Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,057 G→A 13.9% D200D (GAC→GAT)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0570G→A13.9% 0.0 ‑0.3 0.02127D200D (GAC→GAT) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (129/168):  ref base (773/1051):  total (908/1219)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 7.52e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

Only 100 of 2850 total aligned reads displayed.

GATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGC  >  NC_014034/221957‑222157
                                                                                                    |                                                                                                    
gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGGGGGATCGGTCGGATCCGGGGGAGCGGTCggg                                                                                                      >  2:1080320/1‑101 (MQ=11)
 gtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggaTCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGt                                                                                                     <  1:6605557/100‑1 (MQ=11)
 atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggGTCCGTCGGATCCGCGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGCCCGGATCCGTGAGATCGGTCGGGt                                                                                                     >  1:7107579/1‑101 (MQ=14)
   ggggcgggtcggtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                                                   <  1:633286/97‑1 (MQ=11)
   cggtggggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATcc                                                                                                   <  1:218737/101‑1 (MQ=11)
   cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTGGGCCGGGCcc                                                                                                   >  2:6196549/1‑101 (MQ=11)
    ggtggggtccgttggatcgggcgggtccgtggggtcCGTCTGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                                                                  <  1:1104417/101‑1 (MQ=14)
    ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGACCGGTCGGATCCg                                                                                                  >  1:3730707/1‑101 (MQ=11)
    ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                                                  <  2:5668881/101‑1 (MQ=11)
    cgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcgGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGCTCGGTCGGGGCCg                                                                                                  >  2:751003/2‑101 (MQ=11)
     gtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                                                                                 <  2:2773203/101‑1 (MQ=11)
     gtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                                                                                 <  1:4194999/101‑1 (MQ=11)
       tgggtccgttgggtcggtcgggtccgtgggatctgtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg                                                                                               <  1:2666806/100‑3 (MQ=11)
       cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                                               <  2:5809328‑M2/101‑3 (MQ=255)
        gggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGgg                                                                                              >  2:4670769/1‑101 (MQ=14)
        gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTggg                                                                                              <  2:633266‑M2/101‑4 (MQ=255)
        gggtccgtgggatcggtcggctccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                                              >  2:3125246‑M2/1‑98 (MQ=255)
        ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                                              <  1:4328660‑M2/101‑4 (MQ=255)
         ggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcgGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGggg                                                                                             >  2:3939460/1‑100 (MQ=14)
         ggtccgggggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggga                                                                                             >  1:5293614‑M2/1‑97 (MQ=255)
         gggccgggggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                                             <  1:182152/98‑1 (MQ=11)
           tccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGGGGGAtc                                                                                           >  2:4978400/1‑101 (MQ=11)
           tccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatc                                                                                           <  1:1713187‑M2/101‑7 (MQ=255)
            ccgtgggagcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcg                                                                                          >  1:4924895‑M2/1‑94 (MQ=255)
             cgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgggcggg                                                                                         >  1:1000254/1‑96 (MQ=11)
             cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcgg                                                                                         <  1:2439602‑M2/101‑9 (MQ=255)
               gtgggtcggttggatccgtgggatcgggcgtATCCGCGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGAtcggtc                                                                                       <  1:517652/96‑1 (MQ=11)
                gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcg                                                                                      <  2:891713‑M2/101‑12 (MQ=255)
                gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtca                                                                                      <  2:3854‑M2/101‑12 (MQ=255)
                gggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGGtcggtcg                                                                                      >  1:6948334/1‑101 (MQ=11)
                 ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggggtcggtgcg                                                                                     <  1:462352‑M2/101‑13 (MQ=255)
                    tccgtcgggtccgtgggatccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtc                                                                                  >  2:3355856‑M2/1‑86 (MQ=255)
                     cggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcggatcc                                                                                 >  1:3580411/1‑101 (MQ=11)
                     cggtcggatcggtaggatcggtcggGGCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtcc                                                                                 <  2:1605864/101‑1 (MQ=11)
                     cggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtcc                                                                                 <  2:444471/101‑1 (MQ=255)
                     cgggcggatccgggggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtcc                                                                                 >  1:1928472‑M2/1‑85 (MQ=255)
                      ggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccg                                                                                <  2:2244730‑M2/101‑18 (MQ=255)
                      cctctgagctgtgggacccggcggAGCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccg                                                                                <  2:2885899/91‑1 (MQ=14)
                       gtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgt                                                                               <  2:2423601/101‑1 (MQ=11)
                        tcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtc                                                                              <  1:3483223/101‑1 (MQ=255)
                        tcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtc                                                                              <  2:2672193/101‑1 (MQ=11)
                         cgggtacgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcggatccgtgg                                                                             >  2:5946345/1‑99 (MQ=11)
                         cggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggggccgtgg                                                                             <  1:3359949‑M2/101‑21 (MQ=255)
                         cggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcg                                                                             >  2:2078788/1‑101 (MQ=255)
                            gtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtggggt                                                                          >  1:579483‑M2/1‑78 (MQ=255)
                            gtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGACCGGTCGGACCCGTGGGATGGGTCGGGTCCGTGGGGCCGgtcggatcccggggcg                                                                          >  2:1459004/1‑94 (MQ=11)
                            agcggtgggatcggtcggGTCGGTGGGATGGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGTTGGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggat                                                                          <  2:4540649/97‑3 (MQ=11)
                                gtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTcgggtccgtcggatcggt                                                                      >  1:4483039/1‑101 (MQ=11)
                                 tgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                     <  1:1378119‑M2/101‑29 (MQ=255)
                                 tgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtc                                                                     >  1:605084‑M2/1‑73 (MQ=255)
                                 tgggatcggtcggATCCGTGGGACCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtc                                                                     >  2:4319133‑M2/1‑73 (MQ=255)
                                 tcggatcggtgggatCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                     >  1:3936257‑M2/3‑73 (MQ=255)
                                  cgggtccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTgg                                                                    >  2:1954236/11‑101 (MQ=11)
                                   ggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                   <  2:1314938‑M2/101‑31 (MQ=255)
                                    gatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                                  <  2:1775635‑M2/101‑32 (MQ=255)
                                       cggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                               >  2:5276867‑M2/1‑67 (MQ=255)
                                       cggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtcc                                                               >  2:350788/1‑100 (MQ=11)
                                         gtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgt                                                             <  1:2048707‑M2/101‑37 (MQ=255)
                                          tgggATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAacggtc                                                            >  1:2980436/3‑101 (MQ=14)
                                          tcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCTGTCGGTTGCGGGGGGTCGGGGGGAtcggcg                                                            >  2:54120/1‑99 (MQ=2)
                                           cggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtccgtgg                                                           <  2:6069926/101‑3 (MQ=11)
                                            cggtgcgtgtgATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                          >  2:1857103‑M2/6‑62 (MQ=255)
                                              gtCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgggt                                                        <  1:957758/100‑3 (MQ=14)
                                              aTCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAt                                                        >  1:386015/1‑101 (MQ=17)
                                              aTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTTGGATCGGTGGGAt                                                        >  2:3730443/1‑101 (MQ=11)
                                               tCCGTGGGAGCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATc                                                       <  1:6724822/101‑1 (MQ=11)
                                                  gTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                    <  1:3128977‑M2/101‑46 (MQ=255)
                                                  gTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTCGGGTCGGTGGGGTGGGTGGGGTCGGt                                                    >  2:4822369/1‑101 (MQ=11)
                                                    gggATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcg                                                  <  2:3605943‑M2/101‑48 (MQ=255)
                                                      ggtccgtcggatCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgga                                                >  1:5558894‑M2/3‑52 (MQ=255)
                                                      gATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgga                                                <  2:6529770‑M2/101‑50 (MQ=255)
                                                         cggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGtcg                                             >  1:566705/1‑101 (MQ=14)
                                                          ggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccg                                            <  1:6146369‑M2/101‑54 (MQ=255)
                                                            tggggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                          <  2:2559525/99‑1 (MQ=255)
                                                              gggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcgggtccgtggg                                        <  2:6647269‑M2/101‑58 (MQ=255)
                                                              gggTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtcgg                                        >  2:7068862/1‑101 (MQ=17)
                                                                gTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                      >  1:5431674‑M2/1‑42 (MQ=255)
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                                                                                                    |                                                                                                    
GATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGC  >  NC_014034/221957‑222157

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG