Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 221,985 G→A 12.3% D224D (GAC→GAT RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9850G→A12.3% 0.0 ‑0.1 0.01412D224D (GAC→GATRCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (86/88):  ref base (616/621):  total (702/710)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 9.36e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

Only 100 of 3860 total aligned reads displayed.

CTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGT  >  NC_014034/221885‑222085
                                                                                                    |                                                                                                    
 atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggt                                                                                                     <  2:1426092‑M1/31‑1 (MQ=255)
    ggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccg                                                                                                  <  1:4537869‑M1/34‑1 (MQ=255)
         ggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtggga                                                                                             <  2:7705819‑M1/39‑1 (MQ=255)
          gtccgtggggtcggtcggacccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                                                                            >  2:5676746‑M1/62‑101 (MQ=255)
            ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                          <  1:7749687‑M1/42‑1 (MQ=255)
             cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcgg                                                                                         >  2:6682196‑M1/59‑101 (MQ=255)
             cgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                                         <  1:8883103‑M1/43‑1 (MQ=255)
              gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgggggatcggg                                                                                        <  1:1308185‑M1/44‑2 (MQ=255)
               tCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGGCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGGCgggtccctgggatcggtcgggtccctgggatcggtc                                                                                       >  2:808754/1‑101 (MQ=38)
                gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                                      <  1:4079700‑M1/46‑1 (MQ=255)
                  gCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGa                                                                                    <  2:1739347/101‑1 (MQ=255)
                     tCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                                 <  1:3636036/101‑1 (MQ=255)
                     cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATcc                                                                                 <  1:9617‑M1/51‑1 (MQ=255)
                         cggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGACCGTgg                                                                             <  2:6970844‑M1/55‑1 (MQ=255)
                          ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                            <  2:8515225‑M1/56‑1 (MQ=255)
                           ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                                           <  1:6346633‑M1/57‑1 (MQ=255)
                            atccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                          <  2:5557295‑M1/58‑1 (MQ=255)
                                cgcTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                      <  2:3665171/101‑1 (MQ=255)
                                 ggggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                     >  1:2610519‑M1/39‑101 (MQ=255)
                                 ggggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                     >  1:4796827‑M1/39‑101 (MQ=255)
                                  gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                    >  2:7528174‑M1/38‑101 (MQ=255)
                                  gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                    <  2:5230051‑M1/64‑1 (MQ=255)
                                  gggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                    <  1:3928875‑M1/64‑1 (MQ=255)
                                  cTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                    >  1:42399/1‑101 (MQ=255)
                                       cgggcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                               >  1:8556744‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                       cGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                               >  2:6204884/1‑101 (MQ=255)
                                        ggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                              >  2:1900838‑M1/32‑101 (MQ=255)
                                        ggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                              >  1:1897022‑M1/32‑101 (MQ=255)
                                         gtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                                             >  2:6846145‑M1/31‑101 (MQ=255)
                                           gggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                           <  1:2423164‑M1/73‑1 (MQ=255)
                                           cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                           >  2:6549649‑M1/29‑101 (MQ=255)
                                            gTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                          >  1:174172/1‑101 (MQ=255)
                                             gagccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                         >  1:7925816‑M1/27‑101 (MQ=255)
                                               ggCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                       <  2:2241486/101‑1 (MQ=255)
                                                  gtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                    <  1:1137202‑M1/80‑1 (MQ=255)
                                                   tCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                   >  1:1457843/1‑101 (MQ=255)
                                                    gggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                  <  1:1580580‑M1/82‑1 (MQ=255)
                                                       aTGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAt                                               >  1:905254/1‑101 (MQ=255)
                                                        tccGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                              >  1:5301009/3‑101 (MQ=11)
                                                            tcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTg                                          >  1:2999961‑M1/12‑101 (MQ=255)
                                                              gggtcgggcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTcgg                                        <  1:1000386/98‑1 (MQ=11)
                                                              gggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                        >  1:3462997‑M1/10‑101 (MQ=255)
                                                                gtccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGCCGGAt                                      >  1:8371923/5‑101 (MQ=11)
                                                                ggcggtcggCTCGGTGGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                      <  1:6925060/99‑1 (MQ=14)
                                                                 tccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                     >  1:3140366‑M1/7‑101 (MQ=255)
                                                                  ccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                    <  1:649226/93‑1 (MQ=11)
                                                                  ccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTCGGAtcg                                    >  2:5881279/3‑101 (MQ=11)
                                                                    gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGCTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                  >  1:2071259/4‑101 (MQ=11)
                                                                    gggGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                  <  1:5476806‑M1/98‑1 (MQ=255)
                                                                     tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGGGGGGTCGGTCGGGTCGGGGGGATGGGTGGGGTCGGGGGGGtcgtcg                                 >  2:2931925/3‑98 (MQ=2)
                                                                      gggatgggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                <  1:8119276/100‑1 (MQ=14)
                                                                         gtcggtggggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtgggat                             >  2:7280301‑M2/2‑88 (MQ=255)
                                                                          tcggtcgggtcggtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtgggatc                            >  2:8828219‑M2/1‑87 (MQ=255)
                                                                           cggtgggctccgtgggatccgtcgggtccgtgggatCGGTCGGCTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                           <  2:8360401/101‑1 (MQ=11)
                                                                           cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTACGTGGGATGGGTCGGGTcg                           >  2:9031388/1‑100 (MQ=11)
                                                                           cggtcgggtccgtgggatcgatcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGTTcc                           <  1:7231559/101‑1 (MQ=14)
                                                                            ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                          >  1:6658475/1‑101 (MQ=11)
                                                                            ggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatcGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                          <  2:207306/101‑1 (MQ=11)
                                                                             gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccGTCGGCTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                         >  1:2243798/1‑101 (MQ=11)
                                                                              tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGtg                        <  2:4531272/101‑2 (MQ=11)
                                                                              tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtg                        >  2:106426/1‑100 (MQ=14)
                                                                               cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                       <  2:4998325‑M2/101‑3 (MQ=255)
                                                                               cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGGCCGTCGGATCCGtgg                       >  2:2733347/1‑99 (MQ=11)
                                                                               cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGtgg                       >  2:1588707/1‑99 (MQ=11)
                                                                                gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGACCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCTCGGTCGGGGCCgacat                      >  1:8721441/1‑97 (MQ=11)
                                                                                gggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGACCGGTCGGGGCCGTGgg                      >  1:3280583/1‑101 (MQ=11)
                                                                                gggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGACCGTGGGATCGGGCGGGTGCggggg                      >  2:4808635/1‑97 (MQ=11)
                                                                                 ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggg                     <  1:4936815‑M2/101‑5 (MQ=255)
                                                                                 ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtgggatcggtcggg                     <  2:4712279‑M2/101‑22 (MQ=255)
                                                                                 gatccgtgggatcggtcgggtccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGa                     <  2:4187859/99‑1 (MQ=14)
                                                                                  gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGAt                    >  2:3140267/1‑101 (MQ=11)
                                                                                  gtccgtgggatcgggcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                    <  1:6788038/101‑1 (MQ=14)
                                                                                  gtccgtgggatccgtcgggtcgggcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                    <  2:8674680/101‑1 (MQ=11)
                                                                                  gtccggtggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                    <  2:3306793/101‑1 (MQ=14)
                                                                                  atccgtgggatcggtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAt                    <  1:4698205/100‑1 (MQ=11)
                                                                                   tccgtggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCgggggctg                   >  2:2567428/1‑94 (MQ=11)
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                                                                                                    |                                                                                                    
CTTCGGTGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGT  >  NC_014034/221885‑222085

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 41 ≤  ATCG