Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,021 G→A 23.9% D212D (GAC→GAT)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0210G→A23.9% 0.0 ‑0.1 0.03963D212D (GAC→GAT) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (437/512):  ref base (1394/1614):  total (1833/2130)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 8.81e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

Only 100 of 4588 total aligned reads displayed.

CATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGT  >  NC_014034/221921‑222121
                                                                                                    |                                                                                                    
  tccgatctgtgCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                                                    <  1:9099108/91‑1 (MQ=11)
   tggtgggatccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                                                                   >  1:3933001‑M1/33‑101 (MQ=255)
      cGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                                                                >  1:5889622/1‑101 (MQ=255)
        ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTggg                                                                                              <  1:6074630‑M1/11‑1 (MQ=255)
        ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTggg                                                                                              >  1:6256852‑M1/91‑101 (MQ=255)
          gtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                                            >  2:7503517‑M1/26‑101 (MQ=255)
          gtccgtgggatcggtcgggtccgtcGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                                            >  2:114502‑M1/26‑101 (MQ=255)
           tcggtggggtccgtgggatcgttcgggtccatgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGAtc                                                                                           >  1:99925‑M1/88‑101 (MQ=255)
            ccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                                          >  2:2275088‑M1/24‑101 (MQ=255)
            ccgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                                          <  1:5385901‑M1/78‑1 (MQ=255)
             cgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                                                         >  2:768692‑M1/23‑101 (MQ=255)
             cgtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                                                         <  1:2414826‑M1/79‑1 (MQ=255)
              gtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                                        <  1:1137202‑M1/80‑1 (MQ=255)
              gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                                        <  1:4286814‑M1/17‑1 (MQ=255)
                 ggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                     <  1:7140994‑M1/83‑1 (MQ=255)
                 ggATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                     >  2:4664734/1‑101 (MQ=255)
                    tGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                                                  <  2:3657783/101‑1 (MQ=255)
                     cggtcgggtccgttGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                                 >  1:5041524‑M1/15‑101 (MQ=255)
                     cggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGTATcc                                                                                 >  2:243589‑M1/15‑101 (MQ=255)
                      ggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCg                                                                                <  2:3305939‑M1/88‑1 (MQ=255)
                         cgggtcggtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTgg                                                                             <  1:2087993/97‑1 (MQ=11)
                          gggtcgggcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTcgg                                                                            <  1:1000386/98‑1 (MQ=11)
                            gtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                          <  1:8601137‑M1/94‑1 (MQ=255)
                            cTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggt                                                                          <  1:8152441‑M2/101‑5 (MQ=255)
                            cTCGGTCGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                          <  2:8848447/101‑1 (MQ=255)
                             tcggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                         <  1:6702639/101‑1 (MQ=255)
                             tccgtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                         <  2:4503783/98‑1 (MQ=11)
                               ggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                                       >  2:4126883/1‑101 (MQ=255)
                               cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGTTCCGTGGGAtcgg                                                                       >  2:4927714/5‑101 (MQ=11)
                                gtcggATGGGTCGGGTCCGGGGGAGCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggt                                                                      <  1:8014452/101‑1 (MQ=11)
                                gtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggg                                                                      >  2:8499025/1‑100 (MQ=14)
                                 tgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                     <  2:6367588‑M1/99‑1 (MQ=255)
                                  gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGCGTCCGTGGGAtaggtcg                                                                    >  2:1803542/2‑101 (MQ=11)
                                  gggatcggtcgggcccgggggatccgtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                    <  2:8343452/100‑1 (MQ=14)
                                  gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCggatccgtggggtccgtgg                                                                    >  1:7284321‑M1/2‑93 (MQ=255)
                                  gGGATAGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCggatccgtggggtccgtgg                                                                    <  2:5995903‑M1/100‑9 (MQ=255)
                                  cggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                    >  1:1314869/1‑101 (MQ=255)
                                   ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGCGGGAgcggtggg                                                                   >  2:6973487/1‑101 (MQ=11)
                                   ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGACGGGTGCGGGGGAtggagagg                                                                   >  2:8048978/1‑94 (MQ=11)
                                    ggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCGGTGGGGTCCGGTGGATCGGTCggg                                                                  >  2:5170382/6‑101 (MQ=11)
                                    gatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcgGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCggg                                                                  <  2:5486152/101‑1 (MQ=11)
                                     gtcggtggggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtgggat                                                                 >  2:7280301‑M2/2‑88 (MQ=255)
                                     gtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtgggat                                                                 >  2:5314052‑M2/2‑88 (MQ=255)
                                     atcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtcgtac                                                                 >  2:200545/1‑98 (MQ=14)
                                      tcggtcgggtcggtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                <  1:3124211/101‑1 (MQ=11)
                                      tcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                                >  1:5234429/1‑101 (MQ=11)
                                       cggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                               <  1:2568705/101‑1 (MQ=11)
                                         gtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatccGTCGGCGCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGGGACCGGTCGGCTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                             <  2:4344481/101‑1 (MQ=14)
                                         gtcggggccgtggggtccgtcggatccgtgggatcgGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGt                                                             <  1:5650767/101‑1 (MQ=11)
                                          gcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                            >  1:7818262‑M2/2‑100 (MQ=255)
                                           cggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtgg                                                           >  2:130175/1‑99 (MQ=11)
                                            gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGAGCCGTGgg                                                          >  2:3497458/1‑101 (MQ=11)
                                            gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtgggatcggtcgg                                                          <  2:6203430‑M2/101‑21 (MQ=255)
                                            gggtccgtgggatcggtcggggccgtcggatcggtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgg                                                          <  1:7489547/101‑1 (MQ=14)
                                                ccgtgggctcgggcgggtccgtggggtgcgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                      <  1:8949092/101‑1 (MQ=14)
                                                ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggggtcc                                                      >  1:6991792‑M2/1‑94 (MQ=255)
                                                 ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGAtcgg                                                     <  2:2148843‑M1/52‑1 (MQ=255)
                                                 cgtgggagcggtcgggtccgtgggagcggtcggGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                     <  1:484919/101‑1 (MQ=14)
                                                  tggggatcggtcggctccgtgggatcggtcgggtCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggt                                                    >  2:4790625‑M2/3‑92 (MQ=255)
                                                  gtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggc                                                    <  1:2970974‑M2/101‑10 (MQ=255)
                                                  gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGCGGGATCGGTCGGCTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGggcacggc                                                    >  2:5818661/1‑95 (MQ=11)
                                                    gggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcg                                                  <  1:655204‑M2/101‑12 (MQ=255)
                                                    gggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcg                                                  <  2:7846932‑M2/101‑12 (MQ=255)
                                                    gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtgggatcggtggggtccgtgg                                                  <  2:1467460‑M2/101‑29 (MQ=255)
                                                    cggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGAtcggtcg                                                  <  2:6850457‑M1/55‑1 (MQ=255)
                                                       gtccgtcggatcggtggggtccgtcggATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggt                                               <  2:300059/97‑1 (MQ=11)
                                                        tcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                              >  2:7138644‑M2/1‑69 (MQ=255)
                                                         gggtcgggttcgggagagcggttggGTTGTTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCAGGCGGGTCCGTGGGCTTGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtcc                                             <  1:4581209/100‑1 (MQ=2)
                                                         cggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtcc                                             >  2:9047989‑M2/1‑85 (MQ=255)
                                                             cgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgg                                         <  1:175062‑M2/101‑21 (MQ=255)
                                                             cggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcg                                         <  1:2753261/101‑1 (MQ=255)
                                                             cggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcg                                         <  2:3826416/101‑1 (MQ=11)
                                                              gggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtggg                                        <  1:1471977‑M2/101‑22 (MQ=255)
                                                              gggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGGTCGgtcgggtcgggggg                                        >  2:6677953/1‑95 (MQ=11)
                                                               ggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtgggatccgtgggg                                       <  1:3613537‑M2/101‑23 (MQ=255)
                                                                  ccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtggggtcc                                    <  1:5547964‑M2/101‑26 (MQ=255)
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                                                                                                    |                                                                                                    
CATCGACGGTGGGCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGT  >  NC_014034/221921‑222121

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 16 ≤  ATCG  < 24 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG