Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 221,973 G→C 1.5% P228P (CCC→CCG)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9730G→C 1.5% 15.3 ‑0.9 0.01394P228P (CCC→CCG) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (9/14):  ref base (678/688):  total (688/706)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 4.02e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

Only 100 of 3590 total aligned reads displayed.

CCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCG  >  NC_014034/221873‑222073
                                                                                                    |                                                                                                    
  gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                                    <  1:3123738‑M1/20‑1 (MQ=255)
  gTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtggg                                                                                                    <  1:3249826/101‑1 (MQ=255)
   ggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcgggtccgggggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggc                                                                                                   <  1:343303‑M1/21‑2 (MQ=255)
   gatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggggccgtggga                                                                                                   <  1:5256633‑M1/21‑1 (MQ=255)
    gtcagtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                                                  >  2:6164152‑M1/80‑101 (MQ=255)
     gCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                                 >  1:2763196/1‑101 (MQ=255)
       cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccg                                                                                               >  2:2786039‑M1/77‑96 (MQ=255)
       cGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                                               >  2:4853158/1‑101 (MQ=255)
         tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtc                                                                                             >  1:3909593‑M1/75‑101 (MQ=255)
          gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                                            <  1:2392389‑M1/28‑1 (MQ=255)
          ggCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCggatcggtcgggtccgggggatcggtcg                                                                                            >  1:2241553/1‑101 (MQ=255)
            gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                                                          >  2:7657423‑M1/72‑101 (MQ=255)
               cggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatcc                                                                                       <  2:1778914‑M1/33‑1 (MQ=255)
                 gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggctcggtcgggtccgt                                                                                     <  1:7151682‑M1/35‑1 (MQ=255)
                       tccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                               >  1:2073462‑M1/61‑101 (MQ=255)
                        ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                              >  1:8310849‑M1/60‑101 (MQ=255)
                        ccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtaggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                              <  2:7446042‑M1/42‑1 (MQ=255)
                         ggtCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                             <  1:768105/101‑1 (MQ=255)
                          gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgggggatcggg                                                                            <  1:1308185‑M1/44‑2 (MQ=255)
                          gtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggaacggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                            <  2:4450160‑M1/44‑1 (MQ=255)
                          gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggataggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                            <  1:3742854‑M1/44‑1 (MQ=255)
                            gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcg                                                                          <  2:8058997‑M1/46‑4 (MQ=255)
                                  cGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                    >  2:6778899/1‑101 (MQ=255)
                                    tcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGgatccagc                                                                  >  2:7255492‑M1/48‑98 (MQ=255)
                                     cggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcagtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                                 <  1:6439048‑M1/55‑1 (MQ=255)
                                     cGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                                 >  1:6609464/1‑101 (MQ=255)
                                      gggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                <  1:783896‑M1/56‑1 (MQ=255)
                                      ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                                <  2:1091918‑M1/56‑1 (MQ=255)
                                       gatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                               <  1:8957189‑M1/57‑1 (MQ=255)
                                         tCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGATCCGGGGGAtc                                                             >  2:905478/1‑101 (MQ=255)
                                            gtgggctcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                          >  1:2567501‑M1/40‑101 (MQ=255)
                                            gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                          <  1:4065070‑M1/62‑1 (MQ=255)
                                              gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                        >  2:163829‑M1/38‑101 (MQ=255)
                                               ggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                       >  2:5484362‑M1/37‑101 (MQ=255)
                                                 gtcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGgatcggtcggat                                                     >  2:4736864‑M1/35‑99 (MQ=255)
                                                    ggtcgggtccgtggggtcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                  >  1:994672‑M1/32‑101 (MQ=255)
                                                    ggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                  >  1:1897022‑M1/32‑101 (MQ=255)
                                                    ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                  <  1:7017108‑M1/70‑1 (MQ=255)
                                                     gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGt                                                 <  2:3402703‑M1/71‑1 (MQ=255)
                                                     gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                 <  1:5902631‑M1/71‑1 (MQ=255)
                                                        gggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                              <  2:3737789‑M1/74‑1 (MQ=255)
                                                           tgcgtgggatgggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                           >  1:5423076‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                                           ggCGGCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                           <  2:7087825/101‑1 (MQ=255)
                                                            ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                          <  2:2610437‑M1/78‑1 (MQ=255)
                                                            ccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                          >  1:8186910‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                              ttgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                        >  2:4278012‑M1/22‑101 (MQ=255)
                                                               tgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                       >  1:1588754‑M1/21‑101 (MQ=255)
                                                               tCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                       >  1:1457843/1‑101 (MQ=255)
                                                                 ggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                     >  1:5573400‑M1/19‑101 (MQ=255)
                                                                 ggATGCTTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGTTCTGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcag                                     >  2:5959744/1‑99 (MQ=17)
                                                                      cGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                <  2:212049/101‑1 (MQ=255)
                                                                          gggtcgggcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTcgg                            <  1:1000386/98‑1 (MQ=11)
                                                                           ggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                           <  2:5062073‑M1/93‑1 (MQ=255)
                                                                            atcggtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTCGGAt                          >  2:6313434/2‑101 (MQ=11)
                                                                              ccgtgTGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATccgtggggtcc                        >  2:4094559‑M1/6‑97 (MQ=255)
                                                                               cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGCTCCGTGGGATCGGCCGCGCCCGAGGGAccgg                       >  2:649216/5‑101 (MQ=11)
                                                                                gtgggatcggtcggctccgtgggatcggtcggccccgtgGGATCGGGCGGGTCCGCGGGATCGGTCGGGCCCGCGGGGTCCGTCGGCCCCGCGCGAtcggc                      >  1:2964080/4‑100 (MQ=0)
                                                                                gtgggatcgggcggggccgtgggatcgggcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGtccgt                      <  1:6082776/98‑1 (MQ=11)
                                                                                gtcggATCGGTCGGGCCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggt                      <  2:5305144/101‑1 (MQ=14)
                                                                                 tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGAtccggc                     >  2:5822489/3‑97 (MQ=11)
                                                                                 tcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                     <  1:4522258/101‑1 (MQ=255)
                                                                                  gggatcggtcgggcccgggggatccgtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                    <  2:8343452/100‑1 (MQ=14)
                                                                                  gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCggatccgtggggtccgtgg                    >  1:7284321‑M1/2‑93 (MQ=255)
                                                                                  cggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                    >  1:1730137/1‑101 (MQ=255)
                                                                                   ggagcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                   <  1:4386916/101‑1 (MQ=14)
                                                                                    gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGACggg                  >  1:5706744/1‑101 (MQ=11)
                                                                                    gatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtacggcggg                  >  2:8485001/1‑93 (MQ=11)
                                                                                      tcggtcgggtcggtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtgggatc                >  2:8828219‑M2/1‑87 (MQ=255)
                                                                                      tcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtgggatc                <  1:359982‑M2/101‑15 (MQ=255)
                                                                                      tcggtcggatgcatgggaacggtggggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc                <  1:9098408/101‑1 (MQ=1)
                                                                                      gtcgtggcgtccttgggattggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                <  2:8194910/93‑1 (MQ=11)
                                                                                      gcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc                <  2:8658431/100‑1 (MQ=11)
                                                                                       gcgtccttcccgtgcgctcggtcgggtccgtggggtccgtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc               <  2:6639170/92‑1 (MQ=11)
                                                                                       cggtcgggtccgtgggatcggtcggggccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc               <  1:6267570/101‑1 (MQ=14)
                                                                                       cggtagggtccgtgggatcgggcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTTGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc               <  1:8447151/101‑1 (MQ=11)
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                                                                                         gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGGGCGGTCGGATcggc             >  1:4917920/1‑98 (MQ=11)
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                                                                                                   tgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtc   <  2:5626190‑M2/101‑11 (MQ=255)
                                                                                                    gggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcg  <  2:7846932‑M2/101‑12 (MQ=255)
                                                                                                    gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcg  <  1:4785159‑M2/101‑12 (MQ=255)
                                                                                                    gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtgggatcggtggggtccgtgg  <  2:1467460‑M2/101‑29 (MQ=255)
                                                                                                    |                                                                                                    
CCGTCGCCGAGGCTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCG  >  NC_014034/221873‑222073

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG