Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 221,967 G→A 22.5% D230D (GAC→GAT RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9670G→A22.5% 0.0 ‑1.3 ‑0.71358D230D (GAC→GATRCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (141/165):  ref base (524/527):  total (665/693)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 2.69e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 2.23e-01

Only 100 of 3247 total aligned reads displayed.

CGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGT.CGGGTCCGTAGGAT  >  NC_014034/221868‑222067
                                                                                                   |                                                                                                     
            cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgagtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                                          <  2:6764953‑M1/25‑1 (MQ=255)
             gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                         <  2:4740086‑M1/26‑1 (MQ=255)
             gAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcggg                                                                                         >  2:1399109/1‑100 (MQ=255)
              tggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtg                                                                                        <  1:2610547‑M1/27‑2 (MQ=255)
               gggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcg                                                                                       <  1:619526‑M1/28‑1 (MQ=255)
                 gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                                                     >  2:7657423‑M1/72‑101 (MQ=255)
                    tggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                                                                  >  1:5389757‑M1/69‑101 (MQ=255)
                     ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                                                                 <  1:243592‑M1/34‑1 (MQ=255)
                            gtggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                          <  2:8851364/101‑1 (MQ=255)
                            gccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                          >  2:5959420‑M1/61‑101 (MQ=255)
                            accgtgggatcggtccggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatc                                                                          >  2:156439‑M1/61‑101 (MQ=255)
                             ccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                         >  1:4076637‑M1/60‑101 (MQ=255)
                             ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtaggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                         <  2:7446042‑M1/42‑1 (MQ=255)
                               gtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggaacggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                       <  2:4450160‑M1/44‑1 (MQ=255)
                                tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtc                                                                      >  1:3645376‑M1/57‑101 (MQ=255)
                                 ggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                     <  1:5542199‑M1/46‑1 (MQ=255)
                                 gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcg                                                                     <  1:9029054‑M1/46‑1 (MQ=255)
                                   gatcggtcgggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                                   <  1:8360881‑M1/48‑2 (MQ=255)
                                    cGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAt                                                                  <  2:8221097/101‑1 (MQ=255)
                                    atcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGAt                                                                  <  1:2787113‑M1/49‑1 (MQ=255)
                                      cggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGCTcc                                                                <  1:2122663‑M1/51‑1 (MQ=255)
                                      ccggcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                >  1:177057‑M1/51‑101 (MQ=255)
                                       ggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                               <  1:377‑M1/52‑1 (MQ=255)
                                       ggtcgggtccgggggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                               >  1:7617856‑M1/50‑101 (MQ=255)
                                          cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGATCCGTgg                                                            <  2:2563929‑M1/55‑1 (MQ=255)
                                          cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                            <  1:6382127‑M1/55‑1 (MQ=255)
                                           gggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTGGGGTCCGTggg                                                           <  2:4621270‑M1/56‑1 (MQ=255)
                                              tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                        >  2:4859451‑M1/43‑101 (MQ=255)
                                              tCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGATCCGGGGGAtc                                                        >  2:905478/1‑101 (MQ=255)
                                                cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                      >  2:7876473‑M1/41‑101 (MQ=255)
                                                 gtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                     >  1:1326187‑M1/40‑101 (MQ=255)
                                                  tgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                    <  1:8705126‑M1/63‑1 (MQ=255)
                                                  ggggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                    >  1:4796827‑M1/39‑101 (MQ=255)
                                                   cTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                   >  1:42399/1‑101 (MQ=255)
                                                    ggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                  >  2:5484362‑M1/37‑101 (MQ=255)
                                                    ggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                  <  2:1892943‑M1/65‑1 (MQ=255)
                                                     ggatcgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCggg                                                 >  1:1476679‑M1/36‑101 (MQ=255)
                                                     gatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCggg                                                 >  1:7756872‑M1/36‑101 (MQ=255)
                                                     gatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGatcggtcgga                                                 <  2:6153892‑M1/66‑2 (MQ=255)
                                                        tggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                              >  1:3933001‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                                        cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                              >  1:3000604‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                                        cggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                              >  2:1211869‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                                         ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCg                                             <  2:3729100‑M1/70‑1 (MQ=255)
                                                            cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                          >  1:8522737‑M1/29‑101 (MQ=255)
                                                             ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGccgtcgg                                         <  2:4076522‑M1/74‑4 (MQ=255)
                                                             gcgcccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                         >  2:2217926‑M1/28‑101 (MQ=255)
                                                             gTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                         <  1:3166605/101‑1 (MQ=255)
                                                              ggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                        >  2:6477592‑M1/27‑101 (MQ=255)
                                                              gagccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                        >  1:7925816‑M1/27‑101 (MQ=255)
                                                               gtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                       <  2:6898370‑M1/76‑1 (MQ=255)
                                                               gtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGCTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGCGGgac                                       <  1:1974241‑M1/76‑2 (MQ=255)
                                                                gccgtgggatcgggcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCcgtggggtc                                      >  1:1155631‑M1/25‑98 (MQ=255)
                                                                 ctgtgggatcggttggggccgtgGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                     >  1:940601‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                                   gtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                   >  1:7429826‑M1/22‑101 (MQ=255)
                                                                    tgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                  <  1:6497124‑M1/81‑1 (MQ=255)
                                                                    ggggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                  >  1:4927874‑M1/21‑101 (MQ=255)
                                                                    cttccgatctGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                  <  1:1622490/92‑1 (MQ=1)
                                                                          gCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                            <  1:505920/101‑1 (MQ=255)
                                                                              ctggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTgg                        <  2:1730084/91‑1 (MQ=11)
                                                                              cggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCcgtcg                        <  2:580292‑M1/91‑3 (MQ=255)
                                                                               gggtcgggcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTcgg                       <  1:1000386/98‑1 (MQ=11)
                                                                                ggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                      <  2:5062073‑M1/93‑1 (MQ=255)
                                                                                 atccgggGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                     >  1:6949960‑M1/8‑101 (MQ=255)
                                                                                  tccgtgggttcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                    <  2:1035491/92‑1 (MQ=11)
                                                                                   cggtgggggcggtcggggccgtggggtcggtcgggtccgtcggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                   <  1:6852171/92‑1 (MQ=11)
                                                                                     gggggatcggtctggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                 <  2:3377287/98‑1 (MQ=14)
                                                                                      tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAacggt.c               >  1:7248512/3‑101 (MQ=11)
                                                                                      tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt.c               >  2:7077623‑M1/3‑101 (MQ=255)
                                                                                      tcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt.c               >  1:4702087/1‑101 (MQ=255)
                                                                                       gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTGGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGCTCGGTGGGATCGGTGGGCGCCGGGGGAtgtggcg               >  2:4269593/2‑95 (MQ=11)
                                                                                       gggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCCTGGGAtcggg.cg              >  2:8493712/2‑101 (MQ=11)
                                                                                       gggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt.cg              >  1:4536886/2‑101 (MQ=11)
                                                                                        ggagtggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgtgatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGAtcggt.cgg             <  1:8122320/96‑1 (MQ=11)
                                                                                        ggagcggtcgggtgcgtggggtcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggt.cgg             <  1:6014142/101‑1 (MQ=14)
                                                                                         gagcgggcgggtccgtgggagcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGT.Cggg            <  1:2298410/98‑1 (MQ=14)
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                                                                                            cggtggggtccgtgggagcggtcgggtccgtcggatCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGT.CGGGTcc         <  1:5249476/101‑1 (MQ=11)
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                                                                                                cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGT.CGGATCCGTgg     <  1:6675932‑M2/101‑3 (MQ=255)
                                                                                                cgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGGGATGCGTCGGGGCCGTGGGCTGGGTGCGGGGCCggg      >  2:2742116/1‑99 (MQ=2)
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                                                                                                   gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGT.CGGGTCCGTgggat  >  2:2071565‑M2/1‑96 (MQ=255)
                                                                                                   gtccgtgggatccgtcgggtcgggcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGT.CGGGTCCGTGGGAt  <  2:8674680/101‑1 (MQ=11)
                                                                                                   |                                                                                                     
CGACACCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGT.CGGGTCCGTAGGAT  >  NC_014034/221868‑222067

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 24 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 41 ≤  ATCG