Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 221,994 A→G 14.4% D221D (GAT→GAC)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034221,9940A→G14.4% 0.0 ‑3.4 ‑1.61591D221D (GAT→GAC) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (104/128):  ref base (715/644):  total (819/772)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 3.29e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 2.63e-02

Only 100 of 4027 total aligned reads displayed.

TGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAT  >  NC_014034/221894‑222094
                                                                                                    |                                                                                                    
ggtccctgggctcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggga                                                                                                      >  2:2623599‑M1/63‑101 (MQ=255)
  tccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                                                                    >  1:1452097‑M1/61‑101 (MQ=255)
   ccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                                   <  1:7818237‑M1/42‑1 (MQ=255)
   ccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatcg                                                                                                   >  2:6221193‑M1/60‑101 (MQ=255)
    cgtgggatcggttggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                                                  <  1:6538060‑M1/43‑1 (MQ=255)
    cgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                                                                                  <  1:6852172‑M1/43‑1 (MQ=255)
        ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                                              >  2:3868987‑M1/55‑101 (MQ=255)
          cGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAt                                                                                            <  2:8221097/101‑1 (MQ=255)
          atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAt                                                                                            <  1:8650421‑M1/49‑1 (MQ=255)
              gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGt                                                                                        <  2:6050377‑M1/53‑1 (MQ=255)
              gtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCcgg                                                                                        <  2:1008721‑M1/53‑2 (MQ=255)
               tcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                                                       >  2:655194‑M1/48‑101 (MQ=255)
                 gggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                                                     <  1:4987413‑M1/56‑1 (MQ=255)
                 ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                                     <  2:8515225‑M1/56‑1 (MQ=255)
                 ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggg                                                                                     >  1:2428256‑M1/46‑101 (MQ=255)
                   gtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGgac                                                                                   <  1:1138735‑M1/58‑2 (MQ=255)
                       gtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGgatcgag                                                                               <  1:1310408‑M1/62‑3 (MQ=255)
                           gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCggg                                                                           >  1:8322769‑M1/36‑101 (MQ=255)
                            gtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGgatcggtcggat                                                                          >  1:3789478‑M1/35‑99 (MQ=255)
                            gtcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGt                                                                          >  1:6224975‑M1/35‑101 (MQ=255)
                              tggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                        >  1:3933001‑M1/33‑101 (MQ=255)
                              cggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                        >  1:6973772‑M1/33‑101 (MQ=255)
                              cGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                        >  2:1175358/1‑101 (MQ=255)
                                    ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                  >  1:6050614‑M1/27‑101 (MQ=255)
                                    gatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGtgggg                                                                  <  2:7284017‑M1/75‑2 (MQ=255)
                                     gtccgtgggatcggtcgggtgcgtgGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                 >  1:3295990‑M1/26‑101 (MQ=255)
                                      tccgtgggatcggtcgtgtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                >  2:565208‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                      tccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                >  1:5171903‑M1/25‑101 (MQ=255)
                                       tcgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                               >  1:5537284‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                       ccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                               >  1:8186910‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                       ccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                               >  1:6697488‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                         gTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                             <  2:7524439/101‑1 (MQ=255)
                                          tgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGatcggtg                                                            <  2:5220278‑M1/81‑2 (MQ=255)
                                          tgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                            >  1:1588754‑M1/21‑101 (MQ=255)
                                           gggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGCCGGGTCCGTGGGAtcggtcg                                                           <  2:8816303‑M1/82‑1 (MQ=255)
                                            ggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtccgtcgg                                                          >  1:7278780‑M1/19‑101 (MQ=255)
                                                    gggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtcg                                                  >  1:317019/1‑99 (MQ=1)
                                                    cggttccgtcggATCCGTCGGGGCCGTTGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGCTCGGGTCCGTgg                                                  <  2:6690186/94‑1 (MQ=11)
                                                    cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                  >  1:7657677/11‑101 (MQ=11)
                                                     gggtcgggcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTcgg                                                 <  1:1000386/98‑1 (MQ=11)
                                                     gggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                 <  1:2618487‑M1/92‑1 (MQ=255)
                                                      ggtgcgtggtatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGa                                                <  1:3660476/91‑1 (MQ=11)
                                                      ggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                <  1:4717287‑M1/93‑1 (MQ=255)
                                                       gtcggtcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAt                                               <  2:5844809/100‑1 (MQ=11)
                                                       atccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                               <  2:7696939‑M1/94‑1 (MQ=255)
                                                        tccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                              >  1:4826645‑M1/7‑101 (MQ=255)
                                                         gctgcggAGCGGTCGGGTGCGGTGGATCTGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                             <  2:4799372/97‑1 (MQ=11)
                                                           gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGGGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggc                                           >  2:7146538/4‑100 (MQ=11)
                                                           gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAgcggg                                           >  1:7485141/4‑100 (MQ=11)
                                                           gtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                           <  2:4391343/101‑1 (MQ=255)
                                                           gtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGCTCGGGTCCGCCGGAtcgcg                                           >  1:3497310/1‑99 (MQ=14)
                                                             gggatcggtcgggcccgggggatccgtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                         <  2:8343452/100‑1 (MQ=14)
                                                               gctgggttgggtcggtgggatcggtcgggtccgtgttatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCggg                                       <  1:4244639/97‑1 (MQ=11)
                                                                atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGt                                      <  2:5540009/101‑1 (MQ=11)
                                                                 tcggtcgggtccgtgggatcggtggggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                     <  1:1749269/101‑1 (MQ=11)
                                                                  cgttcggatccgtgggaccggtcgggtgcgtgggatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                    <  2:4039462/98‑1 (MQ=11)
                                                                  cggtcgggtccgtgggatcgatcgggtccgtcggatCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTcc                                    <  1:5640686/101‑1 (MQ=11)
                                                                  cggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                    <  2:8068186/101‑1 (MQ=11)
                                                                  cgctcgcgttcgtgggagcggtcgggtccgtgggatcggTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                    <  2:1513160/98‑1 (MQ=11)
                                                                  ccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                    <  2:3549206/99‑1 (MQ=14)
                                                                   ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGCTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                   >  1:2811041/1‑101 (MQ=14)
                                                                      cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGGGATCCGTCGGGCCCGTGGGACCGGTCGGGTCCgcgg                                >  1:8802357/1‑98 (MQ=11)
                                                                       gggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                               <  1:4094674‑M2/101‑4 (MQ=255)
                                                                       gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGTTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGgg                               <  2:1330968/101‑1 (MQ=11)
                                                                       ggatccgtggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGACGGATCGGTCGGGGCCGTGgg                               >  2:3365856/4‑101 (MQ=11)
                                                                        ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGCGGGATCGGTCGGGTCCGTggga                              <  1:8052218‑M2/101‑5 (MQ=255)
                                                                        ggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtgggatcggtcggg                              <  2:4712279‑M2/101‑22 (MQ=255)
                                                                        ggtccgtgggagcggtcgggtccgtgggatcggtcgGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggga                              >  2:5355430‑M2/1‑97 (MQ=255)
                                                                         gtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggat                             <  1:3025254‑M2/101‑6 (MQ=255)
                                                                         gtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggat                             <  2:6864620‑M2/101‑6 (MQ=255)
                                                                         gtccgtgggatccgtcgggtcgggcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                             <  2:8674680/101‑1 (MQ=11)
                                                                          tccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatc                            >  1:6401800‑M2/1‑95 (MQ=255)
                                                                          tccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatc                            <  1:9143757‑M2/101‑7 (MQ=255)
                                                                          tccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatc                            <  2:2170436‑M2/101‑7 (MQ=255)
                                                                          tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGCCGGGTCCGTGGGACCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatc                            <  1:7137609‑M2/101‑7 (MQ=255)
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                                                                                                    atcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAt  >  2:30514/1‑101 (MQ=14)
                                                                                                    |                                                                                                    
TGGTGGTCAGCGTCGCCGGATCGCGCTCATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAT  >  NC_014034/221894‑222094

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 41 ≤  ATCG