Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_014034 222,078 C→G 2.5% T193T (ACG→ACC)  RCAP_rcc00185 ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_014034222,0780C→G 2.5% 22.1 ‑2.2 0.0730T193T (ACG→ACC) RCAP_rcc00185hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (6/13):  ref base (361/349):  total (367/363)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.08e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

Only 100 of 1226 total aligned reads displayed.

CGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGCCGCCGGACAGACCCAGGC  >  NC_014034/221978‑222178
                                                                                                    |                                                                                                    
gatctgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcggatcc                                                                                                      <  1:2171651/96‑1 (MQ=11)
cggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTGCGTGGGGTCGgtggggtcc                                                                                                      >  2:3888532/1‑101 (MQ=11)
cggtcgggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtcc                                                                                                      >  1:1765588/1‑101 (MQ=11)
cggtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtcc                                                                                                      <  1:6812386/101‑1 (MQ=11)
cgggcgggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcggatcc                                                                                                      <  1:4611994/101‑1 (MQ=11)
ccgtcggggccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTGTGGTCCGTTGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtcc                                                                                                      <  2:1498062/99‑1 (MQ=11)
ccgtcggatccgtggggtccgtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtggggtcc                                                                                                      >  2:4437551/3‑101 (MQ=11)
 ggtgggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccg                                                                                                     <  1:3062851/101‑1 (MQ=14)
 ggtcggatccgtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCgtggggtccg                                                                                                     <  2:2173195/101‑1 (MQ=11)
 cgtgggatcggtcgggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccg                                                                                                     <  2:2019100‑M1/61‑1 (MQ=255)
 cgtgggatcggtcgggtccgggggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccg                                                                                                     >  2:9114055‑M1/41‑101 (MQ=255)
  gtcgggtccgtcggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGAGGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgt                                                                                                    >  1:3920346/1‑101 (MQ=11)
   tcggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGgtcgggtccgtg                                                                                                   >  2:5640479/1‑100 (MQ=11)
   tcagatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTAGGGTCGgtgggggccggg                                                                                                   >  2:895922/6‑99 (MQ=14)
    cggatccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcg                                                                                                  >  1:6471129/1‑101 (MQ=255)
     gggtccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGCGGCCGTGGGATCGgtcggggccgtggg                                                                                                 >  2:1331638/1‑101 (MQ=11)
     gggtccgtcggatcggtgggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgccgggtccgtggg                                                                                                 >  2:5214005/1‑101 (MQ=11)
      ggtgcgtgggatgggctggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCgtcggatccgtggga                                                                                                <  2:3688440/101‑2 (MQ=11)
      ggtccgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGGCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcggatccgtgggg                                                                                                >  2:7314862/1‑101 (MQ=11)
       gtccgtgggatcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGGGGGATCGgtcggggccgggggag                                                                                               >  2:1155613/1‑95 (MQ=11)
       atccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggat                                                                                               >  1:3444046/2‑99 (MQ=255)
        gccgtggggtcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCTTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggatc                                                                                              <  2:8695013/100‑1 (MQ=14)
         ccgtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcggatcg                                                                                             >  1:1283746/1‑100 (MQ=255)
         ccgtcgggtccctgggatccgtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGgtcgggtccgtcgggtcc                                                                                             >  2:3580350‑M1/33‑101 (MQ=255)
          cgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgtcgggtccgggggatcgg                                                                                            >  1:6978756/1‑92 (MQ=11)
          cgtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGtcgggtccgtggggtccg                                                                                            >  2:4657783/1‑101 (MQ=14)
           gtggggtccgtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgt                                                                                           <  1:897693/101‑1 (MQ=11)
           gtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTcgggtccgtggggtccgt                                                                                           >  1:8616229/1‑101 (MQ=14)
           gtggggtccgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGGCCGCCGGCTCGGtgggggccggcgggtccgg                                                                                           >  2:689474/1‑100 (MQ=14)
           gtgggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTcgggtccgtcggatcggt                                                                                           >  1:929212/1‑101 (MQ=11)
           gtcgggtcggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCGGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTggggtccgtcgggtccgt                                                                                           <  2:7043039/95‑1 (MQ=11)
           gtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTggggtccgtcgggtccgt                                                                                           <  1:4108365/98‑1 (MQ=14)
           gtaggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTggggtccgtcgggtccgt                                                                                           <  1:5173072/98‑1 (MQ=14)
            tgggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGgccgggtccgtcggaaccgcg                                                                                          >  2:3045021/1‑94 (MQ=11)
             gggatcggtcggATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTgg                                                                                         >  1:471548/1‑101 (MQ=11)
             cgggtcggggggATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATGGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTgg                                                                                         <  1:6125137/91‑1 (MQ=14)
             aggatcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTgg                                                                                         <  1:3735511/100‑1 (MQ=14)
              gggtcggtgggGTCGGTCGGAGCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTggg                                                                                        <  1:789784/98‑1 (MQ=14)
              gggtccgtcggATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTggg                                                                                        >  2:6723742/7‑101 (MQ=11)
              ggatcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGGCCGTCGGATCGGTcgg                                                                                        >  2:3101869/1‑101 (MQ=11)
               ggtccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGa                                                                                       <  1:2469309‑M1/75‑1 (MQ=255)
                atcggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAt                                                                                      >  2:6391433/1‑101 (MQ=14)
                  gggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGAtcc                                                                                    <  2:3815543/100‑2 (MQ=11)
                  cggtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                    <  2:4353485/101‑1 (MQ=14)
                  ccgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcg                                                                                    <  1:6614720‑M1/78‑1 (MQ=255)
                   ggtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGCCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGACCGGCGGAtccg                                                                                   >  2:5928487/1‑99 (MQ=11)
                   cgtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcgg                                                                                   <  2:7742957‑M1/79‑1 (MQ=255)
                   cgtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccg                                                                                   <  1:8169659/100‑3 (MQ=11)
                   cgtcggATCCATGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccg                                                                                   >  2:3438122/2‑99 (MQ=11)
                    gtgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGatcggg                                                                                  <  2:744966‑M1/80‑2 (MQ=255)
                    gtcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGGCCGTGGGAtcggt                                                                                  >  1:5305328/1‑101 (MQ=14)
                    gtcggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGAGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCTGTCGGGACCGTGGGGTCCGTTGGAtctgt                                                                                  >  2:4176028/1‑101 (MQ=14)
                     tgggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                                 <  1:7318209‑M1/81‑1 (MQ=255)
                     tcggGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtc                                                                                 >  2:7842224/1‑101 (MQ=14)
                      cggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccgtgg                                                                                >  2:7566619/1‑99 (MQ=11)
                       ggatcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGAtcggtcgg                                                                               >  1:2850469‑M1/19‑101 (MQ=255)
                       ggATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGTCCGTCGGAtccgtggg                                                                               >  1:1010123/1‑101 (MQ=11)
                        ggtcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGa                                                                              >  2:5509207‑M1/18‑101 (MQ=255)
                         atcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGAt                                                                             >  2:6172722‑M1/17‑101 (MQ=255)
                         aTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGAt                                                                             >  1:4431406/1‑101 (MQ=11)
                          tcggtcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                                            >  1:5641519‑M1/16‑101 (MQ=255)
                          gcgggcggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATc                                                                            >  1:8014504‑M1/16‑101 (MQ=255)
                           cggtcggATCCGTGGGGTCCGTGGGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATcc                                                                           <  1:8481293/96‑1 (MQ=17)
                           ccGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGATCGGTCGGGTcg                                                                           >  1:1432134/1‑100 (MQ=11)
                            cGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCCGTGGGGTCGGCCGCGTCCg                                                                          >  2:854724/1‑101 (MQ=11)
                             gTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCGGTGGGGTCCGTGGGGtcggtcgggccggg                                                                         >  2:5031190/1‑95 (MQ=11)
                              taggATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGtc                                                                        >  2:1656095/3‑100 (MQ=14)
                                ggatccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGCTCGGTCGGATCCGTggg                                                                      <  2:491965‑M1/92‑1 (MQ=255)
                                    ccgtgGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGAtcg                                                                  <  2:4799129‑M1/96‑1 (MQ=255)
                                     ggtcggGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcgg                                                                 >  2:3258998/1‑101 (MQ=14)
                                       tcgtGTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtc                                                               <  2:2611434/101‑1 (MQ=14)
                                         gggTCCGTCGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTCGGAtcggtcgg                                                             >  2:2366999/1‑101 (MQ=17)
                                                  ggATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCTGATCCGTGGGGTCCGTGGGATCGGGCGGGTCCGTGGGATCGGCCGGGTCCGTcgg                                                    >  1:6311308/1‑101 (MQ=17)
                                                  ggATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTggg                                                    <  1:7114776/101‑1 (MQ=17)
                                                  ggATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTCGGGTCGGTCGGATCGGTGGGGTCGGTCGGGTCCGTggg                                                    >  2:6550588/1‑101 (MQ=14)
                                                     tcggtcggATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTgggatc                                                 <  2:8201079/101‑4 (MQ=14)
                                                     cgggtcggATCCGTGGGGCCGGTCGGGTCGGTCGGAGCCGTGGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTCGGATCGGTCGGGTCCGTgggatc                                                 <  2:8303026/99‑4 (MQ=11)
                                                        gtcggGTCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCtggt                                              <  1:744979/101‑1 (MQ=255)
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                                                                                                    |                                                                                                    
CGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTAGGATCGGTCGGGTCCGTCGGGTCCGTGGGATCGGTCGGATCCGTGGGATCGGTCGGGTCCGTGGGGCTGGTGGGATCGGTCGGACCGCTGTCGCCGCCGCCGGACAGACCCAGGC  >  NC_014034/221978‑222178

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 17 ≤  ATCG  < 24 ≤  ATCG  < 33 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG