Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,066 A→G 2.5% D197D (GAT→GAC)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0660A→G 2.5% 35.4 ‑0.4 ‑0.31035D197D (GAT→GAC) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (14/14):  ref base (461/544):  total (476/559)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 7.04e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 4.49e-01

Only 100 of 1286 total aligned reads displayed.

GGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGCCGCCGG  >  NC_014034/221966‑222166
                                                                                                     |                                                                                                    
ggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgGGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGCTCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                                                                      >  1:2960802/1‑101 (MQ=14)
 gtccgtgggaacggtcgggcgcgtggcgtcgg.cggcGCTCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                                                     <  2:4377718/101‑1 (MQ=2)
  tccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcggGAC.CGCGGGATCGGTCGGGACCATGGGATCGTTCAGGACGGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                                                    >  2:2808456/1‑101 (MQ=2)
  tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGCtc                                                                                                    >  1:1229012/1‑101 (MQ=11)
  ggcgggggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggCTC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                                                    <  1:4301255/96‑1 (MQ=11)
  cgatctggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                                                    <  2:3447822/95‑1 (MQ=11)
   ccgtgtgttcggttggttccgtgggatcggtcggGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                                   <  2:16911/101‑1 (MQ=11)
   ccgtggggtcggtcgggtccgtggggtgcgtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                                   <  1:1532145/101‑1 (MQ=11)
   ccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGACCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTTGGAgcg                                                                                                   >  2:6359068/1‑101 (MQ=11)
   ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTGCGGGGGATCGGTTGGGTCCAGGGGAtcg                                                                                                   >  2:5501947/1‑101 (MQ=14)
   ccctgggatcggtcggctccgtcggcccggtcggGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                                                   <  2:6919692/98‑1 (MQ=11)
    cgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGTGAtcgg                                                                                                  >  1:6515203/1‑101 (MQ=14)
    cgtgggatcggtcgggtccgcgggatcggtcggGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAccgg                                                                                                  <  1:5599995/101‑1 (MQ=11)
      gggggtcggtcgggtccgtgggggccgtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                                                <  1:4890128/100‑1 (MQ=11)
      ggggatcggtcggctcggtgggggccgtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                                                <  2:4107712/100‑1 (MQ=11)
          gtgtgtggggtccgtggggacggcgggGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATGGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggt                                                                                            <  1:2776283/94‑1 (MQ=11)
           tcggtcggatccgtgggatcggtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtc                                                                                           <  2:56761/101‑1 (MQ=255)
            cggtcgggtccgtgggatcggtcggGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGTTCGGGCGGGTCGGGTGGTTCGgtcgggtcc                                                                                          >  2:526431/1‑101 (MQ=11)
            cggtcgggtccgtcggatcggtcggGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtcc                                                                                          >  1:6661301/1‑101 (MQ=11)
             ggtcgggtcggtaggatcggtcggGTC.CGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccg                                                                                         <  2:5368178/101‑1 (MQ=11)
             ggtcgggtccgtggggtccgtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGgtgggatccg                                                                                         >  1:4133468/1‑101 (MQ=14)
             ggtcggatccgtaggatcggtcggGTC.CGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTACGTCGGATCCgtggggtccg                                                                                         >  1:5466831/1‑101 (MQ=11)
               gtggatccgtcggctccgtcggATC.GTTTGGTTCCGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtc                                                                                       <  1:1338128/96‑1 (MQ=11)
                cggatccgtgggatcggtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGTTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcg                                                                                      >  1:533355/1‑101 (MQ=14)
                 gggtccgtcggatcggtgggATC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccggggg                                                                                     >  1:786197/1‑97 (MQ=11)
                 ggggccgtgggatgggggggGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtggg                                                                                     <  1:3332081/101‑1 (MQ=11)
                   gtccgtgggatcggtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggat                                                                                   <  2:5959791/101‑3 (MQ=255)
                    tccgtggggtccgtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtggggtc                                                                                  >  1:2554519/1‑101 (MQ=11)
                     ccgtgggatcggtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggatcg                                                                                 <  2:1235509/101‑2 (MQ=255)
                      cgtggggtccgtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGtcgggtccgtggggtccg                                                                                >  1:5941189/1‑101 (MQ=14)
                      cgtgggatcggtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggatcgg                                                                                >  2:33035/1‑99 (MQ=255)
                       gtgggatcggtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggatcggc                                                                               >  1:3528019/1‑98 (MQ=11)
                       gtgggatcggtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTcgggtccgtcggatcggt                                                                               <  2:5140807/101‑1 (MQ=11)
                        tgtggtccgtcggAGC.CGTGCTTTCTGTCTGCTCCGGTCGATCGATCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcggatccgtgggatcggtc                                                                              <  2:1515753/93‑2 (MQ=2)
                        gctggtccgccggATC.CGGGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTg                                                                              <  2:3602338/91‑1 (MQ=11)
                         gggatcggtcggATC.CGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTgg                                                                             >  1:1106838/1‑101 (MQ=11)
                          gggtccgtcggATC.CGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTggg                                                                            >  1:6122691/7‑101 (MQ=11)
                          ggatcggtcggATC.CGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTggg                                                                            >  2:2511990/1‑101 (MQ=11)
                            gtccgtcggATC.CGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGag                                                                          >  1:1707015/5‑100 (MQ=11)
                              cggtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtcc                                                                        >  2:3233006/1‑100 (MQ=11)
                              ccgtgggATC.GGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                        <  2:4908699/96‑1 (MQ=14)
                               ggtcggGTC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGGGGGGTCCGTGGGAtcgg                                                                       >  1:3128924/1‑101 (MQ=11)
                               ggtcggATC.CGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtccg                                                                       >  2:6097491/1‑99 (MQ=11)
                                gtgggATC.GGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                      >  1:7071159/4‑101 (MQ=14)
                                 tcggGTC.CGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGGtcgggc                                                                     >  2:1991954/1‑99 (MQ=14)
                                 ggcgggtgcGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCCGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                      <  2:4601617/93‑1 (MQ=17)
                                 ggcgggggcGTGGGATCGGGCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccgt                                                                      <  2:5017818/93‑1 (MQ=11)
                                  cggATC.CGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtccgtgg                                                                    >  1:2251721/1‑99 (MQ=11)
                                   gggtC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccttggg                                                                   <  2:2403456/98‑7 (MQ=11)
                                      gtcggccggATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAt                                                                 <  2:2916008/94‑1 (MQ=17)
                                      gc.cGTAGGCTCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                <  2:3870087/100‑1 (MQ=14)
                                       c.cGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGCGTTGCGTCGGAtcggaggagcgg                                                               >  2:2695519/1‑93 (MQ=11)
                                          gtaggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                             >  2:1377242/4‑101 (MQ=14)
                                          gTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                             <  2:4482800/101‑1 (MQ=14)
                                           tcggATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                            <  2:422186/99‑1 (MQ=255)
                                           taggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGtc                                                            >  2:6619653/3‑100 (MQ=14)
                                              gATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGa                                                         <  1:1781486/101‑1 (MQ=14)
                                              gATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGa                                                         <  2:6225555/101‑1 (MQ=14)
                                               cgcggtgggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                        <  1:6362794/99‑1 (MQ=255)
                                               atgcgtcggGTCGGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                        <  2:2145274/97‑1 (MQ=17)
                                                tcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtc                                                       <  2:891056/101‑1 (MQ=14)
                                                tcgggcggGTCGGTCGGCTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtc                                                       <  2:1849273/101‑1 (MQ=14)
                                                  cgtggggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                     >  1:6767013/5‑101 (MQ=255)
                                                   ggggggTCGGGGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGGCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggggctggt                                                    <  1:2067021/98‑7 (MQ=21)
                                                      gggTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtcgg                                                 >  2:7068862/1‑101 (MQ=17)
                                                       ggTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCggg                                                >  1:3689927/1‑101 (MQ=11)
                                                        ggccGTGGGCTCGGTCGGGTCCGTGGGCTCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGt                                               <  2:3128811/99‑1 (MQ=255)
                                                        gTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGt                                               >  1:5184274/1‑101 (MQ=11)
                                                        atCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCgggg                                               >  1:5680153/2‑100 (MQ=11)
                                                         gccGTCGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCAGTCTGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTc                                              <  2:4716094/100‑1 (MQ=14)
                                                          ccGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                             <  1:2675435/101‑1 (MQ=17)
                                                          ccGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGCCGGGTCCGCGGGAGCGGGCGGGGCCGGCGGAGCGGGCGGGTcc                                             >  2:6513523/1‑101 (MQ=9)
                                                           cGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCg                                            <  1:4670666/101‑1 (MQ=17)
                                                            gTGGGCTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                           <  2:2220263/101‑1 (MQ=17)
                                                             tGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                          >  1:400512/1‑101 (MQ=17)
                                                             tGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                          >  2:2637878/1‑101 (MQ=17)
                                                              gggATCGGGCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtag                                         <  1:1999863/101‑3 (MQ=17)
                                                              cggATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                         >  1:2464323/2‑101 (MQ=18)
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                                                                                                     |                                                                                                    
GGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATC.CGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGCCGCCGG  >  NC_014034/221966‑222166

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG