Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 221,991 G→C 4.2% P222P (CCC→CCG)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9910G→C 4.2% 87.9 ‑1.0 0.01418P222P (CCC→CCG) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (36/28):  ref base (673/681):  total (709/709)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 3.71e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

Only 100 of 3980 total aligned reads displayed.

TGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGG  >  NC_014034/221891‑222091
                                                                                                    |                                                                                                    
tcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtg                                                                                                      <  1:5000737‑M1/36‑1 (MQ=255)
  gtggtggGCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggg                                                                                                    <  2:6570707/100‑1 (MQ=255)
    gtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggat                                                                                                  <  1:3306897‑M1/40‑1 (MQ=255)
      ccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                                <  1:2256651‑M1/42‑1 (MQ=255)
      ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcg                                                                                                <  2:2616825‑M1/42‑1 (MQ=255)
      ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                                >  2:2003603‑M1/60‑101 (MQ=255)
      ccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                                >  2:6221193‑M1/60‑101 (MQ=255)
        gtgggatcggtcgggtccgtgggatctgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                              >  2:6415177‑M1/58‑101 (MQ=255)
        gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                                                                              <  1:4727809‑M1/44‑1 (MQ=255)
        gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgagggatcggt                                                                                              <  2:1792542‑M1/44‑1 (MQ=255)
         tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtc                                                                                             <  2:1302937‑M1/45‑1 (MQ=255)
         tgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                                                             >  1:897129‑M1/57‑101 (MQ=255)
           gggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                                           <  1:7643819‑M1/47‑1 (MQ=255)
                     gatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGa                                                                                 <  2:5667212‑M1/57‑1 (MQ=255)
                      gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGgac                                                                                <  1:1138735‑M1/58‑2 (MQ=255)
                       tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCcgtggggtc                                                                               >  2:4406732‑M1/43‑98 (MQ=255)
                        ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                              <  2:6059692‑M1/60‑1 (MQ=255)
                          gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGgatcgag                                                                            <  1:1310408‑M1/62‑3 (MQ=255)
                            gggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                          <  1:696763‑M1/64‑1 (MQ=255)
                             ggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                         <  1:6032070‑M1/65‑1 (MQ=255)
                              gatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGatcggtcgga                                                                        <  2:8230002‑M1/66‑2 (MQ=255)
                               atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGgatcggtcggat                                                                       <  1:209721‑M1/67‑3 (MQ=255)
                                tcggttgggtccgtgggatcggtcggggccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                      >  2:2787031‑M1/34‑101 (MQ=255)
                                 cggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                     >  1:5535244‑M1/33‑101 (MQ=255)
                                 cGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                     <  1:8162246/101‑1 (MQ=255)
                                       gatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGtgggg                                                               <  2:7284017‑M1/75‑2 (MQ=255)
                                        gtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGgac                                                              <  1:5850923‑M1/76‑2 (MQ=255)
                                         tccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                             >  1:1741193‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                         tccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                             >  1:5171903‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                           cgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                           >  1:4422845‑M1/23‑101 (MQ=255)
                                            gtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                          >  2:1001818‑M1/22‑101 (MQ=255)
                                             tCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                         >  1:1457843/1‑101 (MQ=255)
                                             tCGGATGCGTGGGCTCGGCCGGATCTGTCGGGTCCGTGGGAACGGTCGGGTCCGTGGGATAGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                         >  1:7474815/1‑101 (MQ=18)
                                              gggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                        <  1:5640369‑M1/82‑1 (MQ=255)
                                                   cggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                   <  2:3009151‑M1/87‑1 (MQ=255)
                                                    ggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                  >  2:422892‑M1/14‑101 (MQ=255)
                                                       gggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtcg                                               >  1:2817812/1‑99 (MQ=1)
                                                        gggtcgggcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTcgg                                              <  1:1000386/98‑1 (MQ=11)
                                                        gggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                              <  1:2618487‑M1/92‑1 (MQ=255)
                                                        gggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                              >  1:2424648‑M1/10‑101 (MQ=255)
                                                           gccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                           >  2:69858‑M1/7‑101 (MQ=255)
                                                            tcttgggatcggtcgggtgcgtgggaccggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCTTGGGAtcg                                          <  2:1650374/96‑1 (MQ=11)
                                                            cggtgggggcggtcggggccgtggggtcggtcgggtccgtcggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                          <  1:6852171/92‑1 (MQ=11)
                                                            ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGACCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAacg                                          >  1:4278904/6‑101 (MQ=11)
                                                            ccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTCGGAtcg                                          >  2:5881279/3‑101 (MQ=11)
                                                               tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtggggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                       <  1:6222888/99‑1 (MQ=14)
                                                               tgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGgatccgtgggggccggg                                       <  1:1907723‑M1/99‑8 (MQ=255)
                                                               gtgcatcggtcgggtccgtggggcccgtcgggtccgtgggATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                       <  2:4806484/97‑1 (MQ=11)
                                                               ggGGATGGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                       >  1:3502686‑M1/3‑101 (MQ=255)
                                                                gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGATCCGTGAGATCGGTCGGGTCCGTGGGAACGGTCGGATCCGTGgggtccgtgg                                      <  2:3550143‑M2/100‑11 (MQ=255)
                                                                 ggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgGCATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                     <  1:6686936/101‑1 (MQ=11)
                                                                 ggagcggtgggatccgtgggatcggtcggatccgtaGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                     <  2:5362459/101‑1 (MQ=11)
                                                                   gtcggtcgggtccgtggggtccgtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtccgtcggat                                   <  2:4557345/100‑3 (MQ=11)
                                                                   gtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcggat                                   <  1:3824268/100‑3 (MQ=14)
                                                                   gtcgggcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcggat                                   <  1:7127631/100‑3 (MQ=14)
                                                                   ctgaggcgggtgcgttggatcggtccggtccgtgggctcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGt                                   <  2:8082678/95‑1 (MQ=11)
                                                                    tcggtcgggtcggtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtgggatc                                  >  2:8828219‑M2/1‑87 (MQ=255)
                                                                     cggtgggctccgtgggatccgtcgggtccgtgggatCGGTCGGCTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                 <  2:8360401/101‑1 (MQ=11)
                                                                     cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                 >  2:2294936/1‑101 (MQ=14)
                                                                      ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGCCGGGTCCGAGGGATCGGTCGGGTACg                                >  2:2455464/1‑101 (MQ=11)
                                                                      ggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                >  1:4840461/1‑101 (MQ=11)
                                                                       gtcggatccgtggggtccgtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                               >  2:7709590/1‑101 (MQ=11)
                                                                        tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                              >  2:6691069‑M2/1‑100 (MQ=255)
                                                                        tcgggtccggggggtcggtcgggtccgcgggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtg                              <  1:8049318/101‑2 (MQ=14)
                                                                         cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCggggcggtgg                             >  2:6858656/1‑94 (MQ=11)
                                                                         cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCgcgg                             >  2:7143626/1‑98 (MQ=11)
                                                                          gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGAGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGgg                            >  1:9114477/1‑101 (MQ=14)
                                                                           ggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcgGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                           >  2:4712492/1‑101 (MQ=11)
                                                                           gatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATAGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGATCCGTCGGGACCGTGGGa                           >  1:3677461/3‑101 (MQ=14)
                                                                            gtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcggACCCGTGGCATCGGTCGGACCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                          <  2:5541513/101‑1 (MQ=11)
                                                                            gtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggat                          <  1:3025254‑M2/101‑6 (MQ=255)
                                                                             tccgtgggttctgtcgggtccgtcgggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                         <  2:1138717/101‑1 (MQ=11)
                                                                             tccgtggggtcggtggggccgggggggtcggtcggGTCCGGGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                         <  1:6398114/101‑1 (MQ=11)
                                                                             tccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtgggatcggtcgggtc                         >  1:8647475‑M2/1‑78 (MQ=255)
                                                                              ccgtggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTGGGGtcg                        >  2:406264/1‑101 (MQ=11)
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                                                                                                    |                                                                                                    
TGTTGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGG  >  NC_014034/221891‑222091

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 16 ≤  ATCG  < 24 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 41 ≤  ATCG