Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,045 G→C 6.4% P204P (CCC→CCG RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0450G→C 6.4% 0.0 ‑0.3 0.03704P204P (CCC→CCGRCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (95/135):  ref base (1342/2001):  total (1499/2205)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 7.29e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

Only 100 of 4712 total aligned reads displayed.

TGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCG  >  NC_014034/221945‑222145
                                                                                                    |                                                                                                    
 cggttccgtcggATCCGTCGGGGCCGTTGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGCTCGGGTCCGTgg                                                                                                     <  2:6690186/94‑1 (MQ=11)
  gggtcgggcggGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTcgg                                                                                                    <  1:1000386/98‑1 (MQ=11)
   ggtccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                                                   <  1:3412073‑M1/93‑1 (MQ=255)
    gtcggtcggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                                                  <  1:5218252/100‑1 (MQ=255)
    gtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGCTCGGTCGGGTCCgtggggg                                                                                                  <  2:7854561‑M1/94‑3 (MQ=255)
    atccgtgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                                                  <  2:7696939‑M1/94‑1 (MQ=255)
     gccgtggggtcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                                                 <  1:6835446/92‑1 (MQ=11)
     gccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                                                 <  1:2260006/95‑1 (MQ=11)
         tgGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                                                             <  2:6367588‑M1/99‑1 (MQ=255)
          ggggtccgtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcgGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGAGGATCGGTGGGGCCCCTGGGAccgggcg                                                                                            >  1:4816684/8‑101 (MQ=1)
          gGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCggatccgtggggtccgtgg                                                                                            >  1:4991655‑M1/2‑93 (MQ=255)
            gatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtggGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGtcggtcgga                                                                                          >  2:5474836/1‑100 (MQ=11)
             gtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcgGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGACCGGTCGGATCCGTGGGCGCGGGCgggc                                                                                         >  2:6990439/5‑100 (MQ=11)
                ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtcCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTAGGGTcag                                                                                      >  2:8058766/1‑99 (MQ=14)
                ggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtcggagccg                                                                                      >  2:3323719/1‑96 (MQ=11)
                cgtcgggtccgtctgatccgtcgggtccgtcggatcgGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCg                                                                                      <  2:6536781/100‑1 (MQ=11)
                   gggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGCGGGATCGGTCGGGTCCgcgg                                                                                   >  1:3593326/5‑98 (MQ=11)
                   cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgg                                                                                   <  1:6675932‑M2/101‑3 (MQ=255)
                     ggtgcgttggctcggtcgggtccgtggggtccgtcgGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                                                 <  2:3850871/101‑1 (MQ=11)
                     ggtccgtgggatcggtcgggtccgtcggatcggtggGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGa                                                                                 <  1:7757466/101‑1 (MQ=11)
                     ggtccgtgcgctcggtcggacccgtgggctcggtcgGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                                 <  2:3175389/101‑1 (MQ=11)
                       ttcgtgggatcggtcgggtccgtggggtcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                                                               <  2:7151378/99‑1 (MQ=14)
                       ggcgttggttcggtcgggttcgtgggtgcgggcggGTCCGTGGGCTCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                               <  1:2932023/99‑1 (MQ=11)
                        ccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGNNNNNTGGNCTCNNNCNGATCCGNNGGAtcg                                                                              >  1:6394629/1‑101 (MQ=11)
                         cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcgg                                                                             <  1:1935287‑M2/101‑9 (MQ=255)
                          gtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggt                                                                            <  1:6963822‑M2/101‑10 (MQ=255)
                          gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGGCGGGTCGGTGGGGtcggt                                                                            >  1:4244534/1‑101 (MQ=14)
                           tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGTgggctcggtg                                                                           <  2:1083626‑M2/101‑11 (MQ=255)
                            tggagcggtcgggtccgtgggatcggtcggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgg                                                                          >  2:1276970‑M2/2‑73 (MQ=255)
                            gggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcg                                                                          >  1:4416835‑M2/1‑90 (MQ=255)
                             ggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgg                                                                         >  2:4792313‑M2/1‑89 (MQ=255)
                             ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgg                                                                         >  2:5795822‑M2/1‑89 (MQ=255)
                             ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGAtcggtcgg                                                                         <  2:8350303‑M1/56‑1 (MQ=255)
                               atcggtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGCTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggt                                                                       <  2:4356876/101‑1 (MQ=14)
                                tcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtc                                                                      >  2:8224000‑M2/1‑86 (MQ=255)
                                 ctgtcggatccgtgggatcggtcggatCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtcc                                                                     >  2:467515‑M2/3‑85 (MQ=255)
                                   gtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGAGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgt                                                                   >  1:3920346/1‑101 (MQ=11)
                                   gtcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgt                                                                   <  1:583194‑M2/101‑19 (MQ=255)
                                   cgcgggtccgtcgcttccgttggATCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgt                                                                   <  2:2431439/99‑1 (MQ=11)
                                     cgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgg                                                                 >  1:8246687‑M2/1‑81 (MQ=255)
                                     cggatccgtaggatcggtcggGTACGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtcg                                                                 >  2:1627433/1‑101 (MQ=11)
                                      gggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtggg                                                                <  1:1471977‑M2/101‑22 (MQ=255)
                                      gggtccgtcgggtcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtcgg                                                                <  1:3740173/101‑1 (MQ=11)
                                       ggtgcgtgggatgggctggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCgtcggatccgtggga                                                               <  2:3688440/101‑2 (MQ=11)
                                       ggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtggga                                                               <  1:6525596‑M2/101‑23 (MQ=255)
                                         gccgtggggtcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCTTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggatc                                                             <  2:8695013/100‑1 (MQ=14)
                                          ccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtggggtcg                                                            >  1:2103223/1‑100 (MQ=11)
                                             tcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTg                                                         <  1:1770044‑M1/72‑1 (MQ=255)
                                                ggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGa                                                      <  2:7507174‑M1/75‑1 (MQ=255)
                                                  tccgtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtc                                                    <  1:1592576/98‑1 (MQ=11)
                                                   ccgtgggatcggtcggatcggtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                   >  2:2610465‑M1/24‑101 (MQ=255)
                                                       cggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccgtgg                                               >  1:7921798/1‑99 (MQ=11)
                                                        ggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtggg                                              >  1:8881148‑M2/1‑62 (MQ=255)
                                                        ggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAgccgtcgg                                              >  1:5370458/1‑101 (MQ=11)
                                                          aTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                            <  2:415654‑M2/101‑42 (MQ=255)
                                                          aTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtaggctcggtcgggc                                            <  1:8712045‑M2/101‑59 (MQ=255)
                                                            cggtcggatccgggGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                          >  1:5996138‑M1/15‑101 (MQ=255)
                                                            ccGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAGCGGTGGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAtcgcgcggggcg                                          >  2:1448426/1‑92 (MQ=11)
                                                             cGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgg                                         <  1:9048411‑M2/101‑45 (MQ=255)
                                                              gTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcgggcgggtccgtggggtcggg                                        <  1:3241944‑M2/101‑46 (MQ=255)
                                                              gTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgagggatcggt                                        <  2:1792542‑M2/101‑46 (MQ=255)
                                                               tGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                       >  1:4712641‑M2/1‑55 (MQ=255)
                                                               tGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                       >  1:8094824‑M2/1‑55 (MQ=255)
                                                                gggATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                      <  1:4079700‑M2/101‑48 (MQ=255)
                                                                 ggATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                     <  2:3525313‑M2/101‑49 (MQ=255)
                                                                  gATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcgga                                    <  2:5152112‑M2/101‑50 (MQ=255)
                                                                   aTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGCTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggat                                   >  2:4936755‑M2/1‑51 (MQ=255)
                                                                    tcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtaggatcggtcgggtccgtcgggtc                                  >  2:3006786‑M2/1‑33 (MQ=255)
                                                                     ccttcggATCGGGGGGGTCCGCCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAGCGGTCGGGTCCGGGGGATGGGTGGGTTCCGTCGGATCGGGGGGAtcc                                 <  2:2785139/98‑2 (MQ=2)
                                                                       gtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgt                               <  1:760509‑M2/101‑55 (MQ=255)
                                                                        tgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                              >  2:1996151‑M1/3‑101 (MQ=255)
                                                                          ggaTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtggg                            >  1:2428256‑M2/1‑44 (MQ=255)
                                                                            gTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggac                          <  1:1138735‑M2/101‑60 (MQ=255)
                                                                              ccGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggaaga                        <  1:7098690‑M2/101‑62 (MQ=255)
                                                                              ccGTGGGATCGGTCGGATCCGTGgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtaggatcggtcgggtccgtcgggtccgtgggatcg                        <  2:2275755‑M2/101‑79 (MQ=255)
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                                                                                                    |                                                                                                    
TGGGCTCGGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCG  >  NC_014034/221945‑222145

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 17 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG