Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,057 G→A 13.5% D200D (GAC→GAT RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0570G→A13.5% 0.0 ‑1.5 0.02927D200D (GAC→GATRCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (151/246):  ref base (1044/1483):  total (1195/1732)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 2.27e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

Only 100 of 3932 total aligned reads displayed.

GATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGC  >  NC_014034/221957‑222157
                                                                                                    |                                                                                                    
gatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtggGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGGGGGGTCGGTCGGGTCGGTAGGAGCGGTCtgg                                                                                                      >  2:484911/1‑101 (MQ=11)
  tcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggaTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                                                                    >  1:3999171/1‑101 (MQ=11)
   gtgccggatgcgtgggatcgggcgggtccgtgggagcggtcggTTCGGGGGGGTCCGTCGGATCCGGGGGATCGGTCTGATCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                                                   <  1:581757/91‑1 (MQ=2)
    ggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGGCGGGTCCg                                                                                                  >  2:5249680/1‑101 (MQ=11)
    ggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtaggatcGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                                                                                  <  2:207306/101‑1 (MQ=11)
     gtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcgGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGt                                                                                                 >  2:5933107/1‑101 (MQ=11)
      tcggttccgtgggttctgtcgggtccgtggcatcggTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtg                                                                                                <  2:4081311/101‑2 (MQ=11)
       ggggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgg                                                                                               >  1:8679058‑M2/2‑99 (MQ=255)
       cgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGCTCGGTCGGAGCCGtgg                                                                                               >  2:6302689/1‑99 (MQ=11)
       cggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGGCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGtgg                                                                                               >  2:646933/1‑99 (MQ=11)
        gggtgcgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                                              >  1:6187501‑M2/1‑98 (MQ=255)
        gggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                                                              >  2:2379506‑M2/1‑98 (MQ=255)
        gggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGgg                                                                                              >  1:3069501/1‑101 (MQ=11)
         ggtccgtgggatcgggcggatccgtgggatcggtcgGATCCGTGCGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGa                                                                                             <  2:1432709/101‑1 (MQ=11)
          gtcctggggatccgtcgggtccgtcggatcggtcggCTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                                            <  2:1579510/95‑1 (MQ=11)
          gtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggat                                                                                            >  2:6923173‑M2/1‑96 (MQ=255)
          gtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggat                                                                                            <  1:8351916‑M2/101‑6 (MQ=255)
          gtcagggggatcgttcgggcccttgggagcggtcggCTCCTTGGGGTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                                            <  2:7116344/95‑1 (MQ=11)
           tccgtggggtccgtcgggtccgtggggtcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                                           <  1:2692774/101‑1 (MQ=11)
           tccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatc                                                                                           >  2:4424766‑M2/1‑95 (MQ=255)
           gatctgggatcggtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtc                                                                                           <  1:6376049/97‑1 (MQ=11)
            ccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcg                                                                                          >  2:7812683‑M2/1‑94 (MQ=255)
             cgtgggatgggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                                                         <  1:3864167/101‑1 (MQ=11)
             cgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcgg                                                                                         <  1:1935287‑M2/101‑9 (MQ=255)
              gtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGTTCGGAACCGTGGGATCGGTCGTGTCCGTTGGAtcggg                                                                                        >  1:1488521/1‑100 (MQ=14)
               tgggatcggtcgggtgcgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtc                                                                                       >  2:8309173‑M2/1‑91 (MQ=255)
               tgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtc                                                                                       <  1:6663430‑M2/101‑11 (MQ=255)
                gggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTCGGAtcgggcg                                                                                      >  2:4590396/1‑101 (MQ=11)
                 gggccggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                                     <  2:2698099/97‑1 (MQ=11)
                 ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcgg                                                                                     <  2:6800694‑M2/101‑13 (MQ=255)
                 ggatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtgggtcgg                                                                                     >  2:7277126/1‑101 (MQ=14)
                 ggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggancggtcggatccgttGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGAtcggtcgg                                                                                     >  1:3550251‑M1/46‑101 (MQ=255)
                  gatcggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggg                                                                                    <  1:5115558‑M2/101‑14 (MQ=255)
                  gatcggtcggatccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggg                                                                                    >  2:7643492‑M2/1‑88 (MQ=255)
                   gtcggtcgggtcggtgtgagtcgtgggATCGCTCGGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGgtcgggt                                                                                   <  2:5720506/100‑1 (MQ=2)
                    agggtccgggccgtgggatcggtcgggtCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtc                                                                                  >  2:1030260‑M2/3‑86 (MQ=255)
                      ggtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccg                                                                                >  1:5608457‑M2/1‑84 (MQ=255)
                      ggtcgggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccg                                                                                >  1:1610346‑M2/1‑84 (MQ=255)
                       gtcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgg                                                                               <  1:2849025‑M2/101‑19 (MQ=255)
                       gtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGAGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGggcggggtctg                                                                               >  2:5389573/1‑96 (MQ=11)
                          gggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGCGGGATCGGCCGGGTCCGTGGGATCGgtcggctccgcggg                                                                            >  2:4268448/1‑97 (MQ=11)
                          ggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcgg                                                                            <  1:6503378‑M1/65‑1 (MQ=255)
                          ggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggcccgtggg                                                                            <  1:1001937‑M2/101‑22 (MQ=255)
                                  gggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcg                                                                    <  1:9166120‑M2/101‑30 (MQ=255)
                                   ggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgg                                                                   <  1:8226438‑M2/101‑31 (MQ=255)
                                    gatgggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggg                                                                  >  1:3375456‑M2/1‑70 (MQ=255)
                                     gtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                 <  2:2891449‑M1/76‑1 (MQ=255)
                                     gtccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAt                                                                 <  1:22584/97‑1 (MQ=11)
                                     ggccgtcggATCCGTGGGATCTGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAt                                                                 <  2:9050135/97‑1 (MQ=11)
                                       gcgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtcc                                                               <  2:2217589/99‑2 (MQ=11)
                                        cgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                              >  1:529720‑M1/23‑101 (MQ=255)
                                           cggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggggcggtcgggtccgtgg                                                           <  2:8169310‑M2/101‑39 (MQ=255)
                                              aTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGac                                                        >  2:7473595/1‑100 (MQ=11)
                                               tcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                       <  2:8685175‑M1/86‑1 (MQ=255)
                                                   tcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGTTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                   >  1:4773228‑M1/12‑101 (MQ=255)
                                                   tGGGATCGCTCGTGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                                   >  2:8484190‑M2/1‑55 (MQ=255)
                                                       aTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggat                                               <  2:7983006‑M2/101‑51 (MQ=255)
                                                        tccgcgGGGTCCGTGGGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtc                                              >  2:3763936‑M1/7‑101 (MQ=255)
                                                         gggtcgggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatcc                                             >  1:6837177‑M2/2‑49 (MQ=255)
                                                         cggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtcc                                             <  1:725417‑M2/101‑53 (MQ=255)
                                                         ccgtgGGGTCCGGGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                             >  2:359974‑M1/6‑101 (MQ=255)
                                                         ccggcggatccGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatcc                                             >  1:177057‑M2/5‑49 (MQ=255)
                                                          ggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatcggtcggatccg                                            >  1:3695828‑M2/1‑48 (MQ=255)
                                                          ggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcgg                                            >  1:7886088/1‑101 (MQ=17)
                                                           gtggggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGGTCGGGCGGATCCGTGGGGtcggc                                           >  1:8517332/4‑100 (MQ=17)
                                                           gtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgt                                           <  1:760509‑M2/101‑55 (MQ=255)
                                                             cggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgggatcggtcggatccgtgg                                         >  1:4505761‑M2/1‑45 (MQ=255)
                                                              gggTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTGGGGTCCGTCGGAtcggtggg                                        >  2:2542256/1‑101 (MQ=17)
                                                                atcCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTgggatcggtcgggtccgtaggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggat                                      <  2:5557295‑M2/100‑60 (MQ=255)
                                                                 tCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtggggtccgtcggatccgtgggatc                                     >  2:8816667‑M2/1‑41 (MQ=255)
                                                                   cttGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCg                                   <  2:3246290/99‑1 (MQ=255)
                                                                    gTGGGCTCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggt                                  >  1:2567501‑M2/1‑38 (MQ=255)
                                                                    gTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatccgt                                  <  1:4658384‑M2/101‑64 (MQ=255)
                                                                     tGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtcggatccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtc                                 >  2:5028475‑M2/1‑37 (MQ=255)
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                                                                                                    |                                                                                                    
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Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG