Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,075 G→A 6.0% D194D (GAC→GAT)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0750G→A 6.0% 79.1 ‑3.9 0.0739D194D (GAC→GAT) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (15/30):  ref base (361/330):  total (377/362)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 2.01e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

Only 100 of 1266 total aligned reads displayed.

GATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGCCGCCGGACAGACCCA  >  NC_014034/221975‑222175
                                                                                                    |                                                                                                    
 gtcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggt                                                                                                     <  2:2325711/100‑1 (MQ=11)
 gtccgtggggtcggtggggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggt                                                                                                     >  1:7394197‑M1/44‑101 (MQ=255)
  tcggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtc                                                                                                    >  1:5851566/1‑101 (MQ=11)
  tccgtgggatccgtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtc                                                                                                    >  2:9117931‑M1/43‑101 (MQ=255)
   gggtcgggtccgtcggagcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtcc                                                                                                   <  1:4305043/100‑1 (MQ=11)
    ggtcgggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGGCCGTGGGATCGGTCGGGTCGGTGGGGTCGgtcgggtccg                                                                                                  >  2:5565896/1‑101 (MQ=11)
     gtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgg                                                                                                 >  2:4973522/1‑100 (MQ=11)
     gtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgt                                                                                                 <  2:2566078/101‑1 (MQ=11)
      tcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccgtc                                                                                                >  1:8001243/1‑101 (MQ=11)
      tcagatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTAGGGTCGgtgggggccggg                                                                                                >  2:895922/6‑99 (MQ=14)
       cgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCGgtcgggtccgtgg                                                                                               >  1:6271179/1‑99 (MQ=11)
       cgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgtcg                                                                                               >  2:8178820/1‑101 (MQ=11)
       cggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGgtcgggtccgtcg                                                                                               >  2:1319383/1‑101 (MQ=11)
        gggtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGCGGGATCGGCCGGGTCCGTGGGATCGgtcggctccgcggg                                                                                              >  2:4268448/1‑97 (MQ=11)
           tccgtgggatcggtcggGTCCGCGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgtgtccgtcggatc                                                                                           <  1:6542216/101‑1 (MQ=11)
           gccgtggggtcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCTTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggatc                                                                                           <  2:8695013/100‑1 (MQ=14)
            ccgtggggtccgtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGgtgggagccgtggggtcg                                                                                          >  2:7390098/1‑100 (MQ=11)
            ccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGggcggatcggggggagcg                                                                                          >  2:5296643/1‑91 (MQ=11)
            ccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggatcg                                                                                          >  1:8447286/1‑100 (MQ=255)
            ccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggatcg                                                                                          >  1:1283746/1‑100 (MQ=255)
             cgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGGGGGATCGgtcgggtccgtcgggtcgg                                                                                         >  2:4518533/1‑99 (MQ=11)
             cgtaggatcggtaggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCGgtggggtccgtcgggtcgg                                                                                         >  2:7038268/1‑99 (MQ=11)
              gtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTcgggtccgtcgggtccgt                                                                                        <  2:3202159‑M1/71‑1 (MQ=255)
              gtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGtggggtccgtcggggccgg                                                                                        >  1:3080221/4‑100 (MQ=11)
               tggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgtc                                                                                       >  1:6418375/1‑100 (MQ=14)
               tgggatcggtcggGTCCGTGGGCTCGGTCGCGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgtc                                                                                       <  2:6410595/101‑2 (MQ=11)
               tgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGACGGGTCCGTCGGATCGGTg                                                                                       >  2:3000506/1‑101 (MQ=11)
               tcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTg                                                                                       <  1:1770044‑M1/72‑1 (MQ=255)
               taggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTg                                                                                       <  2:7522987/99‑1 (MQ=11)
                 gggtccggcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTcgg                                                                                     <  1:5230220/93‑1 (MQ=11)
                 ggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTggg                                                                                     <  2:3094919/101‑1 (MQ=11)
                  gttccgtgggatcggtgggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGa                                                                                    >  2:5405493‑M1/27‑101 (MQ=255)
                  gatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGa                                                                                    >  1:325127/1‑101 (MQ=11)
                   gtcggtgggTTCCGTGGGATCGTTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGAt                                                                                   <  2:6707582/100‑1 (MQ=11)
                    tcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtc                                                                                  <  2:4403120/101‑1 (MQ=14)
                    tccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtc                                                                                  >  1:2614288/4‑101 (MQ=11)
                     ccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                 >  2:5738129‑M1/24‑101 (MQ=255)
                     ccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtcc                                                                                 <  2:6253976/99‑2 (MQ=11)
                      ggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtccg                                                                                >  1:7781243/1‑99 (MQ=11)
                      ggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtccg                                                                                >  2:1881310/1‑99 (MQ=11)
                      ggtcggAGCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtccg                                                                                <  2:3725845/101‑3 (MQ=11)
                      cgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccg                                                                                >  1:5389218/2‑99 (MQ=11)
                      cgtcggAGCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtccg                                                                                <  2:3976548/100‑3 (MQ=11)
                       gtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGatcggc                                                                               <  1:1913529‑M1/80‑2 (MQ=255)
                       gtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggt                                                                               >  1:6013747/1‑101 (MQ=14)
                       gtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGCCCGTGGGGtcggt                                                                               >  1:4647452/1‑101 (MQ=14)
                       ggcggATCCGTGGGATCGGTCGTATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtccgt                                                                               <  2:7724807/99‑1 (MQ=11)
                        tgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                              <  1:9118483‑M1/81‑1 (MQ=255)
                         cggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGAtccgtgg                                                                             >  1:5560230/1‑99 (MQ=11)
                         cggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccgtgg                                                                             >  1:4124743/1‑99 (MQ=11)
                          gggtCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcgggcgg                                                                            >  2:7286000/4‑101 (MQ=14)
                          ggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                            >  1:2850469‑M1/19‑101 (MQ=255)
                          ggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccgtggg                                                                            >  1:1010123/1‑101 (MQ=11)
                           ggtCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcggg                                                                           <  2:7959759/99‑2 (MQ=14)
                           gATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGa                                                                           >  2:4744398/1‑101 (MQ=11)
                             tCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATc                                                                         <  1:7267523/101‑1 (MQ=11)
                             tCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCTGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                                         <  2:4142908/101‑1 (MQ=14)
                              ccGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCGGTCGGGTcg                                                                        >  1:1432134/1‑100 (MQ=11)
                                 tcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGTTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTg                                                                     >  1:4773228‑M1/12‑101 (MQ=255)
                                 taggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCgac                                                                     >  1:8572586/3‑99 (MQ=14)
                                 taggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtc                                                                     >  1:219134/3‑100 (MQ=14)
                                  aggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtcg                                                                    >  2:3642969/2‑99 (MQ=14)
                                       cggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcg                                                               <  2:7830559/101‑1 (MQ=14)
                                        cgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                              <  2:2128625‑M1/97‑1 (MQ=255)
                                        cgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcgg                                                              <  2:3865021‑M1/97‑1 (MQ=255)
                                         gtggggTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGGGGGATCGGCCGGATCCGCGGGAtcggg                                                             >  2:3315826/4‑100 (MQ=18)
                                         gtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggt                                                             <  1:2338714‑M1/98‑1 (MQ=255)
                                          tgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcggtc                                                            <  1:4990062‑M1/99‑1 (MQ=255)
                                             GGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCggg                                                         <  2:1113316‑M1/101‑1 (MQ=255)
                                              gTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGACCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCCGGTCCGTGGGCtcggccgcac                                                        >  2:5933946/1‑98 (MQ=14)
                                               tCCGTCGGATCCGTCGGATCCGTGGGATCCGTCGGGTCCGTGGGATCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTc                                                       <  2:8296637/101‑1 (MQ=17)
                                                gcGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTcc                                                      <  1:2712357/100‑1 (MQ=14)
                                                ccGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTcc                                                      <  1:3962023/101‑1 (MQ=14)
                                                   gcggATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTg                                                   <  1:2475184/99‑1 (MQ=17)
                                                     ggATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                 >  2:2770638/1‑101 (MQ=17)
                                                        tcggtcggATCGGGGGGATCGGTCGGGTCCGGCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTgggatc                                              <  1:8716920/101‑4 (MQ=14)
                                                         cggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCtg                                             >  1:8140402/1‑101 (MQ=255)
                                                            tcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTgggatcggtc                                          <  2:5187620/101‑8 (MQ=11)
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                                                                                                    |                                                                                                    
GATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGCCGCCGGACAGACCCA  >  NC_014034/221975‑222175

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 17 ≤  ATCG  < 24 ≤  ATCG  < 33 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG