Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,033 G→C 5.8% T208T (ACC→ACG)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0330G→C 5.8% 0.0 ‑2.9 ‑0.83658T208T (ACC→ACG) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (77/146):  ref base (1408/2021):  total (1489/2169)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 5.75e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.47e-01

Only 100 of 4654 total aligned reads displayed.

GCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGG  >  NC_014034/221933‑222133
                                                                                                    |                                                                                                    
 cgtgggatgggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                                                                     >  1:293745‑M1/23‑101 (MQ=255)
  gtgggatcggtcggatccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                                                                    >  1:7776423‑M1/22‑101 (MQ=255)
   tgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGatcggta                                                                                                   <  1:4278126‑M1/81‑2 (MQ=255)
   tgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                                                   >  1:8537948‑M1/21‑101 (MQ=255)
   tgggagcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                                                   >  1:3244800‑M1/21‑101 (MQ=255)
    gggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                                                  >  1:8393436‑M1/20‑101 (MQ=255)
       aTGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAt                                                                                               >  2:6862511/1‑101 (MQ=255)
          ggTGGGCTCGGGGGGATCGGTCGGGGCCGTGGGAGCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                                                                                            <  1:9050942/100‑1 (MQ=14)
              gggtcgggcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTcgg                                                                                        <  1:1000386/98‑1 (MQ=11)
              gggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGGTCGGTCGGATCCGTggg                                                                                        <  2:1428570‑M1/92‑1 (MQ=255)
              gggtcccgtggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTggg                                                                                        <  2:4504305/92‑1 (MQ=14)
                gtaggtgtgatcgggcgggtccgtgggatcgggcgggtccgtggGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                                      <  2:1083311/93‑1 (MQ=14)
                cTCGGTCGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                                      <  2:8848447/101‑1 (MQ=255)
                  cggtgggggcggtcggggccgtggggtcggtcgggtccgtcggatCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                    <  1:6852171/92‑1 (MQ=11)
                  cggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                                    <  2:6545620/101‑1 (MQ=255)
                  ccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATccgtggggtcc                                                                                    >  1:7610709‑M1/6‑97 (MQ=255)
                  ccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCAGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                                    <  2:22584‑M1/96‑1 (MQ=255)
                  ccgtcggGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                                    <  2:7740251/99‑1 (MQ=14)
                  ccgtcggATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                    >  1:4723852/3‑101 (MQ=11)
                  ccgtcgaATCGGTCGGGTCTGTGGGATCGGTCGGGTCCGCGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                                    <  2:2994872/99‑1 (MQ=14)
                     tggggtcggtcgggtgcgtggggtccgtcgggtccgtgggaTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                                 <  1:5676870/96‑1 (MQ=11)
                     tgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                 <  2:3664395/99‑1 (MQ=11)
                     ggggctccggcgggtccggcggatccgccggggccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGtccgtc                                                                                 <  2:2422491/91‑1 (MQ=11)
                      gGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                                <  2:8083794‑M1/100‑1 (MQ=255)
                      cggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcg                                                                                <  2:413763/101‑1 (MQ=255)
                       ggatcggtcgggtccgtcggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCCGTCGGGTCCGTGGGAtcgttggg                                                                               >  2:2593205/1‑96 (MQ=11)
                         gtcggtcgggtccgggggagcggtcgggtccgtgggatCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtgggat                                                                             >  1:6678659‑M2/2‑88 (MQ=255)
                          tcggtggggtacgtgggatcggtcgggtccttgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                            <  1:6971129/101‑1 (MQ=11)
                          tcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                                            >  1:5234429/1‑101 (MQ=11)
                          tcgctcgggtctgtgggatcggtggggtccgtcggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                            <  2:8522555/101‑1 (MQ=11)
                            ggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGCTCGGGTCCGTGGGGTCGGCCGGGTCCGCGGCGTCGGCGGGGTCCg                                                                          >  2:1771955/1‑101 (MQ=1)
                              tcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatcggTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtc                                                                        >  1:114502/1‑100 (MQ=11)
                               ggggtccgtgcgatcggtcgggtccgtggggtccgtcGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtgg                                                                       <  1:8109724/100‑3 (MQ=11)
                                gggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                      >  2:7872807‑M2/1‑98 (MQ=255)
                                gggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtgGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGGCGGGGCCGTCGGATCGGTCTGGACCGTGgg                                                                      >  2:1270028/1‑101 (MQ=11)
                                 gttccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTggga                                                                     >  2:6031833‑M2/3‑97 (MQ=255)
                                 ggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcgGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggga                                                                     >  1:3939459‑M2/1‑97 (MQ=255)
                                     cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcgg                                                                 <  1:1935287‑M2/101‑9 (MQ=255)
                                      gtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggt                                                                <  1:4849888‑M2/101‑10 (MQ=255)
                                      gtgggaccggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                <  1:7428954/101‑1 (MQ=11)
                                       tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTGGGGCCCGGCGGCtcggcg                                                               >  2:4680104/1‑99 (MQ=14)
                                       tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtc                                                               <  2:479335‑M2/101‑11 (MQ=255)
                                       tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcgggc                                                               <  1:6410844‑M2/101‑11 (MQ=255)
                                         ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTgggatcgggcgg                                                             <  2:7152732‑M2/101‑13 (MQ=255)
                                          gatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggg                                                            <  1:3611919‑M2/101‑14 (MQ=255)
                                            tccgtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatc                                                          >  2:8351553‑M2/1‑69 (MQ=255)
                                             gggtcgggttcgggagagcggttggGTTGTTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCAGGCGGGTCCGTGGGCTTGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtcc                                                         <  1:4581209/100‑1 (MQ=2)
                                             cggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtcc                                                         >  1:727144‑M2/1‑85 (MQ=255)
                                             cggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtcc                                                         >  1:1765588/1‑101 (MQ=11)
                                               gtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgt                                                       <  1:3764045‑M2/101‑19 (MQ=255)
                                                 cgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgg                                                     >  1:8246687‑M2/1‑81 (MQ=255)
                                                 cgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgg                                                     <  2:5636195‑M2/101‑21 (MQ=255)
                                                  ggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcgg                                                    <  2:2122601/98‑1 (MQ=255)
                                                   gatccgtgggatcggtcgggtCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtggga                                                   <  1:7121482‑M2/99‑23 (MQ=255)
                                                     tccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggatc                                                 <  2:582982/101‑1 (MQ=255)
                                                      ccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtggggtcg                                                >  1:2103223/1‑100 (MQ=11)
                                                       ggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGtcgggtcagtcgggtccg                                               <  2:6216676‑M1/70‑1 (MQ=255)
                                                        gtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGtggggtccgtcgggtccgg                                              >  2:6991795/4‑100 (MQ=11)
                                                           ggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgg                                           <  2:3824159‑M2/101‑31 (MQ=255)
                                                             gtccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAt                                         <  1:22584/97‑1 (MQ=11)
                                                             atcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAt                                         >  2:6391433/1‑101 (MQ=14)
                                                              tccgtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtc                                        <  1:1592576/98‑1 (MQ=11)
                                                                ggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccg                                      <  2:9055818‑M2/101‑36 (MQ=255)
                                                                cgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCATCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtccg                                      <  2:869312/100‑3 (MQ=11)
                                                                 gtcgtATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgt                                     >  2:3165497‑M2/1‑65 (MQ=255)
                                                                   cggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccgtgg                                   >  1:7921798/1‑99 (MQ=11)
                                                                    gggtCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGGCCGTGGGGtcggtcgg                                  >  2:5194523/4‑101 (MQ=14)
                                                                    ggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtggg                                  >  1:8881148‑M2/1‑62 (MQ=255)
                                                                     gATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggg                                 <  2:5334906‑M2/101‑41 (MQ=255)
                                                                      aTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtaggctcggtcgggc                                <  1:8712045‑M2/101‑59 (MQ=255)
                                                                      aTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                <  2:4953731/101‑1 (MQ=11)
                                                                        ccGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcg                              <  2:1941462‑M2/101‑44 (MQ=255)
                                                                         ggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCg                             <  2:3983330‑M1/88‑1 (MQ=255)
                                                                         cGTGGGATCGGTTGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                             <  1:6538060‑M2/101‑45 (MQ=255)
                                                                           tGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                           >  1:2585230‑M2/1‑55 (MQ=255)
                                                                            cggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                          <  1:6228562‑M2/100‑48 (MQ=255)
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                                                                                                    |                                                                                                    
GCGTCGGATGCGTGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGG  >  NC_014034/221933‑222133

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG