     <  2:4630631‑M2/101‑55 (MQ=255)
                                                                  tggggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                    <  1:4504616/99‑1 (MQ=255)
                                                                   cggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtcg                                   >  1:1725475/1‑101 (MQ=17)
                                                                    gggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGAATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                  <  1:5064372‑M2/101‑58 (MQ=255)
                                                                      atCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATGGGTTGGGTCCAGAGGAtcggcgcggc                                >  1:1271689/2‑95 (MQ=14)
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                                                                                                    |                                                                                                    
CGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGC  >  NC_014034/221951‑222151

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG